formatage correct pour les mesures répétées ANOVAIl y a quelques semaines, j'ai assisté à un intéressant webinaire de Jian Cao sur l'utilisation de la plate-forme de modèles mixtes, au cours duquel j'ai appris que vous n'avez en fait pas besoin de configurer des conceptions d'ANOVA à mesures répétées sous MANOVA. Cela ouvre plus de flexibilité, donc je voulais l'essayer. J'ai une série de coraux ("rondelles" dans le fichier de données ci-joint) qui ont été mesurés à plusieurs reprises (sous forme de couleur) au fil du temps, et j'étais intéressé à tester les effets fixes du traitement (deux températures), le génotype (5-6 génotypes ), l'heure (dates du calendrier) et leur interaction. Je sais comment faire cela sous la plate-forme MANOVA, mais si j'ajoute les deux effets fixes à la plate-forme de modèle mixte, puis "Date" comme mesure répétée, l'une des deux choses se produit. Soit il donne UNIQUEMENT la sortie des effets fixes (c'est-à-dire PAS l'effet du temps), OU, si j'inclus également "Date" comme facteur fixe, il le fait planter, potentiellement car le logiciel voit "Date" dans deux places. Ce que Jian a évidemment fait était de tromper JMP en appelant "Date" autre chose dans son exemple. Je pense qu'il avait "Time" (qui était la date x heure) comme mesure répétée et ensuite "Date" (= date seulement) comme facteur fixe. Je n'ai sûrement pas à recoder une variable fictive comme celle-ci à chaque fois?! Je suppose que je pourrais recoder "Date" en "jour de l'expérience", puis faire en sorte que "date" soit la mesure répétée et "jour de l'expérience" dans le modèle à facteur fixe, mais il semble qu'il doit y avoir un moyen plus simple. En d'autres termes, comment puis-je le configurer sous la plate-forme de modèle mixte à l'endroit où j'obtiens également l'effet de temps (comme cela peut être fait sous la plate-forme MANOVA)? Ou peut-être que les effets d'interaction avec la mesure répétée NE SONT PAS possibles sous modèle mixte (et seulement avec MANOVA)?
Re: formatage correct pour les mesures répétées ANOVASalut, Anderson,
Vous pouvez utiliser à la fois Date comme effet fixe et comme colonne répétée dans les modèles mixtes. Cependant, dans votre cas, lorsque vous ajoutez Date, Traitement, Génotype et leurs interactions comme effet fixe, JMP avertit qu'il existe des dépendances linéaires entre les effets fixes (j'ai utilisé la colonne Moyenne de vos données comme Y). Cela ne semble pas avoir à voir avec les modèles mixtes; vous recevrez le même avertissement lorsque vous exécutez un modèle de moindres carrés standard, comme indiqué ci-dessous. Si vous ajoutez seulement les trois effets principaux, les modèles mixtes s'exécuteront.
Je ne sais pas ce qui cause exactement les dépendances linéaires, mais je vois que vous aviez une conception déséquilibrée. Dans mon exemple de mesures répétées d'une conception équilibrée, je n'ai aucun problème à exécuter le modèle avec les principaux effets et interactions en utilisant les dates du calendrier à la fois comme un effet fixe et une colonne répétée. (Notez que dans mon exemple, j'ai étiqueté la date du calendrier comme l'heure.)
L'astuce que vous m'avez mentionnée est que lorsque vous sélectionnez AR (1) comme structure répétée, la colonne répétée doit être continue, j'ai donc créé une colonne Jours continue à partir de la colonne Heure d'origine.
Re: formatage correct pour les mesures répétées ANOVAMerci pour votre réponse. Je pense que je l'ai compris, et cela a à voir avec la conception déséquilibrée que vous avez mentionnée. Fondamentalement, il s'agit d'une étude dans laquelle des organismes meurent tout au long de l'étude, de sorte que la taille de l'échantillon diminue progressivement à chaque date d'évaluation. Si vous regardez simplement les premières heures d'étude, vous pouvez, comme vous l'avez dit, utiliser "Date" comme terme fixe et comme mesure répétée, ce qui est bien puisque c'est ce que je veux.
