JMPゲノミクス10 JMPファミリー製品の最新ソフトウェアリリースであるがここにあり、ワクワクすることがたくさんあります。育種サイクルの加速に関心のある植物育種家または作物科学者、またはシングルセルRNA-Seq実験の分析に関心のあるトランスレーショナルサイエンティストであれば、新しい分析が利用できるので、ぜひご利用ください。
JMP Genomics 10では、最も洗練されたツールのセットを使用して、科学的な問題への取り組みを支援する方法を学ぶことができます。
まず、新機能のいくつかを見てみましょう。
トランスレーショナルサイエンス
コンスタレーションプロットを使用して遺伝子の関係を視覚化します。
トランスレーショナルサイエンティストは、新しい基本的な単一細胞RNA-Seqワークフローから多くの価値を引き出します。これを使用すると、シングルセルRNA-Seqデータセットで標準的な探索を実行して、細胞レベルで遺伝子発現パターンを分析し、差次的発現を示す細胞型クラスターの同定を容易にすることができます。 この新しいテクノロジーは、免疫学および腫瘍学の研究に特に役立ちます。 さらに、Feature-Barcode Matricesインポーター、Variable Gene Selection、次元削減埋め込みメソッド（t-SNEおよびUMAP）は、シングルセルRNA-Seq分析を支援する新しい機能です。 デモに興味がある場合は、Meijian Guanのプレゼンテーションをチェックしてください。 JMPゲノミクスを使用した単一細胞RNAシーケンスデータの分析 。
しかし、JMPゲノミクスが彼の科学的研究をいかに興味深いものにするかについて、明治の言葉をそのまま受け取らないでください。JMP Genomicsが提供するものをより完全に理解するには、最近のいくつかの出版物をご覧ください。あるトランスレーショナルサイエンティスト向けワクチンの効果の評価 、血液ベースのバイオマーカー（およびその後のアッセイ）の予測乳がんの同定 、または特許を申請する皮膚黒色腫を診断する 、 JMP Genomicsは、データサイエンスツールのユーザーの武器に新しい基本的な単一細胞RNA-Seqワークフローを追加します。
農業研究
JMPゲノミクスへの人口混合の追加は、統計的遺伝学者に、ゲノムワイド関連研究（GWAS）における遺伝的多様性を説明するために祖先の起源を推定するための震えのもう1つの矢を与えます。農学研究では、ゲノム選択モデルの更新により、クロス評価と子孫シミュレーションが強化され、ペースの速い育種サイクルが実行され、遺伝的多様性をモデル化することでより健康な作物の選択がサポートされます。 の最新のビデオ Luciano da Costa e Silvaがこれらの新機能について説明しています。私たちのソフトウェアのより最近の高レベルの議論については、Kelci Miclaus博士のJMP On Airセグメントをチェックしてください： JMPゲノミクスによる植物育種 。
これらの新しい分析とツールにより、科学者はより堅牢な作物を加速しました（たとえば、六倍体冬小麦の耐病性を探しています ） 、USDAナショナルスモールグレインコレクション動物および人間の食糧供給のための多様化した穀物 、そして学術研究者は登録された新しい白インゲンマメ植物高い種子収量とカビおよび枯病抵抗性を組み合わせたものです。これらすべてのプロジェクトに共通するものは何ですか？JMP Genomicsにのみ存在するソフトウェアの高度なレベル。
JMP Genomics 10で入手できるツール
JMP Genomicsのこのリリースは、SAS、R、Pythonへのより便利なアクセスを提供するという私たちの約束に向けた最新のステップです。JMP Pro 15.1とSAS 9.4M6を備えたこのリリースでは、バイオマーカー発見のための機械学習アプリケーションを改善するための新しいモデルサマリとEnsembleユーティリティを含む予測モデリングの機能強化が行われています。新しいアドインルーチンは、一般的なRおよびPythonパッケージを介して、Genomic BayesianおよびXGBoostモデルも有効にします。
これらすべての進歩は、R＆DのJMPライフサイエンスディレクターであるRuss Wolfingerが率いる一流の科学者のチームによって可能になりました。彼の 2012年にアメリカ科学振興協会に選出混合モデルを臨床試験およびゲノミクス分析に適用すること、および統計分析の他の多くの分野の研究で、彼の業績をバックアップしています。彼の最近の賞賛は、特に数週間前に最初にプライベートリーダーボードに参加したKaggleコンテストからのものです。 COVID-19のグローバル予測 。彼のJMP On Airインタビュー、 Kaggle受賞者からの教訓 、これらのコンテストでの彼の経験の詳細を示します。
の最新バージョンを見てください JMPゲノミクス 。
