JMP 및 R 연결 문제오늘 JSL을 통해 JMP에서 사용할 수 없는 R의 일부 기능을 사용하는 방법에 대한 멋진 웹 세미나를 보았습니다. 나는 구체적으로 t-SNE에 대해 이야기하고 있습니다. t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화 .
저는 Mac OS 10.13(High Sierra)에서 JMP 14를 실행하고 있으며 위의 추가 기능 링크에 따르면 얻을 수 있는 R 버전은 3.3.3이므로 해당 버전을 다운로드하고 다시 시작한 후 다음을 따랐습니다. https://www.jmp.com/support/help/en/15.1/index.shtml#page/jmp/installing-r.shtml# . 이 문제 해결 가이드의 매우 간단한 스크립트조차 작동하지 않습니다. 오류가 아니라 아무 것도 아닙니다. JMP 스크립팅 가이드는 Windows용으로 작성되었지만 응용 프로그램 폴더에 "환경 변수 설정"을 수동으로 설정하려고 시도했지만 역시 작동하지 않았습니다. R이 작동하며 내 응용 프로그램 폴더에 저장됩니다. 내 컴퓨터에 이전 버전의 R이 있었지만 삭제했습니다(그리고 나중에 다시 시작했습니다). 파일을 읽고 쓸 수 있는 곳(개인용 컴퓨터이고 제가 관리자입니다)까지 만들었습니다. 그런데 "R Init();"도 있습니다. 아무것도 하지 않습니다.
몇달전부터 JMP14, R ver. 3.3.3. 및 MAC OS10.13은 모두 이론적으로 호환되었습니다. 그 동안 스크립트 창을 통해 더 이상 R을 사용할 수 없는 상황이 발생했습니까?
자동화 및 스크립팅Re: JMP 및 R 연결 문제공유해 주셔서 감사합니다. 가격을 낮추는 것은 확실히 옳은 조치였습니다. 작은 표본 크기를 고려한 혼란.tSNE 플롯은 귀하의 사이트를 훌륭하게 포착했습니다. 데이터에 4개의 지역 커뮤니티가 있는 것 같습니다(알고리즘이 올바르게 작동한다고 가정). 나는 이 발견이 네이처 논문에 게재될 가치가 있기를 바랍니다. 행운을 빕니다. 
그런데 아내분께서 관심이 있으신 경우 scRNA-seq 관련 자료를 JMP Genomics 사이트에 추가해 드릴 예정입니다.
Re: JMP 및 R 연결 문제나는 마지막 게시물 이후에 이 12개 샘플 x 95,000개의 유전자 전사체를 사용하여 시도해 보았고, 300-400회만 반복할 수 있기 때문에 흥미롭습니다. 그렇지 않으면 높은 복잡성(5회 이상)에서 충돌이 발생하기 때문입니다! 어쩌면 놀랄 일이 아닐 수도 있습니다. 그러나 Perplexity를 3-4로 낮추고 반복을 200-300으로 낮추면 실제로 꽤 흥미로운 플롯을 얻을 수 있습니다. 내 두 사이트의 산호는 멋진 분리를 보여줍니다(첨부된 PCA=첫 번째 스크린샷에서 알 수 있듯이). t-SNE에 대해서는 첨부된 두 번째 이미지를 참조하십시오(HBH 및 HWN은 두 사이트의 약어입니다).
나는 원본 논문에 언급된 t-SNE의 한 가지 속성을 발견했습니다. PCA와 달리 항상 동일한 솔루션을 두 번 얻지는 않습니다! 사실, 그것들은 매우 다양할 수 있습니다. 일부 솔루션은 Nature 논문에 적합한 반면 다음 솔루션은 영향력 지수가 낮은 해양 생물학 저널일 수도 있습니다. 하하. 그래서 나는 그 방법의 장단점을 확실히 볼 수 있습니다. 하지만 말하자면, 그것을 실용적으로 만들기 위해서는 더 많은 샘플이 필요하다는 점에서 당신이 옳다고 생각합니다. 어쨌든 제 아내가 세포 배양으로 scRNA-Seq을 수행하기 때문에 이 기능이 JMP에서 작동한다는 사실을 알게 되어 기쁩니다. 현재로서는 이것이 저에게 최선이 아닐 수도 있지만 아내는 귀하가 만든 추가 기능을 통해 확실히 이점을 얻을 수 있습니다!
Re: JMP 및 R 연결 문제@abmayfield 샘플 크기에 대해서는 절대적으로 옳습니다. tSNE 및 UMAP는 일반적으로 최소 수백 개 이상의 더 큰 샘플 크기를 위해 고안되었습니다. UMAP의 원본 논문에서는 실제로 강력한 결과를 위해 최소 500개의 샘플을 구체적으로 권장했습니다. 샘플은 12개뿐이지만 유전자는 94,000개이므로 먼저 샘플 간 차이가 있는 유전자(가변 유전자)만 선택하여 유전자 수를 줄이는 것을 고려할 수 있습니다. 그런 다음 PCA 또는 SVD 분석을 사용하여 차원을 추가로 줄입니다. 상위 주성분이 있는 군집을 보거나 이러한 상위 주성분을 JMP의 계층적 군집화와 같은 군집화 알고리즘의 기능으로 사용할 수 있습니다. 덴드로그램이나 성좌도는 표본의 군집을 꽤 괜찮은 뷰로 제공합니다.
