Ripetuti vs Replicati vs osservazioni multiple e nidificazioneSalve comunità JMP,
Ho lavorato su un set di dati biologici in cui ho bisogno di aiuto su quale modello dovrei usare per analizzare i miei dati. Esistono 2 diversi ceppi di topi (2 topi per ceppo) e 1 zampa di ciascun topo ha ricevuto il trattamento 1, l'altra zampa dello stesso topo ha ricevuto il trattamento 2. Ho effettuato 2-5 misurazioni durante il mio esperimento (composizione chimica) per zampa di ciascun topo. Sono interessato a utilizzare il modello misto per confrontare i mezzi di composizione chimica tra ciascun ceppo all'interno di un trattamento e tra il trattamento all'interno di un ceppo di topo. Di seguito è riportato un esempio di set di date della tabella JMP.
Non voglio particolarmente fare la media delle osservazioni multiple, al fine di utilizzare la variabilità nel campione nelle mie statistiche. Quindi, cercare un metodo in cui posso confrontare i mezzi, senza perdere le informazioni che ottengo facendo più osservazioni, ma anche non voglio considerare ogni osservazione come un'osservazione o un campione indipendente.
Uso questa tabella particolare e vado a adattare il modello> modello misto> quindi ho la quantità di minerale come variabile ay, effetto fisso come deformazione, condizione di trattamento, condizione di trattamento deformazione *, effetto casuale come numero di topi. Non eseguo nidificazioni e misure ripetute. Dovrei prenderne in considerazione qualcuna?
Grazie per l'aiuto!
Ri: Ripetuti vs Replicati vs osservazioni multiple e nidificazioneL'utilizzo delle singole osservazioni o dell'osservazione media determina il significato degli errori. Questa interpretazione è importante in tutti i test di ipotesi che usi come il F rapporto per l'intero modello nell'analisi della varianza o il T rapporto per una stima dei parametri. Gli errori rappresentano la variazione casuale nella risposta che si verifica quando non si modificano le condizioni o quando si ritorna alla stessa condizione. Forniscono un punto di riferimento per valutare gli effetti quando le condizioni cambiano. Quanto dell'effetto è dovuto alla nuova condizione e quanto è solo un cambiamento casuale che accadrebbe comunque?
Poiché stai studiando l'effetto del ceppo e del trattamento del topo, il termine di errore dovrebbe idealmente rappresentare l'accumulo di tutte le perturbazioni (somma) associate a qualsiasi corsa. Questa è una singola osservazione. Se ripeti l'intera corsa, non solo fai un'altra misurazione, quella corsa è una replica. Se non si ripete la corsa ma si effettua un'altra misurazione, non si tratta di replica.
Sembra che tu abbia effettuato più misurazioni all'interno di ogni esecuzione a causa della preoccupazione per l'accuratezza della misurazione (bias + precisione). Vale a dire, non hai sacrificato un topo più di una volta! In tal caso, modellerei la risposta media.
Ri: Ripetuti vs Replicati vs osservazioni multiple e nidificazioneNon sono sicuro di cosa intendi per impilati? I punti dati ripetuti possono essere analizzati per coerenza e variabilità. Una volta che sei soddisfatto di ciò, puoi scegliere come rappresentare quei punti dati. Come media, deviazione standard, varianza, ecc. o più una statistica riassuntiva. Sarà necessario riassumere quelli per valutare gli altri componenti dello studio. Non sono ulteriori gradi di libertà.
Ri: Ripetuti vs Replicati vs osservazioni multiple e nidificazioneGrazie Mark Bailey e Statman.
Sì, ho pensato alla distribuzione di queste misurazioni multiple, alcune delle quali erano valori anomali (se la misurazione proviene da un'asperità naturale nell'osso come un vuoto, una crepa ecc., allora ciò può portare a valori anomali). Questi non sono i dati effettivi/reali (scusa se ho dimenticato di menzionarli prima).
Quindi quello che ho capito fino ad ora è:
1) Il modello misto presuppone solo che l'errore casuale sia uniforme per tutti i campioni
2) Non c'è nidificazione in questo modello poiché ogni topo di ogni ceppo riceve entrambi i trattamenti
3) Il fatto che le misurazioni per le due condizioni di trattamento siano dipendenti viene curato designando il numero di topi come effetto casuale (blocco)
ho un'ultima domanda:
Quale sarebbe la differenza nell'eseguire i test per i dati con ogni singola osservazione impilata rispetto al test per i dati in cui prendo la media per ogni campione. Quale metodo devo usare?
Grazie!
