重复与复制与多次观察和嵌套嗨 JMP 社区，
我一直在研究一个生物数据集，我需要帮助了解我应该使用哪种模型来分析我的数据。 有 2 种不同品系的小鼠（每品系 2 只小鼠），每只小鼠的一条腿接受了治疗 1，同一只小鼠的另一条腿接受了治疗 2。 在我的实验过程中，我对每只老鼠的每条腿进行了 2-5 次测量（化学成分）。 我有兴趣使用混合模型来比较处理中每个菌株之间和小鼠品系内处理之间的化学成分方法。 下面是一个 JMP 表日期集示例。
为了利用我的统计数据中的样本内变异性，我并不是特别想对多个观察结果进行平均。 因此，寻找一种可以比较均值的方法，既不会丢失我从多次观察中获得的信息，又不想将每个观察视为独立的观察或样本。
我使用这个特定的表，然后去拟合模型>混合模型>然后将矿物质量作为变量，固定效应作为应变，治疗条件，应变*治疗条件，随机效应作为小鼠数量。 我不做任何嵌套和重复测量。 我应该考虑吗？
感谢您的帮助！
回复：重复与复制与多次观察和嵌套您是使用个别观察值还是平均观察值决定了错误的含义。 这种解释在您使用的任何假设检验中都很重要，例如F方差分析中整个模型的比率或吨参数估计的比率。 错误表示当您不更改条件或返回相同条件时发生的响应随机变化。 它们为评估条件变化时的影响提供了基准。 有多少影响是由于新条件造成的，有多少只是无论如何都会发生的随机变化？
由于您正在研究小鼠应变和治疗的影响，因此理想情况下，误差项应该代表与任何运行相关的所有扰动（总和）的累积。 那是一个单一的观察。 如果您重复整个运行，而不仅仅是进行另一次测量，则该运行就是重复。 如果您不重复运行而是进行另一次测量，则这不是复制。
由于担心测量精度（偏差 + 精度），您似乎在每次运行中都进行了多次测量。 也就是说，你没有不止一次牺牲过一只老鼠！ 在那种情况下，我会模拟平均响应。
回复：重复与复制与多次观察和嵌套不知道你说的堆叠是什么意思？ 可以分析重复数据点的一致性和可变性。 一旦您对此感到满意，您就可以选择如何表示这些数据点。 作为平均值、标准差、方差等或多个的汇总统计量。 您将需要总结这些以评估研究的其他组成部分。 它们不是额外的自由度。
回复：重复与复制与多次观察和嵌套谢谢 MarkBailey 和 Statman。
是的，我一直在考虑这些多个测量值的分布，其中一些是异常值（如果测量值来自骨骼中的自然凹凸不平，如空隙、裂缝等，那么这可能会导致异常值）。 这不是实际/真实数据（抱歉我之前忘了提到）。
所以到目前为止我所了解的是：
1）混合模型只假设随机误差对所有样本都是均匀的
2) 此模型中没有嵌套，因为每个品系的每只小鼠都接受两种治疗
3）通过将鼠标数量指定为随机效应（阻塞）来处理两种治疗条件的测量值相关的事实
我还有最后一个问题：
对每个单独的观察值进行堆叠运行数据测试与对我对每个样本取均值的数据进行测试有什么区别。 我应该使用哪种方法？
谢谢你！
回复：重复与复制与多次观察和嵌套忘了补充……我不知道 Y 的变化有多大。 如果您在上面看到的变化与实际意义相比很小，则可能无关紧要。回复：重复与复制与多次观察和嵌套你有一些有趣的测量变化。 特别是在存在一些“异常数据点”或特殊原因可变性的情况下。 可能想要在使用平均值走得更远（分析明智）之前先看看那些。
回复：重复与复制与多次观察和嵌套“你只要看看就能看到很多东西。”
正如情节所暗示的那样，没有发现任何矿物质含量。
另一方面，碳酸化量显示出一些固定效应。
回复：重复与复制与多次观察和嵌套只是添加到 Mark 已经说过的内容并给出了指导。 在短时间内采取的多项措施确实是嵌套的，并且是对测量误差的潜在良好估计。 我会先看看这些措施。 他们有道理吗？ 一个简单的数据图会有所帮助。 有多少变化？ 变异是否一致？ 有没有异常测量？ 平均值是对这些措施的良好估计吗？ （平均会减少测量误差）
回复：重复与复制与多次观察和嵌套感谢您回答我的问题！
- 您提出的混合模型仅假设每个观察值都对相同的随机误差进行采样。 它表示从牺牲鼠标、采集腿等一直到测量误差的变化。 也就是说，误差可以汇集到单个方差分量中。 你的模型是一个声明，你不希望错误的数量会改变老鼠。 另一种说法是，无论使用哪只鼠标，您都在对相同的错误群体进行采样。
- 好吧，鼠标数量就像一个具有随机效应的阻塞因子，所以你提出的模型应该是正确的。 此外，因子数据列中的因子水平应指示共享条件。 你的因素是交叉的，而不是嵌套的。 也就是说，今天，菌株 1 始终是菌株 1。 菌株 1 在每只小鼠或治疗中都没有什么不同。 同样，无论哪种小鼠品系，治疗 1 始终是相同的治疗。 通过指示模型中每个项的特定嵌套，可以使用 JMP 分析真正嵌套的因子。 您的测量被鼠标数量阻止。
回复：重复与复制与多次观察和嵌套重复测量的性质是什么？ 你为什么不止一次测量化学物质？ - 测量已经进行了不止一次，因为它是一种微型成像技术，对骨骼样本表面粗糙度非常敏感（在处死小鼠后提取）。 为了避免样本内变化引起的错误，我进行了多次测量，所以我有一个值分布可以在样本之间进行比较。
测量的时间是否接近？ 测量是在一段时间内进行的吗？ 是否记录了时间以便将其建模并作为另一个固定效应进行测试？ - 所有的多次测量都不是时间敏感的，它们仅相隔 1 分钟（仪器进行一次测量并移动到样品表面的下一个点（距离小于 10 微米）所花费的时间）。
我想，我最担心的两个问题是：
1）如果我做混合模型，我如何确保模型没有将每一个测量都视为一个独立的样本？
2) 我如何确保我考虑了治疗 1 和治疗 2 的措施来自同一只老鼠这一事实？
谢谢你！
回复：重复与复制与多次观察和嵌套重复测量的性质是什么？ 你为什么不止一次测量化学物质？ 测量的时间是否接近？ 测量是在一段时间内进行的吗？ 是否记录了时间以便将其建模并作为另一个固定效应进行测试？
您的模型是有意义的，使用单独的度量也是有意义的，这取决于您如何回答这些问题。
