重複測量的正確格式ANOVA幾週前，我參加了曹操舉辦的有趣的網絡研討會，討論如何使用混合模型平台，在此期間，我了解到您實際上不需要在MANOVA下建立重複測量ANOVA設計。這帶來了更多的靈活性，因此我想嘗試一下。我有一系列的珊瑚（附件數據文件中的“ pucks”），它們隨著時間的推移被重複測量（作為顏色），並且我對測試固定的治療效果（兩個溫度），基因型（5-6個基因型）感興趣。），時間（日曆日期）及其交互。我知道如何在MANOVA平台下執行此操作，但是如果我將兩個固定效果添加到混合模型平台上，那麼將“日期”作為重複測量，就會發生以下兩種情況之一。它要么只給出固定效果的輸出（即不是時間的影響），要么，如果我也將“ Date”作為固定因子，則會導致它崩潰，這可能是因為軟件在其中看到“ Date”兩個地方。Jian顯然是通過在示例中調用“ Date”來欺騙JMP。我認為他將“時間”（日期x時間）作為重複測量，然後將“日期”（僅日期）作為固定因子。當然，我實際上不必每次都重新編碼這樣的虛擬變量嗎？我想我可以將“日期”重新編碼為“實驗日”，然後將“日期”作為重複的度量，而將“實驗日”記錄在固定因子模型中，但是似乎必須有一種更簡單的方法。換句話說，如何在混合模型平台上將其設置到我還可以得到時間效果的位置（可以在MANOVA平台下完成）？也許在混合模型下（僅在MANOVA下）不可能與重複測量產生交互作用？
回复：正確的格式以進行重複測量方差分析嗨，安德森，
您既可以將日期用作固定效果，也可以將其用作混合模型中的重複列。 但是，在您的情況下，當您將日期，處理，基因型及其相互作用添加為固定效果時，JMP警告說，固定效果之間存在線性相關性（我將數據中的“平均值”列用作Y）。這似乎與混合模型無關。如下所示，當您僅運行標準最小二乘法模型時，也會收到相同的警告。 如果僅添加三個主要效果，則將運行混合模型。
我不知道到底是什麼導致線性相關性，但是我看到您的設計不平衡。在平衡設計的重複測量示例中，我沒有問題，使用日曆日期作為固定效果和重複列，可以運行具有主要效果和交互作用的模型。 （請注意，在我的示例中，我將日曆日期標記為“時間”。）
您提到的技巧是，當您選擇AR（1）作為重複結構時，重複列必須是連續的，因此我從原始的Time列創建了一個連續的Days列。
回复：正確的格式以進行重複測量方差分析謝謝您的答复。我想我實際上已經弄清楚了，這確實與您提到的不平衡設計有關。基本上，這是一項研究，其中生物在整個研究過程中都死亡，因此每個評估日期的樣本量會逐漸減小。如果只看前幾個學習時間，就可以像您所說的那樣，將“日期”用作固定術語和重複度量，這很好，因為這就是我想要的。
我真的想知道，這種減少樣本量的問題是否真的需要一套完全不同的統計方法（例如用於生存數據的方法）嗎？也許我應該就此展開新的討論：當由於研究動物的死亡而導致樣本量隨時間縮小時，最好的方法是什麼？如果您嘗試將MANOVA平台與這些丟失的數據集結合使用，它將根本無法工作！但是我不想用更少的樣本來省去以後的採樣時間，因為這可能是最有趣的。無論如何，感謝您對此進行調查，並很抱歉在我的數據集（而非軟件）出現問題時提出了警告！回复：正確的格式以進行重複測量方差分析打擾一下，但是我有點困惑。
您想回答什麼問題？“顏色”是珊瑚健康的指標嗎？我看不到標有顏色的列嗎？我確實看到標有“平均值”的列。 這是什麼？平均值是多少？如果存在平均值，則相關的標準偏差是多少？您是在拍攝珊瑚的照片然後測量顏色嗎？您量化了測量精度嗎？什麼是珊瑚位置？
您感興趣的因素是：
1。治療 -溫度（確定為穩定且可變的水平？）。 為什麼不記錄您正在實驗的溫度？
2。基因型 （儘管其中有6個數據點，但是數據集中有3個數據點沒有值且沒有照片？）。為什麼要排除排除的值？，
3。時間 （您是說幾天？）。我不明白這是一個因素嗎？我不確定您為什麼將其歸類為固定效果？這實際上不是操縱因素嗎？您會更好地創建時間到達某種顏色的響應變量嗎？或死亡時間？或使用隨著時間的重複測量來創建回歸線，並分析該線的斜率。
您沒有包括模型。 您需要處理的線性效果，基因型的線性和非線性項（最多4階？）。治療與基因型的相互作用？與時間互動？我不確定這對我是否有意義...您是說不穩定嗎？
回复：正確的格式以進行重複測量方差分析謝謝大家。我已經下載了此加載項。我可能也應該解釋我發布的數據表，但是我們基本上有兩個溫度曲線（穩定與可變），幾個基因型和一個色彩強度（“平均值”，因為它是在多張圖片中得到的平均值）。基本上，我們想查看一下後來暴露於高溫的穩定或變溫珊瑚的顏色強度（作為R強度，與色素沉著成反比）是否增加了更多。當您檢查模型中的日期，溫度處理和基因型時，您會看到一些有趣的效果，儘管不一定與適應溫度處理有關（基因型的效果更大）。一種更簡單的方法是計算顏色隨時間的變化並分析雙向ANOVA（溫度處理x基因型）中顏色的增加/減少。這樣一來，就不必再進行ANOVA的重複測量了！
回复：正確的格式以進行重複測量方差分析你好 @abmayfield
關於重複測量方差分析的規範，有一個簡化的添加項： 全因子重複測量方差分析加載項
https://www.youtube.com/watch?v=fh8jiFf2z-o
也許可以幫到您。
羅恩
