JMP 和 R 连接问题我今天刚刚观看了一场很酷的网络研讨会，内容是关于使用 R 中的一些功能，这些功能在 JMP 中通过 JSL 不可用。 我专门谈论 t-SNE：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化。
我在 Mac OS 10.13 (High Sierra) 上运行 JMP 14，根据上面的加载项链接，要获取的 R 版本是 3.3.3，所以我下载了该版本，重新启动，然后按照以下步骤操作： https://www.jmp.com/support/help/en/15.1/index.shtml#page/jmp/installing-r.shtml# 。 我什至无法使本故障排除指南中的非常简单的脚本正常工作，不是错误，只是什么都没有。 JMP 脚本指南是为 Windows 编写的，但我尝试手动将“设置环境变量”设置为应用程序文件夹，但这也不起作用。 R 可以工作并存储在我的应用程序文件夹中。 我的计算机上有旧版本的 R，但我删除了它们（然后重新启动）。 我已经做到了可以读写文件的地方（这是我的个人电脑，我是管理员），但甚至“R Init ();”什么也没做。
截至几个月前，JMP14，R ver. 3.3.3.和MAC OS10.13理论上都是兼容的。 在此期间是否发生过任何事情导致我无法再通过脚本窗口使用 R？
自动化和脚本编写回复：JMP 和 R 连接问题感谢你的分享。 这绝对是一个正确的举措考虑到小样本量的困惑。tSNE 图确实很好地捕获了您的站点，您的数据中似乎有 4 个本地社区（假设算法正常工作）。 我希望这一发现值得发表在《自然》杂志上，祝你好运。 
顺便说一句，如果您的妻子有兴趣，我们会将与 scRNA-seq 相关的材料添加到 JMP Genomics 网站。
回复：JMP 和 R 连接问题在我上一篇文章之后，我最终尝试了这个 12 个样本 x 95,000 个基因转录组，这很有趣，因为我只能进行 300-400 次迭代，否则它会在高复杂度（超过 5 的任何情况）下崩溃！ 也许并不奇怪。 但如果我将困惑度降低到 3-4，并将迭代次数降低到 200-300，我会得到一个实际上非常有趣的图。 我的两个地点的珊瑚显示出一些很好的分离（如 PCA=所附第一个屏幕截图所示）。 请参阅 t-SNE 所附的第二张图片（HBH 和 HWN 是两个站点的缩写）。
我确实注意到原始论文中提到的 t-SNE 的一个属性：与 PCA 不同，你并不总是得到相同的解决方案两次！ 事实上，它们可以有很大的不同。 有些解决方案值得发表在《自然》杂志上，而下一个可能是低影响因子的海洋生物学期刊，哈哈。 所以我绝对可以看到该方法的一些优点和缺点。 但话虽这么说，我认为你是对的，我需要更多的样本才能使其实用。 不管怎样，我很高兴知道它在 JMP 中有效，因为我的妻子使用细胞培养物进行 scRNA-Seq，因此，虽然目前它可能不是最适合我的，但她肯定可以从您制作的插件中受益！
回复：JMP 和 R 连接问题@abmayfield您对样本量的看法绝对正确，tSNE 和 UMAP 适用于更大的样本量，通常至少数百个。 在 UMAP 的原始论文中，它实际上特别推荐了至少 500 个样本才能获得可靠的结果。 由于您只有 12 个样本，但有 94,000 个基因，您可以考虑首先通过仅选择样本之间存在差异的基因（可变基因）来减少基因数量，然后使用 PCA 或 SVD 分析进一步减少维度。 您可以查看具有顶级主成分的聚类，也可以将这些顶级主成分用作聚类算法（例如 JMP 中的层次聚类）的特征，树状图或星座图应该为您提供样本中聚类的相当不错的视图。
回复：JMP 和 R 连接问题实际上，我可以在 JMP Pro 版本中重现您的演示 t-SNE 图。 Mac OS 10.13 上的 R 3.3.3 为 14。 我遇到的唯一错误与字体有关，但除此之外它是有效的。
更重要的是，我实际上想知道它是否适合我的需求。 我最多只有几十个样本，最多只有几百个特征（即蛋白质）。 那么我想，t-SNE 不会真正为我提供与 PCA 或 MDS 截然不同的解决方案。 事实上，它看起来根本不会运行：当我尝试 12 个样本 x 94,000 个基因，困惑度为 5 时，它说困惑度仍然太高：
Rtsne.default 中的错误（inDataTsne，dims = 2，perplexity = 5，verbose = TRUE， ：
困惑太大了。
eval(expr, envir, enclos) 中的错误：未找到对象“outputY”
尝试传输数据时发生意外错误。
R 中发现的问题可能是由于 Rtsne/umap 软件包安装失败或内存有限造成的。
不过，它也提到了一些R错误，所以我不知道这是我的数据的错误还是R的错误！
回复：JMP 和 R 连接问题@abmayfield我很高兴你明白了这一点。 我不知道 Mac 上的 R 连接/初始化问题，我的嵌入加载项可能无法工作，因为我使用 R init () 连接到 R。 我会更新它。 关于 JMPG，我们有一个新的单细胞 RNA-seq 工作流程，使用此嵌入插件的一部分作为可选的可视化方法，但前提是您安装了正确版本的 R 和 Rtsne/UMAP。 另外，我想指出，JMP Genomics 仅适用于 Windows 用户，目前如果您想要 Mac 版的副本，您可能需要设置一些虚拟 Windows 实例才能使用它。 我们正在开发适用于 JMP 的 t-SNE 原生版本，但不确定何时可用。
回复：JMP 和 R 连接问题我想到了！ 这实际上是 R 与 Mac 的问题。
https://community.rstudio.com/t/i-can-t-install-packages-on-r-studio-non-zero-exit-status/52135
如果您尝试在 Mac 上安装 Rtsne 软件包，R 将安装它，然后立即删除它并给您提供各种奇怪的错误消息，除非您通过此链接中提到的 Mac 特定注册表安装它（ https://mac.R-project.org ） 。 这就是让我更喜欢 JMP 而不是 R 的原因。 即使用 R 安装一个简单的数据包，我也花了 36 个小时来排除故障并弄清楚。 t-SNE 能否集成到下一版本的 JMP Genomics 中？
不过，JMP 存在一个奇怪但次要的问题。 “R Init”在我的 Mac 上根本不起作用。 只有“R已连接”才会导致JMP和R同步。 从阅读各种帖子来看，似乎两者都应该能够连接到 R，所以奇怪的是“R Init”未能这样做。 换句话说，使用 R 3.3.3 的 10.13 上的 Mac 用户将需要使用“R 已连接”而不是“R Init”才能通过 JSL 使用 R。
回复：JMP 和 R 连接问题@abmayfield是的，Mac 之前有一些版本控制问题。 一位 Mac 用户能够连接到 R 并设法运行此嵌入插件，但那是不久前的事了，许多因素都发生了变化。 我希望技术支持能为您解决这个问题。
回复：JMP 和 R 连接问题不，你担心，他们正在处理这个案子（尽管到目前为止还很困难）。 我的目标是，一旦我们解决了问题，就在此处发布解决方案，以便其他希望通过 JSL 运行 R 的 Mac 用户不会遇到同样的问题。
回复：JMP 和 R 连接问题我认为 JMP 技术支持可能是您最快的解决方案路径。 将 JMP 连接到 R 的其他 Mac 用户可能需要一些时间才能看到这一点。
