formato correcto para medidas repetidas ANOVAHace unas semanas participé en un interesante seminario web de Jian Cao sobre el uso de la plataforma de modelos mixtos, durante el cual aprendí que en realidad no es necesario configurar medidas repetidas de diseños ANOVA bajo MANOVA. Esto abre más flexibilidad, por lo que quería probarlo. Tengo una serie de corales ("discos" en el archivo de datos adjunto) que se midieron repetidamente (como color) a lo largo del tiempo, y estaba interesado en probar los efectos fijos del tratamiento (dos temperaturas), genotipo (5-6 genotipos ), tiempo (fechas del calendario) y su interacción. Sé cómo hacer esto bajo la plataforma MANOVA, pero si agrego los dos efectos fijos a la plataforma de modelo mixto, "Fecha" como medida repetida, ocurre una de dos cosas. O SOLO da la salida de los efectos fijos (es decir, NO el efecto del tiempo), O, si incluyo "Fecha" como un factor fijo también, hace que se bloquee, posiblemente porque el software ve "Fecha" en dos lugares. Lo que Jian evidentemente hizo fue engañar a JMP llamando a "Fecha" otra cosa en su ejemplo. Creo que tenía "Hora" (que era fecha x hora) como la medida repetida y luego "Fecha" (= fecha solamente) como factor fijo. ¿Seguramente no tengo que volver a codificar una variable ficticia como esta cada vez? Supongo que podría recodificar "Fecha" a "día de experimento" y luego hacer que "fecha" sea la medida repetida y que "día de experimento" esté en el modelo de factor fijo, pero parece que debe haber una forma más simple. En otras palabras, ¿cómo lo configuro bajo la plataforma de modelo mixto donde también obtengo el efecto de tiempo (como se puede hacer bajo la plataforma MANOVA)? ¿O tal vez los efectos de interacción con la medida repetida NO son posibles con un modelo mixto (y solo con MANOVA)?
Re: formato correcto para medidas repetidas ANOVAHola anderson
Puede usar tanto la Fecha como un efecto fijo y como una columna repetida en modelos mixtos. Sin embargo, en su caso, cuando agrega Fecha, Tratamiento, Genotipo y sus interacciones como efecto fijo, JMP advierte que existen dependencias lineales entre los efectos fijos (utilicé la columna Promedio de sus datos como Y). Esto no parece tener que ver con los modelos mixtos; recibiría la misma advertencia cuando ejecute un modelo de mínimos cuadrados estándar como se muestra a continuación. Si solo agrega los tres efectos principales, se ejecutarán los modelos mixtos.
No sé qué causa exactamente las dependencias lineales, pero veo que tenía un diseño desequilibrado. En mi ejemplo de medidas repetidas de un diseño equilibrado, no tengo problemas para ejecutar el modelo con los principales efectos e interacciones usando las fechas del calendario como un efecto fijo y una columna repetida. (Tenga en cuenta que en mi ejemplo etiqueté la fecha del calendario como Hora).
El truco que me mencionaste es que cuando seleccionas AR (1) como estructura repetida, la columna repetida debe ser continua, así que creé una columna continua de Días a partir de la columna de Tiempo original.
Re: formato correcto para medidas repetidas ANOVAGracias por su respuesta. Creo que realmente lo descubrí, y tiene que ver con el diseño desequilibrado que mencionaste. Básicamente, es un estudio en el que los organismos mueren a lo largo del estudio, por lo que el tamaño de la muestra se reduce progresivamente en cada fecha de evaluación. Si solo observa los primeros tiempos de estudio, puede, como dijo, usar "Fecha" como un término fijo y como una medida repetida, lo cual es bueno ya que eso es lo que quiero.
De hecho, me pregunto si este tipo de problemas de disminución del tamaño de la muestra requieren un conjunto completamente diferente de enfoques estadísticos (como los utilizados para los datos de supervivencia). Tal vez debería abrir una nueva discusión sobre eso: ¿cuál es el mejor enfoque para cuando el tamaño de su muestra se reduce con el tiempo debido a la muerte de los animales de estudio? Si intenta utilizar la plataforma MANOVA con este tipo de datos faltantes, ¡no funcionará en absoluto! Pero no quiero omitir los tiempos de muestreo posteriores con menos muestras, ya que son potencialmente los más interesantes. De todos modos, ¡gracias por investigar esto, y lo siento por levantar una bandera roja cuando, de hecho, fue un problema con mi conjunto de datos (y no con el software)!Re: formato correcto para medidas repetidas ANOVADisculpe mis divagaciones, pero estoy un poco confundido.
¿Qué preguntas estás tratando de responder? El "color" es un indicador de la salud del coral? ¿No veo una columna etiquetada como color? Sí veo una columna llamada Promedio. ¿Que es esto? ¿Promedio de qué? Si hay un promedio, ¿cuál es la desviación estándar asociada? ¿Estás tomando fotos del coral y luego estás midiendo el color? ¿Ha cuantificado la precisión de la medición? ¿Qué es la posición del coral?
Los factores que le interesan son:
1) Tratamiento - temperatura (niveles identificados como estables y variables?). ¿Por qué no registrar las temperaturas a las que está experimentando?
2) Genotipo (hay 6 de estos, aunque hay 3 puntos de datos en su conjunto de datos sin valores y sin foto?). ¿Por qué excluyó los valores que excluyó? ,
3) Hora (¿Con esto te refieres a días?). No entiendo esto como un factor? No estoy seguro de por qué estás clasificando esto como un efecto fijo. ¿Esto no es realmente un factor manipulado? ¿Sería mejor crear una variable de respuesta que sea hora de alcanzar un determinado color? O el tiempo de la muerte? O cree una línea de regresión usando las medidas repetidas en el tiempo y analice la pendiente de esta línea.
No incluiste tu modelo. Desea el efecto lineal de Tratamiento, los términos lineales y no lineales para Genotipo (¿hasta 4to orden?). ¿Interacciones de tratamiento y genotipo? ¿Interacciones con el tiempo? No estoy seguro de que esto tenga sentido para mí ... ¿te refieres a la inestabilidad?
Re: formato correcto para medidas repetidas ANOVAGracias a todos. Ya he descargado este complemento. Probablemente también debería haber explicado la tabla de datos que publiqué, pero básicamente teníamos dos perfiles de temperatura (estable frente a variable), varios genotipos y una intensidad de color ("promedio", ya que se promedió en varias imágenes). Básicamente, queríamos ver si la intensidad del color (como una intensidad R, que está esencialmente inversamente correlacionada con la pigmentación) aumentó más para los corales de temperatura estable o variable que luego fueron expuestos a altas temperaturas. Cuando verifica la fecha, el tratamiento de temperatura y el genotipo en el modelo, puede ver algunos efectos interesantes, aunque no necesariamente relacionados con el tratamiento de temperatura de aclimatación (el efecto del genotipo es mayor). Una forma más fácil de hacerlo habría sido calcular el cambio de color con el tiempo y analizar el aumento / disminución del color en un ANOVA de dos vías (tratamiento de temperatura x genotipo). ¡Entonces, para empezar, no habría sido necesario repetir las medidas de ANOVA!
Re: formato correcto para medidas repetidas ANOVAHola @abmayfield
Cuando se trata de la especificación de un anova de medidas repetidas, hay un complemento simplificado: Complemento Factorial repetido Complemento ANOVA
https://www.youtube.com/watch?v=fh8jiFf2z-o
Quizás te pueda ayudar.
ron