Je me demande en fait si ces sortes de problèmes de taille d'échantillon décroissante nécessitent réellement une suite complètement différente d'approches statistiques (comme celles utilisées pour les données de survie)? Je devrais peut-être ouvrir une nouvelle discussion à ce sujet: quelle est la meilleure approche lorsque la taille de votre échantillon diminue avec le temps en raison de la mort d'animaux d'étude? Si vous essayez d'utiliser la plate-forme MANOVA avec ces types de données manquantes, cela ne fonctionnera pas du tout! Mais je ne veux pas omettre les temps d'échantillonnage ultérieurs avec moins d'échantillons car ce sont potentiellement les plus intéressants. Quoi qu'il en soit, merci d'avoir examiné la question et désolé d'avoir soulevé un drapeau rouge alors qu'il s'agissait en fait d'un problème avec mon jeu de données (et non le logiciel)!Re: formatage correct pour les mesures répétées ANOVAExcusez mes divagations, mais je suis un peu confus.
À quelles questions essayez-vous de répondre? La "couleur" est un indicateur de la santé du corail? Je ne vois pas de colonne intitulée couleur? Je vois une colonne intitulée Moyenne. Qu'est-ce que c'est? Moyenne de quoi? S'il y a une moyenne, quel est l'écart type associé? Prenez-vous des photos du corail et mesurez-vous ensuite la couleur? Avez-vous quantifié la précision des mesures? Quelle est la position des coraux?
Les facteurs qui vous intéressent sont:
1. Traitement - température (niveaux identifiés comme stables et variables?). Pourquoi ne pas enregistrer les températures que vous expérimentez?
2. Génotype (il y en a 6 bien qu'il y ait 3 points de données dans votre ensemble de données sans valeurs et sans photo?). Pourquoi avez-vous exclu les valeurs que vous avez exclues? ,
3. Temps (vous entendez par là des jours?). Je ne comprends pas cela comme un facteur? Je ne sais pas pourquoi vous classifiez cela comme un effet fixe? Ce n'est pas réellement un facteur manipulé? Seriez-vous mieux de créer une variable de réponse qui est le temps d'atteindre une certaine couleur? Ou le temps de la mort? Ou créez une ligne de régression en utilisant les mesures répétées dans le temps et analysez la pente de cette ligne.
Vous n'avez pas inclus votre modèle. Vous voulez l'effet linéaire du traitement, les termes linéaires et non linéaires pour le génotype (jusqu'au 4ème ordre?). Interactions du traitement et du génotype? Interactions avec le temps? Je ne suis pas sûr que cela ait du sens pour moi ... tu veux dire l'instabilité?
Re: formatage correct pour les mesures répétées ANOVAMerci tout le monde. J'ai déjà téléchargé ce complément. J'aurais probablement dû expliquer également le tableau de données que j'ai publié, mais nous avions essentiellement deux profils de température (stable vs variable), plusieurs génotypes et une intensité de couleur ("moyenne" car elle était moyenne sur plusieurs images). Fondamentalement, nous voulions voir si l'intensité de la couleur (en tant qu'intensité R, qui est essentiellement inversement corrélée à la pigmentation) augmentait davantage pour les coraux à température stable ou variable qui ont ensuite été exposés à des températures élevées. Lorsque vous vérifiez la date, le traitement thermique et le génotype dans le modèle, vous pouvez voir des effets intéressants, mais pas nécessairement liés au traitement thermique d'acclimatation (l'effet du génotype est plus important). Une manière plus simple de le faire aurait été de calculer le changement de couleur dans le temps et d'analyser l'augmentation / diminution de la couleur dans une ANOVA bidirectionnelle (traitement thermique x génotype). Ensuite, aucune mesure répétée ANOVA n'aurait même été nécessaire pour commencer!
Re: formatage correct pour les mesures répétées ANOVAsalut @abmayfield
en ce qui concerne la spécification d'une mesure répétée anova, il existe un ajout simplifié: Complément de mesures répétitives factorielles Complément ANOVA
https://www.youtube.com/watch?v=fh8jiFf2z-o
Cela pourrait peut-être vous aider.
Ron