Re: JMP 및 R 연결 문제실제로 JMP Pro 버전에서 데모 t-SNE 플롯을 재현할 수 있습니다. Mac OS 10.13에서 R 3.3.3이 설치된 버전 14입니다. 내가 얻는 유일한 오류는 글꼴과 관련이 있지만 그렇지 않으면 작동합니다.
더 중요한 것은 실제로 그것이 내 요구에 적합한지 궁금합니다. 나는 단지 수십 개의 샘플과 최대 수백 개의 특징(즉, 단백질)만을 가지고 있습니다. 그렇다면 나는 t-SNE가 실제로 PCA나 MDS에 대해 매우 다른 솔루션을 제공하지 않을 것이라고 생각합니다. 실제로 전혀 실행되지 않을 것 같습니다. Perplexity 5로 12개 샘플 x 94,000개의 유전자를 시도했을 때 Perplexity가 여전히 너무 높다고 했습니다.
Rtsne.default의 오류(inDataTsne, 희미함 = 2, perplexity = 5, verbose = TRUE, :
당혹감이 너무 큽니다.
eval(expr, envir, enclos) 오류: 'outputY' 개체를 찾을 수 없습니다.
데이터 전송을 시도하는 동안 예기치 않은 오류가 발생했습니다.
R에서 발견된 문제는 Rtsne/umap 패키지 설치 실패 또는 제한된 메모리로 인해 발생할 수 있습니다.
하지만 일부 R 오류도 언급되어 있어서 그것이 내 데이터의 잘못인지 R의 잘못인지 알 수 없습니다!
Re: JMP 및 R 연결 문제@abmayfield 그 점을 알아내셨다니 기뻐요. Mac에서 R 연결/초기화 문제를 인식하지 못했습니다. R init()를 사용하여 R에 연결하기 때문에 Embedding 추가 기능이 작동하지 않을 수 있습니다. 업데이트하겠습니다. JMPG와 관련하여 이 Embedding 추가 기능의 일부를 선택적 시각화 방법으로 사용하는 새로운 단일 세포 RNA-seq 워크플로우가 있지만 올바른 버전의 R 및 Rtsne/UMAP가 설치된 경우에만 가능합니다. 또한 JMP Genomics는 Windows 사용자만을 위한 것임을 지적하고 싶습니다. 현재로서는 Mac용 복사본을 원하는 경우 이를 사용하려면 가상 Windows 인스턴스를 설정해야 할 수도 있습니다. 우리는 JMP용 t-SNE의 기본 버전을 개발 중이지만 언제 출시될지는 확실하지 않습니다.
Re: JMP 및 R 연결 문제나는 그것을 알아! 실제로는 R 대 Mac 문제입니다.
https://community.rstudio.com/t/i-can-t-install-packages-on-r-studio-non-zero-exit-status/52135
Mac에 Rtsne 패키지를 설치하려고 하면 R이 패키지를 설치한 다음 즉시 삭제하고 이 링크에 언급된 Mac 전용 레지스트리를 통해 설치하지 않는 한 모든 종류의 이상한 오류 메시지를 표시합니다( https://mac.R-project.org ) . 이것이 제가 R보다 JMP를 선호하게 만드는 종류의 것입니다. R을 사용하여 간단한 데이터 패키지를 설치하는 것조차 문제를 해결하고 파악하는 데 36시간이 걸렸습니다. t-SNE가 JMP Genomics의 다음 버전에 통합될 수 있을까요?
하지만 이상하지만 사소한 JMP 문제가 있습니다. 내 Mac에서는 "R Init"이 전혀 작동하지 않습니다. "R이 연결되었습니다"만 발생하면 JMP와 R이 동기화됩니다. 다양한 게시물을 읽어보면 둘 다 R에 연결할 수 있어야 할 것 같은데 "R Init"이 연결하지 못하는 것이 이상합니다. 즉, R 3.3.3이 설치된 10.13의 Mac 사용자는 JSL을 통해 R을 사용하려면 "R Init"이 아닌 "R이 연결됨"을 사용해야 합니다.
Re: JMP 및 R 연결 문제@abmayfield 예, Mac에는 이전에 버전 관리 문제가 있었습니다. Mac 사용자 중 한 명이 R에 연결하여 이 Embedding 추가 기능을 실행할 수 있었지만 시간이 꽤 지났고 많은 요소가 변경되었습니다. 기술 지원팀에서 이를 해결해 주기를 바랍니다.
Re: JMP 및 R 연결 문제아니, 걱정하지 마세요. 그들은 사건을 맡고 있습니다(지금까지는 당황했지만). 내 목표는 문제를 파악한 후 여기에 솔루션을 게시하여 JSL을 통해 R을 실행하려는 다른 Mac 사용자가 동일한 문제에 직면하지 않도록 하는 것입니다.
Re: JMP 및 R 연결 문제JMP 기술 지원이 귀하에게 가장 빠른 솔루션 경로가 될 수 있다고 생각합니다. 다른 Mac 사용자가 JMP를 R에 연결하면 이 내용을 확인하는 데 시간이 걸릴 수 있습니다.
