Problema de conexión JMP y RAcabo de ver un seminario web interesante hoy sobre el uso de algunas funciones en R que no están disponibles en JMP a través de JSL. Me refiero específicamente a t-SNE: Visualización de datos con t-SNE y UMAP. .
Estoy ejecutando JMP 14 en Mac OS 10.13 (High Sierra) y, según el enlace del complemento anterior, la versión R que debo obtener es 3.3.3, así que la descargué, reinicié y seguí esto: https://www.jmp.com/support/help/en/15.1/index.shtml#page/jmp/installing-r.shtml# . No consigo que funcione ni siquiera el script más simple de esta guía de solución de problemas, ni un error, simplemente nada. La guía de secuencias de comandos JMP está escrita para Windows, pero intenté configurar manualmente la "establecer variable ambiental" en la carpeta de aplicaciones, pero tampoco funcionó. R funciona y está almacenado en mi carpeta de Aplicaciones. Tenía versiones anteriores de R en mi computadora, pero las eliminé (y luego reinicié). Llegué a donde puedo leer y escribir archivos (es mi computadora personal y yo soy el administrador), pero incluso "R Init ();" no hace nada.
Hace unos meses, JMP14, R ver. 3.3.3. y MAC OS10.13 eran todos teóricamente compatibles. ¿Pasó algo mientras tanto que hubiera llegado a un punto en el que ya no puedo usar R a través de la ventana de secuencia de comandos?
Automatización y secuencias de comandosRe: Problema de conexión JMP y RGracias por compartir. Definitivamente fue un movimiento correcto bajar perplejidad considerando el pequeño tamaño de la muestra.El gráfico tSNE capturó muy bien sus sitios, parece que tiene 4 comunidades locales en sus datos (suponga que el algoritmo funcionó correctamente). Espero que este hallazgo sea digno de un artículo de Nature, buena suerte. 
Por cierto, agregaremos materiales relacionados con scRNA-seq al sitio de JMP Genomics si su esposa está interesada.
Re: Problema de conexión JMP y RTerminé probándolo con este transcriptoma de 12 muestras x 95.000 genes después de mi última publicación, y es interesante porque solo puedo hacer entre 300 y 400 iteraciones o se bloqueará ante grandes perplejidades (cualquier cosa superior a 5). Quizás no sea una sorpresa. Pero si reduzco la perplejidad a 3-4 y las iteraciones a 200-300, obtengo una trama que en realidad es bastante interesante. Los corales de mis dos sitios muestran una buena separación (como fue evidente en la primera captura de pantalla PCA adjunta). Vea la segunda imagen adjunta para el t-SNE (HBH y HWN son las abreviaturas de los dos sitios).
Noté una propiedad de t-SNE que se señaló en el artículo original: a diferencia de PCA, ¡no siempre se obtiene la misma solución dos veces! De hecho, pueden variar MUCHO. Algunas soluciones son dignas de artículos de Nature, mientras que la siguiente podría ser una revista de biología marina de bajo factor de impacto, jaja. Definitivamente puedo ver algunos pros y contras del método. Pero dicho todo esto, creo que tienes razón en que necesitaría muchas más muestras para que sea práctico. De todos modos, me alegra saber que funciona en JMP ya que mi esposa realiza scRNA-Seq con cultivos celulares, por lo que, si bien puede que no sea lo mejor para mí en este momento, ¡ciertamente puede beneficiarse del complemento que usted creó!
Re: Problema de conexión JMP y R@abmayfield Tiene toda la razón sobre el tamaño de la muestra: tSNE y UMAP están destinados a tamaños de muestra más grandes, generalmente al menos unos pocos cientos. En el artículo original de la UMAP, en realidad recomendaba específicamente al menos 500 muestras para obtener un resultado sólido. Dado que solo tiene 12 muestras pero 94 000 genes, puede considerar primero reducir la cantidad de genes seleccionando solo aquellos que varían entre muestras (genes variables) y luego reducir aún más la dimensión utilizando el análisis PCA o SVD. Puede ver los grupos con los componentes principales principales o puede usar esos componentes principales principales como características para algoritmos de agrupación como la agrupación jerárquica en JMP, el dendrograma o el gráfico de constelación deberían brindarle una vista bastante decente de los grupos en su muestra.
