JMP と R の接続の問題今日、JMP では利用できない R のいくつかの機能を JSL 経由で使用することに関する素晴らしいウェビナーを見たところです。 私は特に t-SNE について話しています。 t-SNEとUMAPによるデータ可視化。
Mac OS 10.13 (High Sierra) で JMP 14 を実行しています。上記のアドイン リンクによると、取得する R バージョンは 3.3.3 なので、それをダウンロードして再起動し、次の手順に従いました。 https://www.jmp.com/support/help/en/15.1/index.shtml#page/jmp/installing-r.shtml# 。 このトラブルシューティング ガイドにある非常に単純なスクリプトですら動作させることができません。エラーではなく、何も起こりません。 JMP スクリプト ガイドは Windows 用に書かれていますが、アプリケーション フォルダーに「環境変数の設定」を手動で設定しようとしましたが、それも機能しませんでした。 R は動作し、アプリケーション フォルダーに保存されています。 私のコンピュータには古いバージョンの R がありましたが、削除しました (その後再起動しました)。 ファイルの読み取りと書き込みができるようになりました (これは私のパーソナル コンピューターであり、私が管理者です)。なお、「R Init();」さえも実行できます。何もしません。
数か月前の時点で、JMP14、R ver. 3.3.3.、および MAC OS10.13 はすべて理論上互換性がありました。 その間に、スクリプト ウィンドウから R を使用できなくなるような何かが起こったのでしょうか?
自動化とスクリプト作成Re: JMP と R の接続の問題共有していただきありがとうございます。 下げるのは間違いなく正しい行動だったサンプルサイズが小さいことを考慮した複雑さ。tSNE プロットはサイトをうまくキャプチャしました。データには 4 つのローカル コミュニティがあるようです (アルゴリズムが正しく機能したと仮定します)。 この発見が Nature 論文に掲載されるに値するものであることを願っています。頑張ってください。 
ところで、奥様がご興味があれば、scRNA-seq に関連する資料を JMP Genomics サイトに追加する予定です。
Re: JMP と R の接続の問題前回の投稿の後、最終的にこの 12 サンプル x 95,000 遺伝子トランスクリプトームで試してみましたが、興味深いのは、300 ～ 400 回の反復しか実行できないためです。そうしないと、高いパープレキシティ (5 を超えるもの) でクラッシュしてしまいます。 たぶん驚くことではないでしょう。 しかし、複雑度を 3 ～ 4 に下げ、反復回数を 200 ～ 300 に下げると、実際には非常に興味深いプロットが得られます。 私の 2 つのサイトのサンゴは、ある程度の分離を示しています (PCA=添付の最初のスクリーン ショットで明らかであったように)。 t-SNE については添付の 2 番目の画像を参照してください (HBH と HWN は 2 つのサイトの略語です)。
私は、元の論文で指摘されていた t-SNE の 1 つの特性に気づきました。それは、PCA とは異なり、同じ解が常に 2 回得られるわけではないということです。 実際、それらは大きく異なる可能性があります。 いくつかのソリューションは Nature 論文に値するものですが、次のソリューションはインパクトファクターの低い海洋生物学ジャーナルになる可能性があります (笑)。 したがって、この方法の長所と短所がいくつかあることは間違いありません。 しかし、そうは言っても、実用化するにはさらに多くのサンプルが必要だという点では、あなたの意見は正しいと思います。 とにかく、私の妻は培養細胞で scRNA-Seq を行っているので、それが JMP で機能することを知ってうれしく思います。そのため、現時点では私にとって最善ではないかもしれませんが、彼女は確かにあなたが作成したアドインから恩恵を受けることができます。
Re: JMP と R の接続の問題@abmayfieldサンプル サイズについてはまったくそのとおりです。tSNE と UMAP は、通常は少なくとも数百の、より大きなサンプル サイズを対象としています。 UMAP の元の論文では、実際には、確実な結果を得るために少なくとも 500 のサンプルを特に推奨していました。 サンプルは 12 個しかありませんが、遺伝子は 94,000 個あるため、まずサンプル間で異なるもの (可変遺伝子) のみを選択して遺伝子の数を減らし、次に PCA または SVD 分析を使用して次元をさらに減らすことを検討できます。 最上位の主成分を持つクラスターを表示したり、これらの最上位の主成分を JMP の階層クラスタリングなどのクラスター化アルゴリズムの機能として使用したりできます。樹状図またはコンスタレーション プロットにより、サンプル内のクラスターをかなり適切に表示できるはずです。
