Plaque multiplex MSD 96 puits avec fichier de carte de spotsJ'ai utilisé vos fichiers et créé un fichier de carte pour les plaques multiplexes MSD à 96 puits avec 10 spots par puits. J'ai nommé les 10 points "1" à "10" et le puits dans son ensemble "11", le tout dans la colonne ID de pièce. Les Shape ID sont toujours les 96 puits utilisant la notation LetterNumber.Cela a l'air génial, mais lorsque je vais l'utiliser, en spécifiant le puits comme pour le rôle de carte, je colore uniquement le puits entier, pas les points individuels de chaque puits.Comment puis-je accéder à la partie ID de pièce du fichier de forme dans le rôle Map ?
Merci,
Martin
@Mark_Bailey
Re: Plaque multiplex MSD 96 puits avec fichier de carte de spotsOui c'est correct. Il existe une colonne qui utilise le même nom que celle utilisée pour définir le nom et le fichier XY. Vous pouvez créer un schéma facile à utiliser basé sur la concaténation. Facile pour vous (Well and Spot), facile pour JMP (Localisation). Par exemple:
Capture.JPG
La valeur d'emplacement est donc le nom utilisé dans les fichiers Nom et Forme XY. Mais le schéma dépend entièrement de vous. J'ai essayé de rendre mon schéma original aussi simple et direct que possible, car j'avais l'intention de le publier dans la communauté JMP.
Re: Plaque multiplex MSD 96 puits avec fichier de carte de spotsSi je te comprends @Mark_Bailey , Chacun de mes 10 points dans chacun des 96 puits aura son propre ID de forme (960 en tout). Cela signifie que je dois donner à chaque forme un nom unique dans le fichier Nom. Normalement, mes analyses comportent deux colonnes : une pour Well, par exemple B5 ou H10, et une pour spot, par exemple 1 ou 8. Je suppose que je devrai créer une nouvelle colonne dans ma table d'analyse qui utilise un identifiant de puits/point et je pourrai faire correspondre la deuxième colonne du fichier de nom de carte. Est-ce exact? Ou existe-t-il un moyen d'avoir deux colonnes dans le fichier de nom de la carte représentant Well et Spot qui peuvent être utilisées dans le rôle de carte dans ma table d'analyse ?Re: Plaque multiplex MSD 96 puits avec fichier de carte de spotsOui, c'est l'idée. Mais vous n’avez pas de zones disjointes. L'ID de pièce sera toujours 1.
La forme correspondant à une réponse unique est un point dans le puits. Chaque forme ne comporte probablement qu’une seule partie. Cette cartographie un-à-un est la même que celle que j'ai utilisée pour la plaque d'origine.
Re: Plaque multiplex MSD 96 puits avec fichier de carte de spotsD'accord. À quoi sert alors l’ID de pièce ? Uniquement pour les zones non contiguës, par exemple les États-Unis, la partie continentale des États-Unis, Hawaï et l'Alaska faisant tous partie du même pays ?
Ainsi, Shape ID représenterait le pays et Part ID serait uniquement les zones non contiguës ?
Merci pour l'aide.Re: Plaque multiplex MSD 96 puits avec fichier de carte de spotsJe m'excuse. J'ai fait une erreur. La correspondance entre une valeur de réponse et une forme est essentielle. Vous ne devez donc pas utiliser la fonction de pièce pour chaque spot. Chaque tache doit avoir sa propre forme. Ensuite, la cartographie fonctionnera.
Re: Plaque multiplex MSD 96 puits avec fichier de carte de spotsAinsi, les formes référencées dans votre tableau de données sont basées sur la deuxième colonne du fichier Nom, n'est-ce pas ?Ceci est un extrait de mon fichier Name :
Martin_0-1590164395266.png
mais ce que j'ai fait, c'est ajouter 10 ID de pièce supplémentaires (un pour chaque point dans chacun des 96 puits) pour chaque ID de forme dans mon fichier XY.Ainsi, pour chaque ID de forme dans le fichier XY, j'ai 11 ID de pièce (10 pour les points et 1 pour le cercle extérieur).Mon graphique final ressemble à ceci :
Martin_1-1590164672420.png
Afin d'utiliser les spots individuels, au lieu des 96 puits externes, comment utilisons-nous la combinaison du numéro de puits et du numéro de spot ?Je pensais que c'était avec des ID de pièce différents, mais je n'arrive pas à les utiliser.