Re: Problema de conexión JMP y RDe hecho, puedo reproducir sus gráficos de demostración t-SNE en JMP Pro ver. 14 con R 3.3.3 en Mac OS 10.13. El único error que recibo tiene que ver con las fuentes, pero por lo demás funciona.
Más importante aún, me pregunto si es adecuado para mis necesidades. Sólo tengo unas pocas docenas de muestras como máximo y unos cientos de características (es decir, proteínas) como máximo. Entonces estoy pensando que el t-SNE realmente no me dará una solución muy diferente a la PCA o MDS. De hecho, parece que no se ejecutará en absoluto: cuando probé 12 muestras x 94.000 genes con una perplejidad de 5, dijo que la perplejidad aún era demasiado alta:
Error en Rtsne.default(inDataTsne, tenue = 2, perplejidad = 5, detallado = VERDADERO, :
La perplejidad es demasiado grande.
Error en eval(expr, envir, enclos): objeto 'outputY' no encontrado
Se produjeron errores inesperados al intentar transferir los datos.
Los problemas encontrados en R podrían deberse a una instalación fallida de los paquetes Rtsne/umap o a una memoria limitada.
Sin embargo, también mencionó algún error de R, por lo que no puedo decir si es culpa de mis datos o de R.
Re: Problema de conexión JMP y R@abmayfield Me alegra que lo hayas descubierto. No tenía conocimiento del problema de conexión/init de R en Mac, es posible que mi complemento de incrustación no funcione porque uso R init () para conectarme a R. Lo actualizaré. Con respecto a JMPG, tenemos un nuevo flujo de trabajo de secuenciación de ARN unicelular que forma parte de este complemento de incrustación como método de visualización opcional, pero solo si tiene instaladas las versiones correctas de R y Rtsne/UMAP. Además, quiero señalar que JMP Genomics es solo para usuarios de Windows; por ahora, si desea una copia para Mac, es posible que deba configurar alguna instancia virtual de Windows para poder usarlo. Estamos trabajando en una versión nativa de t-SNE para JMP, pero no estamos seguros de cuándo estará disponible.
Re: Problema de conexión JMP y R¡Me lo imaginé! En realidad, es un problema entre R y Mac.
https://community.rstudio.com/t/i-can-t-install-packages-on-r-studio-non-zero-exit-status/52135
Si intenta instalar el paquete Rtsne en una Mac, R lo instalará, luego lo eliminará inmediatamente y le dará todo tipo de mensajes de error extraños A MENOS que lo instale a través del registro específico de Mac mencionado en este enlace ( https://mac.R-project.org ) . Este es el tipo de cosas que me hacen preferir JMP a R. Incluso instalar un paquete de datos simple con R me tomó 36 horas para solucionar el problema y resolverlo. ¿Podría integrarse t-SNE en la próxima versión de JMP Genomics?
Sin embargo, hay un problema JMP extraño, pero menor. "R Init" no funciona en absoluto en mi Mac. Sólo "R está conectado" hará que JMP y R se sincronicen. Al leer varias publicaciones, parece que AMBOS deberían poder conectarse a R, por lo que es extraño que "R Init" no lo haga. En otras palabras, los usuarios de Mac en 10.13 con R 3.3.3 necesitarán usar "R está conectado", no "R Init" para usar R a través de JSL.
Re: Problema de conexión JMP y R@abmayfield Sí, Mac tuvo algunos problemas con las versiones anteriormente. Uno de los usuarios de Mac pudo conectarse a R y logró ejecutar este complemento de incrustación, pero fue hace un tiempo y muchos factores han cambiado. Espero que el soporte técnico lo resuelva por usted.
Re: Problema de conexión JMP y RNo te preocupes, están en el caso (aunque hasta ahora están perplejos). Mi objetivo es, una vez que solucionemos el problema, publicar la solución aquí para que otros usuarios de Mac que quieran ejecutar R a través de JSL no se encuentren con el mismo problema.
Re: Problema de conexión JMP y RCreo que el soporte técnico de JMP puede ser la solución más rápida para usted. Es posible que otro usuario de Mac que conecte JMP a R tarde algún tiempo en ver esto.
