反復測定ANOVAの正しいフォーマット数週間前に、混合モデルプラットフォームの使用に関するJian Caoによる興味深いウェビナーに参加しました。その間に、実際にはMANOVAの下で繰り返し測定ANOVA設計を設定する必要がないことを学びました。これにより柔軟性が高まるので、試してみたかったのです。一連のサンゴ（添付のデータファイルでは「カモ」）があり、時間の経過とともに（色として）繰り返し測定されました。治療（2つの温度）、遺伝子型（5-6遺伝子型）の固定効果のテストに興味がありました。）、時間（カレンダーの日付）、およびそれらの相互作用。MANOVAプラットフォームでこれを行う方法を知っていますが、2つの固定効果を混合モデルプラットフォームに追加した場合、反復測定として「日付」を使用すると、2つのことが起こります。固定効果（つまり、時間の影響ではない）の出力のみを提供します。または、固定要素として「日付」も含めた場合、ソフトウェアが「日付」を参照するため、クラッシュする可能性があります。2箇所。Jianが明らかにしたことは、彼の例では「日付」を他の何かと呼ぶことによってJMPをだましたことです。私は彼が繰り返しの測度として「時間」（日付x時間）を持ち、次に固定係数として「日付」（=日付のみ）を持っていたと思います。確かに、毎回このようなダミー変数を実際に再コーディングする必要はありませんか？！「日付」を「実験日」に再コード化し、「日付」を繰り返し測定値とし、「実験日」を固定因子モデルに含めることができると思いますが、もっと簡単な方法があるように思えます。言い換えれば、（MANOVAプラットフォームで実行できるように）時間効果も取得できるように、混合モデルプラットフォームでそれをどのように設定しますか？それとも、反復測定との相互作用効果は混合モデルでは（そしてMANOVAでのみ）不可能ですか？
Re：反復測定ANOVAの正しいフォーマットこんにちは、アンダーソン、
固定効果として、および混合モデルで繰り返し列として日付を使用できます。 ただし、あなたの場合、日付、治療、遺伝子型、およびそれらの相互作用を固定効果として追加すると、JMPは、固定効果間に線形依存があることを警告します（データの平均列をYとして使用しました）。これは混合モデルとは関係がないようです。以下に示すように、標準最小二乗モデルを実行しただけでも同じ警告が表示されます。 3つの主な効果のみを追加すると、混合モデルが実行されます。
線形依存関係の正確な原因はわかりませんが、不均衡な設計でした。バランスの取れた設計からの反復測定の例では、固定効果と反復列の両方としてカレンダーの日付を使用して、主効果と交互作用でモデルを実行しても問題ありません。 （私の例では、カレンダーの日付にTimeというラベルを付けていることに注意してください。）
私が言ったトリックは、繰り返し構造としてAR（1）を選択する場合、繰り返し列は連続でなければならないため、元のTime列から連続するDays列を作成しました。
Re：反復測定ANOVAの正しいフォーマットご回答ありがとうございます。私は実際にそれを理解したと思います、そしてそれはあなたが言及したアンバランスなデザインに関係しています。基本的に、それは研究を通して生物が死ぬ研究であるため、サンプルサイズは評価の日付ごとに徐々に小さくなります。最初の数回の勉強時間だけを見れば、あなたが言ったように、「日付」を固定された用語として、そして繰り返しの測定として使うことができます。
これらの種類の減少するサンプルサイズの問題が、実際に完全に異なる一連の統計手法（生存データに使用される手法など）を実際に必要とするのかどうか、私は実際に疑問に思いますか？多分私はそれについて新しい議論を開く必要があります：研究動物の死のためにサンプルサイズが時間とともに縮小する場合の最良のアプローチは何ですか？これらの種類の欠落データデータセットでMANOVAプラットフォームを使用しようとすると、まったく機能しません。しかし、サンプルの数が少ない場合は、サンプリングが最も興味深い可能性があるため、後のサンプリング時間は省略しません。とにかく、これを調べてくれてありがとう、そしてそれが実際には私のデータセット（およびソフトウェアではない）の問題であったときに赤信号を上げてしまい申し訳ありません！Re：反復測定ANOVAの正しいフォーマット私はとりとめのない言い訳をしますが、私は少し混乱しています。
どのような質問に答えようとしていますか？「色」はサンゴの健康の指標ですか？colorというラベルの付いた列が表示されません。Imremeというラベルの付いた列が表示されます。 これは何ですか？何の平均？平均がある場合、関連する標準偏差は何ですか？サンゴの写真を撮ってから、色を測定していますか？測定精度を定量化しましたか？サンゴの位置とは？
興味のある要素は次のとおりです。
1。処理 -温度（レベルは安定していて変動しますか？） 実験している温度を記録してみませんか？
2。遺伝子型 （値がなく写真もないデータセットには3つのデータポイントがありますが、これらは6つあります）。除外した値を除外したのはなぜですか？、
3。時間 （これはあなたが日を意味するのですか？） これは要因として理解できませんか？これを固定効果として分類する理由がわかりませんか？これは実際には操作された要素ではありませんか？特定の色に到達するまでの時間である応答変数を作成した方がいいですか？または死ぬまでの時間？または、時間の経過とともに繰り返される測定値を使用して回帰直線を作成し、この直線の傾きを分析します。
モデルは含まれていません。 治療の線形効果、ジェノタイプの線形項と非線形項（最大4次まで？）が必要です。治療と遺伝子型の相互作用？時間との相互作用？これが理にかなっているとは思いませんが...不安定さを意味しますか？
Re：反復測定ANOVAの正しいフォーマットみんな、ありがとう。このアドインは既にダウンロード済みです。おそらく、私が投稿したデータテーブルについても説明するべきでしたが、基本的には2つの温度プロファイル（安定対変数）、いくつかの遺伝子型、および色強度（複数の画像で平均化されているため「平均」）がありました。基本的に、後で高温にさらされた安定したまたは変動する温度のサンゴについて、色の強さ（Rの強さとして、色素沈着と本質的に反比例する）がさらに増加するかどうかを確認したかった。モデルで日付、温度処理、および遺伝子型を確認すると、順応温度処理に必ずしも関連しているわけではありませんが（遺伝子型の効果の方が大きい）、いくつかの興味深い効果を確認できます。より簡単な方法は、時間の経過に伴う色の変化を計算し、二元配置分散分析（温度処理x遺伝子型）で色の増減を分析することでした。そうすれば、最初からANOVAを繰り返す必要はありませんでした。
Re：反復測定ANOVAの正しいフォーマットこんにちは @abmayfield
繰り返し測定anovaの仕様になると、単純化されたアドインがあります。完全階乗反復測定ANOVAアドイン
https://www.youtube.com/watch?v=fh8jiFf2z-o
多分それはあなたを助けることができるでしょう。
ロン
