重复测量的正确格式ANOVA几周前，我参加了曹操举办的有趣的网络研讨会，讨论如何使用混合模型平台，在此期间，我了解到您实际上不需要在MANOVA下建立重复测量ANOVA设计。这带来了更多的灵活性，因此我想尝试一下。我有一系列的珊瑚（附件数据文件中的“ pucks”），它们随着时间的推移被重复测量（作为颜色），并且我对测试固定的治疗效果（两个温度），基因型（5-6个基因型）感兴趣。），时间（日历日期）及其交互。我知道如何在MANOVA平台下执行此操作，但是如果我将两个固定效果添加到混合模型平台上，那么将“日期”作为重复测量，就会发生以下两种情况之一。它要么只给出固定效果的输出（即不是时间的影响），要么，如果我也将“ Date”作为固定因子，则会导致它崩溃，这可能是因为软件在其中看到“ Date”两个地方。Jian显然是通过在示例中调用“ Date”来欺骗JMP。我认为他将“时间”（日期x时间）作为重复测量，然后将“日期”（仅日期）作为固定因子。当然，我实际上不必每次都重新编码这样的虚拟变量吗？我想我可以将“日期”重新编码为“实验日”，然后将“日期”作为重复的度量，而将“实验日”记录在固定因子模型中，但是似乎必须有一种更简单的方法。换句话说，如何在混合模型平台上将其设置到我还可以得到时间效果的位置（可以在MANOVA平台下完成）？也许在混合模型下（仅在MANOVA下）不可能与重复测量产生交互作用？
回复：正确的格式以进行重复测量方差分析嗨，安德森，
您既可以将日期用作固定效果，也可以将其用作混合模型中的重复列。 但是，在您的情况下，当您将日期，处理，基因型及其相互作用添加为固定效果时，JMP警告说，固定效果之间存在线性相关性（我将数据中的“平均值”列用作Y）。这似乎与混合模型无关。如下所示，当您仅运行标准最小二乘法模型时，也会收到相同的警告。 如果仅添加三个主要效果，则将运行混合模型。
我不知道到底是什么导致线性相关性，但是我看到您的设计不平衡。在平衡设计的重复测量示例中，我没有问题，使用日历日期作为固定效果和重复列，可以运行具有主要效果和交互作用的模型。 （请注意，在我的示例中，我将日历日期标记为“时间”。）
您提到的技巧是，当您选择AR（1）作为重复结构时，重复列必须是连续的，因此我从原始的Time列创建了一个连续的Days列。
回复：正确的格式以进行重复测量方差分析谢谢您的答复。我想我实际上已经弄清楚了，这确实与您提到的不平衡设计有关。基本上，这是一项研究，其中生物在整个研究过程中死亡，因此每个评估日期的样本量会逐渐减小。如果只看前几个学习时间，就可以像您所说的那样，将“日期”用作固定术语和重复度量，这很好，因为这就是我想要的。
我真的想知道，这类减少样本量的问题是否真的需要一套完全不同的统计方法（例如用于生存数据的方法）吗？也许我应该对此进行新的讨论：当由于研究动物的死亡而导致样本量随时间缩小时，最好的方法是什么？如果您尝试将MANOVA平台与此类丢失的数据集结合使用，它将根本无法工作！但是我不想用更少的样本来省去以后的采样时间，因为这可能是最有趣的。无论如何，感谢您对此进行调查，并很抱歉在我的数据集（而非软件）出现问题时提出了警告！回复：正确的格式以进行重复测量方差分析打扰一下，但是我有点困惑。
您想回答什么问题？“颜色”是珊瑚健康的指标吗？我看不到标有颜色的列吗？我确实看到标有“平均值”的列。 这是什么？平均值是多少？如果存在平均值，则相关的标准偏差是多少？您是在拍摄珊瑚的照片然后测量颜色吗？您量化了测量精度吗？什么是珊瑚位置？
您感兴趣的因素是：
1。治疗 -温度（确定为稳定且可变的水平？）。 为什么不记录您正在实验的温度？
2。基因型 （尽管其中有6个数据点，但是数据集中有3个数据点没有值且没有照片？）。为什么要排除排除的值？，
3。时间 （您是说几天？）。我不明白这是一个因素吗？我不确定您为什么将其归类为固定效果？这实际上不是操纵因素吗？您会更好地创建时间到达某种颜色的响应变量吗？或死亡时间？或使用随着时间的重复测量来创建回归线，并分析该线的斜率。
您没有包括模型。 您需要处理的线性效果，基因型的线性和非线性项（最多4阶？）。治疗与基因型的相互作用？与时间互动？我不确定这对我是否有意义...您是说不稳定吗？
回复：正确的格式以进行重复测量方差分析谢谢大家。我已经下载了此加载项。我可能也应该解释一下我发布的数据表，但是我们基本上有两个温度曲线（稳定与可变），几个基因型和一个色彩强度（“平均值”，因为它是在多张图片中得到的平均值）。基本上，我们想查看一下后来暴露于高温的稳定或变温珊瑚的颜色强度（作为R强度，与色素沉着成反比）是否增加了更多。当您检查模型中的日期，温度处理和基因型时，您会看到一些有趣的效果，尽管不一定与适应温度处理有关（基因型的效果更大）。一种更简单的方法是计算颜色随时间的变化并分析双向ANOVA（温度处理x基因型）中颜色的增加/减少。这样一来，就不必再进行ANOVA重复测量了！
回复：正确的格式以进行重复测量方差分析你好 @abmayfield
关于重复测量方差分析的规范，有一个简化的添加项： 全因子重复测量ANOVA加载项
https://www.youtube.com/watch?v=fh8jiFf2z-o
也许可以帮到您。
罗恩
