JMP 和 R 連線問題我今天剛觀看了一場很酷的網路研討會，內容是關於使用 R 中的一些功能，這些功能在 JMP 中透過 JSL 不可用。 我專門談 t-SNE：使用 t-SNE 和 UMAP 進行資料視覺化。
我在 Mac OS 10.13 (High Sierra) 上運行 JMP 14，根據上面的加載項鏈接，要獲取的 R 版本是 3.3.3，所以我下載了該版本，重新啟動，然後按照以下步驟操作： https://www.jmp.com/support/help/en/15.1/index.shtml#page/jmp/installing-r.shtml# 。 我什至無法使本故障排除指南中的非常簡單的腳本正常工作，不是錯誤，只是什麼都沒有。 JMP 腳本指南是為 Windows 編寫的，但我嘗試手動將「設定環境變數」設定為應用程式資料夾，但這也不起作用。 R 可以工作並儲存在我的應用程式資料夾中。 我的電腦上有舊版的 R，但我刪除了它們（然後重新啟動）。 我已經做到了可以讀寫文件的地方（這是我的個人電腦，我是管理員），但甚至“R Init ();”什麼也沒做。
截至幾個月前，JMP14，R ver. 3.3.3.和MAC OS10.13理論上都是相容的。 在此期間是否發生過任何事情導致我無法再透過腳本視窗使用 R？
自動化和腳本編寫回覆：JMP 和 R 連線問題感謝你的分享。 這絕對是個正確的舉措考慮到小樣本量的困惑。tSNE 圖確實很好地捕獲了您的站點，您的數據中似乎有 4 個本地社區（假設演算法正常工作）。 我希望這項發現值得發表在《自然》雜誌上，祝你好運。 
順便說一句，如果您的妻子有興趣，我們會將與 scRNA-seq 相關的資料添加到 JMP Genomics 網站。
回覆：JMP 和 R 連線問題在我上一篇文章之後，我最終嘗試了這個12 個樣本x 95,000 個基因轉錄組，這很有趣，因為我只能進行300-400 次迭代，否則它會在高複雜度（超過5 的任何情況）下崩潰！ 也許並不奇怪。 但如果我將困惑度降低到 3-4，並將迭代次數降低到 200-300，我會得到一個實際上非常有趣的圖。 我的兩個地點的珊瑚顯示出一些很好的分離（如 PCA=所附第一個螢幕截圖所示）。 請參閱 t-SNE 所附的第二張圖片（HBH 和 HWN 是兩個地點的縮寫）。
我確實注意到原始論文中提到的 t-SNE 的一個屬性：與 PCA 不同，你並不總是得到相同的解決方案兩次！ 事實上，它們可以有很大的不同。 有些解決方案值得發表在《自然》雜誌上，而下一個可能是低影響因子的海洋生物學期刊，哈哈。 所以我絕對可以看到該方法的一些優點和缺點。 但話雖這麼說，我認為你是對的，我需要更多的樣本才能使其實用。 不管怎樣，我很高興知道它在 JMP 中有效，因為我的妻子使用細胞培養物進行 scRNA-Seq，因此，雖然目前它可能不是最適合我的，但她肯定可以從您製作的插件中受益！
回覆：JMP 和 R 連線問題@abmayfield您對樣本量的看法絕對正確，tSNE 和 UMAP 適用於更大的樣本量，通常至少數百個。 在 UMAP 的原始論文中，它實際上特別建議了至少 500 個樣本以獲得穩健的結果。 由於您只有 12 個樣本，但有 94,000 個基因，您可以考慮先透過僅選擇樣本之間存在差異的基因（可變基因）來減少基因數量，然後使用 PCA 或 SVD 分析進一步減少維度。 您可以查看具有頂級主成分的聚類，也可以將這些頂級主成分用作聚類演算法（例如JMP 中的層次聚類）的特徵，樹狀圖或星座圖應該為您提供樣本中聚類的相當不錯的視圖。
