JMP基因組學10 ,是JMP系列產品中最新的軟件版本,這裡有很多令人興奮的地方。如果您是對加快育種週期感興趣的植物育種家或作物科學家,或是對分析單細胞RNA-Seq實驗感興趣的轉化科學家,那麼可以使用新的分析方法,因此請放心使用。
在JMP Genomics 10中,您可以使用最複雜的工具集來測試驅動器,以了解它們如何幫助您解決科學問題。
首先讓我們看一下其中的一些新功能。
轉化科學
使用星座圖可視化基因之間的關係。
新的基本單細胞RNA-Seq工作流程將為轉化科學家帶來很多價值。使用它,您可以對單細胞RNA-Seq數據集執行標準探索,以分析細胞水平的基因表達模式,從而有助於鑑定顯示差異表達的細胞類型簇。 這項新技術在免疫學和腫瘤學研究中特別有用。 此外,功能條形碼矩陣導入器,可變基因選擇和降維嵌入方法(t-SNE和UMAP)是有助於單細胞RNA序列分析的新功能。 如果您對演示感興趣,請務必查看Meijian Jian的演示文稿,使用JMP基因組學分析單細胞RNA測序數據 。
但是,不要僅僅因為Meijian的話而對JMP Genomics使他的科學研究變得多麼有趣。查看一些最近的出版物,以更全面地了解JMP Genomics提供的功能。對於那些評估疫苗的功效 ,預測基於血液的生物標記物(以及隨後的分析方法) 乳腺癌鑑定 ,或申請專利診斷皮膚黑色素瘤 , JMP Genomics向用戶的數據科學工具庫中添加了新的基本單細胞RNA-Seq工作流程。
農藝研究
將人口混合物添加到JMP基因組學中使統計遺傳學家在箭袋中有了另一個箭頭,可以用來估計祖先起源,以解釋全基因組關聯研究(GWAS)中的遺傳多樣性。對於農藝學研究,基因組選擇模型更新可增強交叉評估和後代模擬,以執行高節奏的育種週期,並通過對基因變異建模來支持更健康的農作物的選擇。 的最新影片 Luciano da Costa e Silva的文章描述了這些新功能。有關我們軟件的最新高層討論,請查看Kelci Miclaus博士的JMP On Air部分: 利用JMP基因組學進行植物育種 。
借助這些新的分析和工具,科學家加速了更健壯的農作物(例如,尋找六倍體冬小麥的抗病性 ) ,美國農業部國家小穀物收藏有用於動物和人類食品供應的多種穀物 ,而學術研究人員註冊的新白芸豆植物結合了高種子產量,抗黴菌和抗白葉病。這些項目有什麼共同點?僅JMP Genomics中存在的軟件複雜程度。
JMP Genomics 10中提供的工具
JMP Genomics的此版本是我們承諾提供對SAS,R和Python的更便捷訪問的最新一步。借助JMP Pro 15.1和SAS 9.4M6,該版本具有可預測的建模增強功能,包括新的“模型摘要”和“集成”實用程序,可改進用於生物標記發現的機器學習應用程序。新的插件例程還通過流行的R和Python軟件包啟用了基因組貝葉斯和XGBoost模型。
由JMP生命科學研發總監Russ Wolfinger領導的頂尖科學家團隊使所有這些進步成為可能。他的 2012年當選為美國科學促進協會會員通過將混合模型應用於臨床試驗和基因組分析,以及在許多其他統計分析領域的研究,證明了他的成就。他最近的榮譽來自Kaggle比賽,最著名的是幾週前,他首次獲得私人排行榜的冠軍 COVID-19的全球預報 。他的JMP On Air訪談, Kaggle優勝者的經驗教訓 ,詳細介紹了他在這些比賽中的經歷。
看看最新版本的 JMP基因組學 。