formattazione corretta per misure ripetute ANOVAHo partecipato a un interessante webinar di Jian Cao alcune settimane fa sull'uso della piattaforma di modelli misti, durante la quale ho appreso che in realtà non è necessario impostare misure ANOVA ripetute sotto MANOVA. Questo apre una maggiore flessibilità, quindi volevo provarlo. Ho una serie di coralli ("dischi" nel file di dati allegato) che sono stati ripetutamente misurati (come colore) nel tempo ed ero interessato a testare gli effetti fissi del trattamento (due temperature), genotipo (5-6 genotipi ), ora (date del calendario) e loro interazione. So come farlo sotto la piattaforma MANOVA, ma se aggiungo i due effetti fissi alla piattaforma del modello misto, quindi "Date" come misura ripetuta, accade una delle due cose. Fornisce SOLO l'output degli effetti fissi (ovvero, NON l'effetto del tempo), oppure, se includo anche "Date" come fattore fisso, provoca un arresto anomalo, potenzialmente poiché il software vede "Date" in due posti. Ciò che evidentemente Jian ha fatto è stato ingannare JMP chiamando "Date" qualcos'altro nel suo esempio. Penso che avesse "Time" (che era data x ora) come misura ripetuta e quindi "Date" (= solo data) come fattore fisso. Sicuramente non devo davvero ricodificare una variabile fittizia come questa ogni volta ?! Immagino di poter ricodificare "Data" in "giorno dell'esperimento" e quindi che "data" sia la misura ripetuta e "giorno dell'esperimento" sia nel modello a fattore fisso, ma sembra che ci debba essere un modo più semplice. In altre parole, come lo installo sotto la piattaforma del modello misto su cui ottengo anche l'effetto del tempo (come si può fare con la piattaforma MANOVA)? O forse gli effetti di interazione con la misura ripetuta NON sono possibili nel modello misto (e solo con MANOVA)?
Ri: formattazione corretta per misure ripetute ANOVACiao Anderson,
Puoi usare sia Date come effetto fisso sia come colonna ripetuta in modelli misti. Tuttavia, nel tuo caso, quando aggiungi Data, Trattamento, Genotipo e le loro interazioni come effetto fisso, JMP avverte che ci sono dipendenze lineari tra gli effetti fissi (ho usato la colonna Media dai tuoi dati come Y). Ciò non sembra avere a che fare con i modelli misti; riceveresti lo stesso avviso quando esegui un modello Minimi quadrati standard come mostrato di seguito. Se aggiungi solo i tre effetti principali, verranno eseguiti i modelli misti.
Non so cosa causi esattamente le dipendenze lineari, ma vedo che hai avuto un design sbilanciato. Nel mio esempio di misure ripetute di un progetto bilanciato, non ho problemi a eseguire il modello con gli effetti e le interazioni principali usando le date del calendario sia come effetto fisso che come colonna ripetuta. (Nota che nel mio esempio ho etichettato la data del calendario come Ora.)
Il trucco che mi hai detto è che quando selezioni AR (1) come struttura ripetuta la colonna ripetuta deve essere continua, quindi ho creato una colonna Giorni continua dalla colonna Ora originale.
Ri: formattazione corretta per misure ripetute ANOVAGrazie per la vostra risposta. Penso di averlo effettivamente capito, e ha a che fare con il design sbilanciato che hai citato. Fondamentalmente, è uno studio in cui gli organismi muoiono durante lo studio, quindi la dimensione del campione si riduce progressivamente ad ogni data di valutazione. Se guardi solo i primi tempi di studio, puoi, come hai detto, usare "Data" come termine fisso e come misura ripetuta, il che è positivo poiché è quello che voglio.
In realtà mi chiedo se questo tipo di problemi di dimensioni del campione in diminuzione richiedano effettivamente una suite completamente diversa di approcci statistici (come quelli usati per i dati di sopravvivenza)? Forse dovrei aprire una nuova discussione su questo: qual è l'approccio migliore per quando la dimensione del campione si riduce nel tempo a causa della morte di animali da studio? Se si tenta di utilizzare la piattaforma MANOVA con questo tipo di set di dati mancanti, non funzionerà affatto! Ma non voglio omettere i tempi di campionamento successivi con un minor numero di campioni poiché quelli sono potenzialmente i più interessanti. Comunque, grazie per aver esaminato questo, e mi dispiace per aver sollevato una bandiera rossa quando, in realtà, era un problema con il mio set di dati (e non con il software)!Ri: formattazione corretta per misure ripetute ANOVAScusa le mie divagazioni, ma sono un po 'confuso.
A quali domande stai cercando di rispondere? Il "colore" è un indicatore della salute del corallo? Non vedo una colonna etichettata a colori? Vedo una colonna con l'etichetta Media. Cos'è questo? Media di cosa? Se esiste una media, qual è la deviazione standard associata? Stai scattando foto del corallo e poi misurando il colore? Hai quantificato la precisione di misura? Qual è la posizione dei coralli?
I fattori che ti interessano sono:
1. Trattamento - temperatura (livelli identificati come stabili e variabili?). Perché non registrare le temperature alle quali stai sperimentando?
2. Genotipo (ce ne sono 6, sebbene nel set di dati siano presenti 3 punti dati senza valori e senza foto?). Perché hai escluso i valori che hai escluso? ,
3. Tempo (con questo intendi giorni?). Non lo capisco come un fattore? Non sono sicuro del perché lo classifichi come effetto fisso? Questo non è in realtà un fattore manipolato? Sarebbe meglio creare una variabile di risposta che è tempo di raggiungere un determinato colore? O tempo alla morte? Oppure crea una linea di regressione usando le misure ripetute nel tempo e analizza la pendenza di questa linea.
Non hai incluso il tuo modello. Volete l'effetto lineare di Trattamento, i termini lineari e non lineari per Genotipo (fino al 4 ° ordine?). Interazioni di trattamento e genotipo? Interazioni con il tempo? Non sono sicuro che questo abbia senso per me ... vuoi dire instabilità?
Ri: formattazione corretta per misure ripetute ANOVAGrazie a tutti. Ho già scaricato questo componente aggiuntivo. Probabilmente avrei dovuto spiegare anche la tabella dei dati che ho pubblicato, ma fondamentalmente avevamo due profili di temperatura (stabile vs. variabile), diversi genotipi e un'intensità di colore ("media" poiché era mediata su più immagini). Fondamentalmente, volevamo vedere se l'intensità del colore (come intensità R, che è essenzialmente inversamente correlata alla pigmentazione) aumentava di più per i coralli stabili o a temperatura variabile che furono successivamente esposti ad alte temperature. Quando si controlla la data, il trattamento della temperatura e il genotipo nel modello, è possibile notare alcuni effetti interessanti, sebbene non necessariamente correlati al trattamento della temperatura di acclimatazione (l'effetto del genotipo è maggiore). Un modo più semplice per farlo sarebbe stato quello di aver calcolato la variazione di colore nel tempo e di aver analizzato l'aumento / diminuzione del colore in un ANOVA a due vie (trattamento della temperatura x genotipo). Quindi, nessuna misura ripetuta ANOVA sarebbe nemmeno stata necessaria per cominciare!
Ri: formattazione corretta per misure ripetute ANOVACiao @abmayfield
quando si tratta di specificare un anova misure ripetute c'è un add-on semplificato: Misure ripetute fattoriali complete Componente aggiuntivo ANOVA
https://www.youtube.com/watch?v=fh8jiFf2z-o
Forse potrebbe aiutarti.
ron