回覆：JMP 和 R 連線問題實際上，我可以在 JMP Pro 版本中重現您的簡報 t-SNE 圖。 Mac OS 10.13 上的 R 3.3.3 為 14。 我遇到的唯一錯誤與字體有關，但除此之外它是有效的。
更重要的是，我實際上想知道它是否適合我的需求。 我最多只有幾十個樣本，最多只有幾百個特徵（即蛋白質）。 那麼我想，t-SNE 不會真正為我提供與 PCA 或 MDS 截然不同的解決方案。 事實上，它看起來根本不會運行：當我嘗試 12 個樣本 x 94,000 個基因，困惑度為 5 時，它說困惑度仍然太高：
Rtsne.default 中的錯誤（inDataTsne，dims = 2，perplexity = 5，verbose = TRUE， ：
困惑太大了。
eval(expr, envir, enclos) 中的錯誤：未找到物件“outputY”
嘗試傳輸資料時發生意外錯誤。
R 中發現的問題可能是由於 Rtsne/umap 軟體包安裝失敗或記憶體有限造成的。
不過，它也提到了一些R錯誤，所以我不知道這是我的數據的錯誤還是R的錯誤！
回覆：JMP 和 R 連線問題@abmayfield我很高興你明白了這一點。 我不知道 Mac 上的 R 連接/初始化問題，我的嵌入加載項可能無法工作，因為我使用 R init () 連接到 R。 我會更新它。 關於 JMPG，我們有一個新的單細胞 RNA-seq 工作流程，使用此嵌入插件的一部分作為可選的可視化方法，但前提是您安裝了正確版本的 R 和 Rtsne/UMAP。 另外，我想指出，JMP Genomics 僅適用於 Windows 用戶，目前如果您想要 Mac 版的副本，您可能需要設定一些虛擬 Windows 實例才能使用它。 我們正在開發適用於 JMP 的 t-SNE 原生版本，但不確定何時可用。
回覆：JMP 和 R 連線問題我想到了！ 這其實是 R 與 Mac 的問題。
https://community.rstudio.com/t/i-can-t-install-packages-on-r-studio-non-zero-exit-status/52135
如果您嘗試在 Mac 上安裝 Rtsne 軟體包，R 將安裝它，然後立即刪除它並給您各種奇怪的錯誤訊息，除非您透過此連結中提到的 Mac 特定註冊表安裝它（ https://mac.R-project.org ） 。 這就是讓我更喜歡 JMP 而不是 R 的原因。 即使用 R 安裝一個簡單的資料包，我也花了 36 個小時來排除故障並弄清楚。 t-SNE 能否整合到下一版的 JMP Genomics 中？
不過，JMP 有一個奇怪但次要的問題。 「R Init」在我的 Mac 上根本不起作用。 只有「R已連線」才會導致JMP和R同步。 從閱讀各種帖子來看，似乎兩者都應該能夠連接到 R，所以奇怪的是“R Init”未能這樣做。 換句話說，使用 R 3.3.3 的 10.13 上的 Mac 用戶將需要使用「R 已連線」而不是「R Init」才能透過 JSL 使用 R。
回覆：JMP 和 R 連線問題@abmayfield是的，Mac 之前有一些版本控制問題。 一位 Mac 用戶能夠連接到 R 並設法運行此嵌入插件，但那是不久前的事了，許多因素都發生了變化。 我希望技術支援能為您解決這個問題。
回覆：JMP 和 R 連線問題不，你擔心，他們正在處理這個案子（儘管到目前為止還很困難）。 我的目標是，一旦我們解決了問題，就在此處發布解決方案，以便其他希望透過 JSL 運行 R 的 Mac 用戶不會遇到相同的問題。
回覆：JMP 和 R 連線問題我認為 JMP 技術支援可能是您最快的解決方案路徑。 將 JMP 連接到 R 的其他 Mac 用戶可能需要一些時間才能看到這一點。
