Dieser Community-Bereich soll die Drehscheibe für Informationen zu JMP Genomics sein. Diese Informationen sind für nur für den internen Gebrauch und sollten nicht in separate Dokumente kopiert werden - diese Seite ist in Arbeit und wird aktualisiert, wenn wir neue Informationen zum Teilen haben. Vielen Dank an Tracy Bailey, Drew Hayes, Lori Casto, Briana Codd, Ruth Hummel, Chris Kirchberg und Geoff Mann für die Bereitstellung großartiger Inhalte, Vorschläge und Rückmeldungen!
ÖFFNE ALLE ALLE SCHLIESSEN
Elevator Pitch für Pharma und Biotech:
JMP Genomics hilft Ihnen, komplexe und seltene Zellpopulationen visuell und interaktiv zu untersuchen, die unterschiedlichen Genexpressionsmuster über Zelltypen hinweg durch Clustering-Analyse zu erkennen, transkriptionelle Veränderungen in Immunzellen zu profilieren, um die Entwicklung von Impfstoffen oder Behandlungen zu unterstützen, und die evolutionäre Dynamik von Tumorprogression und Metastasierung aufzudecken und Behandlungsresistenz. Wettbewerbsvorteile: Einfache und erweiterte visuelle und interaktive Analysen an einem Ort ohne Programmierung.
Elevator Pitch für Pflanzenzüchter und Pflanzenbiowissenschaftler:
Auf der Grundlage agronomischer Forschung und modernster Algorithmen ermöglichen schnelle Züchtungszyklen, die in JMP Genomics durchgeführt werden, Pflanzenzüchtern und Pflanzenbiowissenschaftlern, die Auswahl gesünderer Pflanzen voranzutreiben, indem sie die genetische Variabilität modellieren, Züchtungsentscheidungen optimieren, Züchtungsprogramme mit mehreren Merkmalen simulieren und ausbalancieren Kompromisse zwischen wichtigen wünschenswerten Eigenschaften. Wettbewerbsvorteile: Einfache und erweiterte visuelle und interaktive Analysen an einem Ort ohne Programmierung.
Auf welche Schlüsselwörter/Sätze sollte ich achten, die auf einen potenziellen JMP Genomics-Interessenten hindeuten?
- Sequenzierungsdaten der nächsten Generation (NGS)
- Genomweite Assoziationsstudien (GWAS)
- Hochgeschwindigkeitszüchtung von Nutzpflanzen
- Einzelzell-RNA-Sequenzierung
- Variantenzuordnung
- Proteomik oder Metabolomik
Was sind die häufigsten Fragen, die ich stellen kann, um einen potenziellen Kunden von JMP Genomics zu qualifizieren?
Pharma/Biotech
- Führen Sie Einzelzellsequenzierung für immunologische oder onkologische Studien durch?
- Bewerten Sie die Wirksamkeit von Impfstoffen?
- Sind Ihre pharmakogenomischen Analysen reproduzierbar?
- Versuchen Sie, Ihre Assays oder diagnostischen Tests zu optimieren? ?
Landwirtschaftliche Unternehmen
- Beteiligt sich Ihr Unternehmen mit Ihren Züchtungsprogrammen an der genomischen Selektion?
- Versuchen Sie, den Ernteertrag zu verbessern?
- Haben Sie Schwierigkeiten, Ihre Zuchtprogramme zu optimieren?
- Krankheitsresistenz verbessern?
- Sind Sie in der Lage, alle wünschenswerten Merkmale in Ihre Zuchtprogramme aufzunehmen?
- Interessieren Sie sich für eine Neuanlagenanmeldung?
Welche unterschiedlichen Arten von Daten werden typischerweise in JMP Genomics analysiert?
Allgemeine Beschreibung: DNA-, RNA-, Metaboliten- und Proteindaten
Genetische Chipdaten - zur Lieferliste geoffen.
- Einzelzell-RNA-Sequenzierungsdaten
- Ausdrucksdaten
- Mikroarray
- RNA-seq
- Sequenzierungsdaten der nächsten Generation
- Variantendaten
- Abgeglichene genetische Sequenzdaten (JMP G verarbeitet jedoch KEINE Rohsequenzdaten)
- Genomweite Assoziationsstudien
- Nicht nur Genomdaten: Proteomik (Proteine), Metabolomik (Metabolite)
- Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Seite Kernkompetenzen.
Was sind die Hauptvorteile von JMP Genomics?
- Insgesamt kann JMP Genomics die Reproduzierbarkeit Ihrer Analysen mit Genomik-, Proteomik- und Metabolomikdaten verbessern.
- JMP Genomics ist sehr gut darin, hochdimensionale Daten mit hohem Durchsatz zu analysieren.
- Verbessern Sie Ihre Analysen von Einzelzell-RNA-Sequenzierungsdaten.
- Verbessern Sie Ihre Analysen der genetischen Vielfalt und wenden Sie genomische Selektion mit Ihren Pflanzenzüchtungsprogrammen an.
- Verwenden Sie erstklassige Predictive-Analytics- und Machine-Learning-Methoden für Next-Gen-Sequencing-Daten.
- Verwenden Sie die führende Software zur Analyse von Microarray-Expressionsdaten.
Welche Art von Organisationen oder Unternehmen verwenden JMP Genomics?
Welche Art von Rollen/Titeln/Persönlichkeiten sind die Zielgruppe für JMP Genomics?
- Pflanzenzüchter (Webcast)
- Pflanzenwissenschaftler ( Blog)
- Quantitative Genetiker
- Translationale Wissenschaftler (blog)
- Bioinformatiker
- Biomarker-Wissenschaftler
- Forschende Wissenschaftler
- Biologen
- Biochemiker
- Molekularbiologen
- Genetiker
- Statistiker
- Epidemiologen
- Arzt
Wie sieht ein typischer Workflow für Benutzer aus?