Re: JMP と R の接続の問題実際、デモの t-SNE プロットを JMP Pro バージョンで再現できます。 Mac OS 10.13 上の R 3.3.3 を搭載した 14。 唯一のエラーはフォントに関するものですが、それ以外は正常に動作します。
さらに重要なのは、それが私のニーズに適しているかどうかです。 私が持っているサンプルはせいぜい数十個、特徴量 (つまりタンパク質) はせいぜい数百個だけです。 したがって、t-SNE は PCA や MDS と大きく異なるソリューションを提供してくれるわけではないと考えています。 実際、まったく実行されないようです。12 サンプル x 94,000 遺伝子をパープレキシティ 5 で試したところ、パープレキシティがまだ高すぎると表示されました。
Rtsne.default(inDataTsne、dims = 2、perplexity = 5、verbose = TRUE、 :
混乱が大きすぎます。
eval(expr, envir, enclos) のエラー: オブジェクト 'outputY' が見つかりません
データの転送中に予期しないエラーが発生しました。
R で見つかった問題は、Rtsne/umap パッケージのインストールの失敗またはメモリの制限が原因である可能性があります。
ただし、R のエラーについても言及されていたため、それが私のデータのせいなのか R のせいなのかはわかりません。
Re: JMP と R の接続の問題@abmayfieldそれを理解していただけて嬉しいです。 Mac での R の接続/初期化の問題は知りませんでした。R への接続に R init () を使用しているため、Embedding アドインが機能しない可能性があります。 更新させていただきます。 JMPG に関しては、オプションの視覚化方法としてこの Embedding アドインの一部を使用する新しい単細胞 RNA-seq ワークフローがありますが、これは適切なバージョンの R および Rtsne/UMAP がインストールされている場合に限ります。 また、JMP Genomics は Windows ユーザーのみを対象としており、Mac 用のコピーが必要な場合は、それを使用するために仮想 Windows インスタンスをセットアップする必要がある可能性があることも指摘しておきます。 私たちは JMP 用の t-SNE のネイティブ バージョンの開発に取り組んでいますが、いつ利用可能になるかはわかりません。
Re: JMP と R の接続の問題私はそれを考え出した！ これは実際には R と Mac の問題です。
https://community.rstudio.com/t/i-can-t-install-packages-on-r-studio-non-zero-exit-status/52135
Mac に Rtsne パッケージをインストールしようとすると、このリンクで説明されている Mac 固有のレジストリを介してインストールしない限り、R はそれをインストールし、すぐに削除し、あらゆる種類の奇妙なエラー メッセージを表示します ( https://mac.R-project.org ) 。 これが私が R よりも JMP を好む理由の一種です。 R を使用して単純なデータ パッケージをインストールするだけでも、トラブルシューティングと解決に 36 時間かかりました。 t-SNE は JMP Genomics の次のバージョンに統合される可能性がありますか?
ただし、JMP には奇妙な、しかし軽微な問題があります。 私のMacでは「R Init」が全く動作しません。 「R が接続されている」場合のみ、JMP と R が同期します。 さまざまな投稿を読むと、BOTH は R に接続できるはずなので、「R Init」が接続に失敗するのは奇妙です。 つまり、R 3.3.3 を搭載した 10.13 の Mac ユーザーは、JSL 経由で R を使用するには、「R Init」ではなく「R is Connected」を使用する必要があります。
Re: JMP と R の接続の問題@abmayfieldそうですね、Mac には以前バージョン管理の問題がありました。 Mac ユーザーの 1 人は R に接続でき、この Embedding アドインを実行できましたが、それは少し前のことであり、多くの要素が変更されました。 テクニカルサポートが解決してくれることを願っています。
Re: JMP と R の接続の問題いや、心配しないでください、彼らは事件を進行中です（ただし、これまでのところ困惑しています）。 私の目標は、問題を解明したら、JSL 経由で R を実行しようとしている他の Mac ユーザーが同じ問題に遭遇しないように、解決策をここに投稿することです。
Re: JMP と R の接続の問題JMP テクニカル サポートが最も早い解決策であると思います。 JMP を R に接続している別の Mac ユーザーがこれを確認するには、時間がかかる可能性があります。