Re: Plaque multiplex MSD 96 puits avec fichier de carte de spotsGraph Builder utilise des fichiers de formes pour restituer les données avec une interprétation géométrique. Les formes sont définies par deux tables de données JMP (Nom et XY). JMP a publié la spécification du format requis pour ces fichiers. JMP s'installe avec de nombreuses paires de fichiers de formes pour les entités géographiques. Mais vous pouvez créer vos propres fichiers de formes pour n’importe quelle géométrie personnalisée. Il vous suffit de suivre les spécifications et cela devrait fonctionner sans aucun problème.
J'ai utilisé les spécifications pour créer les fichiers de forme pour les plaques standard à 96 puits. La spécification fournit les moyens permettant à chaque forme d'être composée de plus d'une partie. Vous pouvez donc créer vos propres fichiers de formes avec 10 parties (spot) par forme (puits de plaque) pour afficher vos données imbriquées.
Objet : Plaque multiplex MSD 96 puits avec fichier de cartographie des spotsD'après ce que vous avez décrit, votre fichier Shape semble correctement configuré : 10 parties individuelles (spots) par puits, étiquetées de 1 à 10, plus le puits entier étiqueté « 11 » dans la colonne « ID de partie ». Le problème est que lorsque vous attribuez « Puits » comme rôle de mappage, JMP ne reconnaît que le puits entier et non les spots individuels qu'il contient. En effet, JMP utilise la valeur du rôle de mappage pour correspondre à celle de la colonne « Nom » de votre fichier Shape, et non à celle de la colonne « ID de partie » .
Pour visualiser les spots individuels de chaque modèle de plaque 96 puits , vous devez vous assurer que chaque spot (c'est-à-dire chaque partie d'un puits) possède un identifiant unique combinant les informations du puits et du spot dans un format cohérent avec votre tableau de données. Par exemple, vous pouvez concaténer la position du puits (par exemple, A1, B1, etc.) avec le numéro du spot (par exemple, « A1_1 », « A1_2 », etc.) et utiliser cette valeur combinée dans la colonne Nom de votre fichier de formes et dans votre tableau de données. Ensuite, dans Graph Builder, vous pouvez attribuer cette valeur combinée au rôle de mappage et JMP associera chaque spot individuellement.
J'ai rencontré une situation similaire avec un panel de cytokines : je devais afficher l'intensité du signal par spot sur un modèle de plaque à 96 puits , et cette stratégie de nommage a parfaitement fonctionné. Si vous avez besoin d'un point de départ visuel ou d'inspiration, ce site propose divers modèles qui m'ont aidé à vérifier la logique de ma mise en page.
Re: Plaque multiplexée MSD 96 puits avec fichier de cartographie des spotsL'élément essentiel est que le rôle de la carte doit faire référence au champ identifiant chaque partie de la forme, et non uniquement au puits parent. Étant donné que votre fichier de formes contient 10 identifiants de points et l'identifiant global du puits dans la colonne « ID de partie », une cartographie basée uniquement sur les puits traitera naturellement la forme complète de 96 puits comme un seul objet.
Je conserverais les identifiants de puits et de spot séparés dans la table de données et créerais une clé de mappage unique combinant les deux valeurs. J'utiliserais ensuite cette même clé de manière cohérente dans la définition de la forme et le rôle de mappage. Cela devrait permettre à JMP de distinguer, par exemple, A01-1 de A01-2 tout en conservant A01 comme puits parent.
Ce type de cartographie structurée des plaques facilite également la vérification des coordonnées et des agencements avant leur importation dans JMP. Un modèle de plaque 96 puits ( https://96wellplatetemplate.com ) peut s'avérer utile pour vérifier les agencements standard A–H et 1–12 puits ainsi que la structure personnalisée des spots, notamment lors de la validation d'un agencement multiplex.
L'important est de s'assurer que la valeur utilisée par Map Role corresponde à l'identifiant de forme individuel, et non pas seulement à l'identifiant de forme représentant les 96 puits.