Um reproduzierbare wissenschaftliche Experimente durchzuführen, müssen Sie einem bestimmten Protokoll von Schritten folgen. Die primären/gebräuchlichsten Arbeitsabläufe für JMP Genomics sind die Arbeitsabläufe „Grundlegende Expression“, „Grundlegende RNA-seq“, „Grundlegende Kopienzahl“ und „Grundlegende Kacheln“. Bei den Daten folgen hauptsächlich die folgenden Schritte:
- 1. Qualitätskontrolle (Sind die Daten korrekt?)
- 2. Normalisierung (ist das Äpfel zu Äpfeln?)
- 3. Experimentelles Design und Modell (wie ist Ihr Design angelegt?)
- 4. Differentielle Expression (Wie werden die Gene unterschiedlich exprimiert/verändert?)
- 5. Annotation (Identifizieren der Gene mit großen Unterschieden)
Wie viel kostet JMP Genomics?
- JMP Genomics kostet 14.900 US-Dollar für FYF (wie JMP Clinical und JMP Pro)
- Mengenrabatte verfügbar.
- Bitte wende dich an die JMP Genomics-Preisseite für die neuesten Informationen.
Verfügt JMP Genomics über alle Funktionen von JMP Pro?
JMP Genomics basiert auf JMP Pro. Die Funktionen sind über die Menüs zugänglich, wir haben diese Funktionen jedoch nicht in die Vorhersagemodellierungsprozesse, -schnittstellen und -methoden von JMP Genomic integriert.
Wann passt JMP Genomics nicht gut zu Genomics?
- Bioinformatische Analyse
- Rohsequenzverarbeitung
- Sequenzausrichtungen
- Erkennung seltener Varianten
- Netzwerkanalyse
- Pathway Analysis (außer Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)
- Small-Expression-Panel-Analyse (qPCR oder Small Targeted Microarrays)
Diese Arten von Panels umfassen etwa einige hundert Gene und sind in der Regel bereits analysiert. Je nach Bedarf kann JMP oder JMP Pro am besten geeignet sein (DOE für Panel-Optimierung, Erstellung und Bereitstellung von Vorhersagemodellen, Panel-Bewertung, Ergebnisse eines DOE, um signifikante Faktoren zu finden und dann den Prozess zu optimieren).
Wer sind die Hauptkonkurrenten von JMP Genomics?
Goldene Spirale
- Hat weniger Analytik.
- Hat weniger statistische Visualisierungen.
- Potenzielles Problem: Hat eine Serviceabteilung, die die Arbeit für den Kunden erledigt
Partek
- Hat weniger Analytik, erlaubt nur Modelle mit bis zu 2 Faktoren. Bsp.: Sie können Unterschiede im Ausdruck zwischen Männchen und Weibchen sowie zwischen Kontrolle, Behandlung 1 und Behandlung 2 vergleichen. JMPG berücksichtigt viele Faktoren. Bsp.: Zusätzlich zum Geschlechtsvergleich und Behandlungsvergleich können wir auch Altersgruppen, Ernährungsgruppen usw. einbeziehen. So viele Faktoren wie Sie brauchen.
- Hat weniger statistische Visualisierungen
- Potenzielles Problem: „Hat eine vollständige Pipeline“ ermöglicht es Partek, eine Sequenzausrichtung durchzuführen, was JMP nicht kann.
BioPython
- Fehleranfällig, Programmierer erstellen einmaligen Code.
- Kein technischer Support
- Potenzielles Problem: Neueste Methoden des maschinellen Lernens sind früher verfügbar als JMPG
R Bioleiter
- Fehleranfällig, Programmierer erstellen einmaligen Code.
- Kein technischer Support.
- Neueste Methoden des maschinellen Lernens sind früher verfügbar als JMPG
Qiagen Omnisoft- und Workbench-Lösungen (Geoff zum Hinzufügen von Notizen) Aglient GeneSpring (Geoff zum Hinzufügen von Notizen)
Wo ist JMP Genomics installiert?
Muss auf einem lokalen PC (Windows) in einer virtualisierten Umgebung (ähnlich wie JMP und JMP Pro) installiert werden.
Was soll ich tun, wenn ich einen starken Kandidaten für JMP Genomics habe?
- Finden Sie heraus, ob sie Budget haben.
- Finden Sie heraus, ob sie über die richtigen Daten verfügen. Typischerweise ausgerichtete RNA/DNA-Sequenzdaten. Metabolomics- und Proteomics-Daten müssen nicht abgeglichen werden.
- Planen Sie die Demo.
Gibt es Beispiele für Verkaufsgewinne für JMP Genomics, über die ich mich informieren kann?
Informationen zu den Verkaufserfolgen von JMP Genomics finden Sie unter
Liste der Verkaufsgewinne hier und verwenden Sie Strg + F, um Genomics-Gewinne zu finden.
Wer präsentiert normalerweise Demos von JMP Genomics?
Einige SEs sind in der Lage, ihre eigenen JMP Genomics-Demos auf einer Einführungsebene durchzuführen. Bei Bedarf arbeitet Ihr SE mit Chris Kirchberg oder Valerie Nedbal zusammen, um sich auf die Demo vorzubereiten. Wenn sie noch mehr Unterstützung brauchen, helfen Chris oder Valerie bei der Demo. Wenn sie nicht verfügbar sind, kann Luciano helfen.
Welche JMP Genomics-Ressourcen kann ich einem Interessenten oder Kunden anbieten?
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