Ri: Ripetuti vs Replicati vs osservazioni multiple e nidificazioneHo dimenticato di aggiungere ... non ho idea di quanto sia importante un cambiamento nelle questioni della Y. Se la variazione che vedi sopra è piccola rispetto al significato pratico, potrebbe non avere importanza.Ri: Ripetuti vs Replicati vs osservazioni multiple e nidificazioneHai qualche interessante variazione di misura. In particolare dove ci sono alcuni "punti dati insoliti" o variabilità causa speciale. Potrebbe voler dare un'occhiata a quelli prima di andare lontano (analisi saggia) con le medie.
Ri: Ripetuti vs Replicati vs osservazioni multiple e nidificazione"Puoi vedere molto solo guardando."
Come suggerito dalla trama, non c'è nulla da trovare per la quantità di minerali.
La quantità di carbonatazione, invece, mostra alcuni effetti fissi.
Ri: Ripetuti vs Replicati vs osservazioni multiple e nidificazioneAggiungendo solo ciò che Mark ha già detto e fornito indicazioni su. Le molteplici misure prese in un breve periodo di tempo sono infatti nidificate e rappresentano una stima potenzialmente buona dell'errore di misura. Vorrei prima esaminare quelle misure. Hanno senso? Un semplice grafico dei dati aiuterà. Quanta variazione c'è? La variazione è coerente? Ci sono misurazioni insolite? Una media è una buona stima di tali misure? (la media ridurrà l'errore di misurazione)
Ri: Ripetuti vs Replicati vs osservazioni multiple e nidificazioneGrazie per aver risposto alle mie domande!
- Il modello misto che proponi presuppone solo che ogni osservazione stia campionando lo stesso errore casuale. Rappresenta la variazione dal sacrificio del topo, alla raccolta della gamba e così via fino all'errore di misurazione. Vale a dire, gli errori sono raggruppabili in un'unica componente di varianza. Il tuo modello è un'affermazione che non ti aspetti che la popolazione di errori vari i topi. Un altro modo per dirlo è che stai campionando la stessa popolazione di errori indipendentemente dal mouse.
- Bene, il numero del mouse agisce come un fattore di blocco con un effetto casuale, quindi il modello proposto dovrebbe essere corretto. Inoltre, i livelli dei fattori nelle colonne dei dati dei fattori dovrebbero indicare le condizioni condivise. I tuoi fattori sono incrociati, non annidati. Cioè oggi, il ceppo 1 è sempre il ceppo 1. Il ceppo 1 non è qualcosa di diverso in ogni topo o trattamento. Allo stesso modo, il trattamento 1 è sempre lo stesso trattamento indipendentemente dal ceppo del topo. I fattori realmente annidati possono essere analizzati con JMP indicando l'annidamento specifico per ogni termine nel modello. Le tue misurazioni sono bloccate dal numero del mouse.
Ri: Ripetuti vs Replicati vs osservazioni multiple e nidificazioneQual è la natura delle misurazioni ripetute? Perché hai misurato la sostanza chimica più di una volta? - la misurazione è stata effettuata più di una volta, poiché si tratta di una tecnica di imaging su microscala, che è molto sensibile alla rugosità superficiale del campione dell'osso (estratto dopo il sacrificio dei topi). Per evitare errori derivanti dalla variazione nel campione, ho eseguito più misurazioni, quindi ho una distribuzione di valori da confrontare tra i campioni.
Le misurazioni effettuate sono vicine nel tempo? Le misurazioni vengono effettuate in un periodo di tempo? Il tempo viene registrato in modo da poter essere modellato e testato come un altro effetto fisso? - Tutte le misurazioni multiple non sono sensibili al tempo, sono separate solo da 1 minuto (la quantità di tempo impiegata dallo strumento per effettuare una singola misurazione e passare al punto successivo sulla superficie del campione, che dista meno di 10 micron).
Immagino che le due maggiori preoccupazioni che ho siano che:
1) Se eseguo un modello misto, come posso assicurarmi che il modello non consideri ogni singola misurazione come un singolo campione indipendente?
2) Come posso assicurarmi di tenere conto del fatto che le misure per il trattamento 1 e il trattamento 2 provengono dallo stesso topo?
Grazie!
Ri: Ripetuti vs Replicati vs osservazioni multiple e nidificazioneQual è la natura delle misurazioni ripetute? Perché hai misurato la sostanza chimica più di una volta? Le misurazioni effettuate sono vicine nel tempo? Le misurazioni vengono effettuate in un periodo di tempo? Il tempo viene registrato in modo da poter essere modellato e testato come un altro effetto fisso?
Il tuo modello ha senso e l'utilizzo delle singole misure ha senso, a seconda di come rispondi a queste domande.
