JMP基因组学10 JMP产品系列中的最新软件发行版已经发布,并且有很多令人兴奋的地方。如果您是对加快育种周期感兴趣的植物育种家或作物科学家,或者对分析单细胞RNA-Seq实验感兴趣的转化科学家,那么可以使用新的分析方法,因此请专心致志。
在JMP Genomics 10中,您可以使用最复杂的工具集来测试驱动器,以了解它们如何帮助您解决科学问题。
首先让我们看一下其中的一些新功能。
转化科学
使用星座图可视化基因之间的关系。
新的基本单细胞RNA-Seq工作流程将为转化科学家带来很多价值。使用它,您可以对单细胞RNA-Seq数据集执行标准探索,以分析细胞水平的基因表达模式,从而有助于鉴定显示差异表达的细胞类型簇。 这项新技术在免疫学和肿瘤学研究中特别有用。 此外,功能条形码矩阵导入器,可变基因选择和降维嵌入方法(t-SNE和UMAP)是有助于单细胞RNA序列分析的新功能。 如果您对演示感兴趣,请务必查看Meijian Jian的演示文稿,使用JMP基因组学分析单细胞RNA测序数据 。
但是,不要仅仅因为Meijian的话而对JMP Genomics使他的科学研究变得多么有趣。查看一些最近的出版物,以更全面地了解JMP Genomics提供的功能。对于那些评估疫苗的功效 ,预测基于血液的生物标记物(以及随后的分析方法) 乳腺癌鉴定 ,或申请专利诊断皮肤黑色素瘤 , JMP Genomics向用户的数据科学工具库中添加了新的基本单细胞RNA-Seq工作流程。
农艺研究
将人口混合物添加到JMP基因组学中使统计遗传学家在箭袋中有了另一个箭头,可以用来估计祖先起源,以解释全基因组关联研究(GWAS)中的遗传多样性。对于农艺学研究,基因组选择模型更新可增强交叉评估和后代模拟,以执行高节奏的育种周期,并通过对基因变异建模来支持更健康的农作物的选择。 的最新影片 Luciano da Costa e Silva的文章描述了这些新功能。有关我们软件的最新高层讨论,请查看Kelci Miclaus博士的JMP On Air部分: 利用JMP基因组学进行植物育种 。
借助这些新的分析和工具,科学家加速了更健壮的农作物(例如,寻找六倍体冬小麦的抗病性 ) ,美国农业部国家小谷物收藏有用于动物和人类食品供应的多种谷物 ,而学术研究人员注册的新白芸豆植物结合了高种子产量,抗霉菌和抗白叶病。这些项目有什么共同点?仅JMP Genomics中存在的软件复杂程度。
JMP Genomics 10中提供的工具
JMP Genomics的此版本是我们承诺提供对SAS,R和Python的更便捷访问的最新一步。借助JMP Pro 15.1和SAS 9.4M6,该版本具有可预测的建模增强功能,包括新的“模型摘要”和“集成”实用程序,可改进用于生物标记发现的机器学习应用程序。新的插件例程还通过流行的R和Python软件包启用了基因组贝叶斯和XGBoost模型。
由JMP生命科学研发总监Russ Wolfinger领导的顶尖科学家团队使所有这些进步成为可能。他的 2012年当选为美国科学促进协会会员通过将混合模型应用于临床试验和基因组分析,以及在许多其他统计分析领域的研究,证明了他的成就。他最近的荣誉来自Kaggle比赛,最著名的是几周前,他首次获得私人排行榜的冠军 COVID-19的全球预报 。他的JMP On Air访谈, Kaggle优胜者的经验教训 ,详细介绍了他在这些比赛中的经历。
看看最新版本的 JMP基因组学 。