重複與復制與多次觀察和嵌套嗨 JMP 社區，
我一直在研究一個生物數據集，我需要幫助了解我應該使用哪種模型來分析我的數據。 有 2 種不同品系的小鼠（每品系 2 隻小鼠），每隻小鼠的一條腿接受了治療 1，同一隻小鼠的另一條腿接受了治療 2。 在我的實驗過程中，我對每隻老鼠的每條腿進行了 2-5 次測量（化學成分）。 我有興趣使用混合模型來比較處理中每個菌株之間和小鼠品系內處理之間的化學成分方法。 下面是一個 JMP 表日期集示例。
為了利用我的統計數據中的樣本內變異性，我並不是特別想對多個觀察結果進行平均。 因此，尋找一種可以比較均值的方法，既不會丟失我從多次觀察中獲得的信息，又不想將每個觀察視為獨立的觀察或樣本。
我使用這個特定的表，然後去擬合模型>混合模型>然後將礦物質量作為變量，固定效應作為應變，治療條件，應變*治療條件，隨機效應作為小鼠數量。 我不做任何嵌套和重複測量。 我應該考慮嗎？
感謝您的幫助！
回复：重複與復制與多次觀察和嵌套您是使用個別觀察值還是平均觀察值決定了錯誤的含義。 這種解釋在您使用的任何假設檢驗中都很重要，例如F方差分析中整個模型的比率或噸參數估計的比率。 錯誤表示當您不更改條件或返回相同條件時發生的響應隨機變化。 它們為評估條件變化時的影響提供了基準。 有多少影響是由於新條件造成的，有多少只是無論如何都會發生的隨機變化？
由於您正在研究小鼠應變和治療的影響，因此理想情況下，誤差項應該代表與任何運行相關的所有擾動（總和）的累積。 那是一個單一的觀察。 如果您重複整個運行，而不僅僅是進行另一次測量，則該運行就是重複。 如果您不重複運行而是進行另一次測量，則這不是複制。
由於擔心測量精度（偏差 + 精度），您似乎在每次運行中都進行了多次測量。 也就是說，你沒有不止一次犧牲過一隻老鼠！ 在那種情況下，我會模擬平均響應。
回复：重複與復制與多次觀察和嵌套不知道你說的堆疊是什麼意思？ 可以分析重複數據點的一致性和可變性。 一旦您對此感到滿意，您就可以選擇如何表示這些數據點。 作為平均值、標準差、方差等或多個的匯總統計量。 您將需要總結這些以評估研究的其他組成部分。 它們不是額外的自由度。
回复：重複與復制與多次觀察和嵌套謝謝 MarkBailey 和 Statman。
是的，我一直在考慮這些多個測量值的分佈，其中一些是異常值（如果測量值來自骨骼中的自然凹凸不平，如空隙、裂縫等，那麼這可能會導致異常值）。 這不是實際/真實數據（抱歉我之前忘了提到）。
所以到目前為止我所了解的是：
1）混合模型只假設隨機誤差對所有樣本都是均勻的
2) 此模型中沒有嵌套，因為每個品系的每隻小鼠都接受兩種治療
3）通過將鼠標數量指定為隨機效應（阻塞）來處理兩種治療條件的測量值相關的事實
我還有最後一個問題：
對每個單獨的觀察值進行堆疊運行數據測試與對我對每個樣本取均值的數據進行測試有什麼區別。 我應該使用哪種方法？
謝謝你！
回复：重複與復制與多次觀察和嵌套忘了補充……我不知道 Y 的變化有多大。 如果您在上面看到的變化與實際意義相比很小，則可能無關緊要。回复：重複與復制與多次觀察和嵌套你有一些有趣的測量變化。 特別是在存在一些“異常數據點”或特殊原因可變性的情況下。 可能想要在使用平均值走得更遠（分析明智）之前先看看那些。
回复：重複與復制與多次觀察和嵌套“你只要看看就能看到很多東西。”
正如情節所暗示的那樣，沒有發現任何礦物質含量。
另一方面，碳酸化量顯示出一些固定效應。
回复：重複與復制與多次觀察和嵌套只是添加到 Mark 已經說過的內容並給出了指導。 在短時間內採取的多項措施確實是嵌套的，並且是對測量誤差的潛在良好估計。 我會先看看這些措施。 他們有道理嗎？ 一個簡單的數據圖會有所幫助。 有多少變化？ 變異是否一致？ 有沒有異常測量？ 平均數是對這些措施的良好估計嗎？ （平均會減少測量誤差）
回复：重複與復制與多次觀察和嵌套感謝您回答我的問題！
- 您提出的混合模型僅假設每個觀察值都對相同的隨機誤差進行採樣。 它表示從犧牲鼠標、採集腿等一直到測量誤差的變化。 也就是說，誤差可以匯集到單個方差分量中。 你的模型是一個聲明，你不希望錯誤的數量會改變老鼠。 另一種說法是，無論使用哪隻鼠標，您都在對相同的錯誤群體進行採樣。
- 好吧，鼠標數量就像一個具有隨機效應的阻塞因子，所以你提出的模型應該是正確的。 此外，因子數據列中的因子水平應指示共享條件。 你的因素是交叉的，而不是嵌套的。 也就是說，今天，菌株 1 始終是菌株 1。 菌株 1 在每隻小鼠或治療中都沒有什麼不同。 同樣，無論哪種小鼠品系，治療 1 始終是相同的治療。 通過指示模型中每個項的特定嵌套，可以使用 JMP 分析真正嵌套的因子。 您的測量被鼠標數量阻止。
回复：重複與復制與多次觀察和嵌套重複測量的性質是什麼？ 你為什麼不止一次測量化學物質？ - 測量已經進行了不止一次，因為它是一種微型成像技術，對骨骼樣本表面粗糙度非常敏感（在處死小鼠後提取）。 為了避免樣本內變化引起的錯誤，我進行了多次測量，所以我有一個值分佈可以在樣本之間進行比較。
測量的時間是否接近？ 測量是在一段時間內進行的嗎？ 是否記錄了時間以便將其建模並作為另一個固定效應進行測試？ - 所有的多次測量都不是時間敏感的，它們僅相隔 1 分鐘（儀器進行一次測量並移動到樣品表面的下一個點（距離小於 10 微米）所花費的時間）。
我想，我最擔心的兩個問題是：
1）如果我做混合模型，我如何確保模型沒有將每一個測量都視為一個獨立的樣本？
2) 我如何確保我考慮了治療 1 和治療 2 的措施來自同一隻老鼠這一事實？
謝謝你！
回复：重複與復制與多次觀察和嵌套重複測量的性質是什麼？ 你為什麼不止一次測量化學物質？ 測量的時間是否接近？ 測量是在一段時間內進行的嗎？ 是否記錄了時間以便將其建模並作為另一個固定效應進行測試？
您的模型是有意義的，使用單獨的度量也是有意義的，這取決於您如何回答這些問題。
