Problema di connessione JMP e ROggi ho appena visto un interessante webinar sull'utilizzo di alcune funzionalità di R che non sono disponibili in JMP tramite JSL. Sto parlando specificamente di t-SNE: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP .
Utilizzo JMP 14 su Mac OS 10.13 (High Sierra) e, secondo il collegamento del componente aggiuntivo riportato sopra, la versione R da ottenere è la 3.3.3, quindi l'ho scaricata, riavviata e ho seguito questa: https://www.jmp.com/support/help/en/15.1/index.shtml#page/jmp/installing-r.shtml# . Non riesco a far funzionare nemmeno lo script molto semplice contenuto in questa guida alla risoluzione dei problemi, non si tratta di un errore, semplicemente di niente. La guida allo scripting JMP è scritta per Windows, ma ho provato a impostare manualmente la "imposta variabile ambientale" nella cartella delle applicazioni, ma neanche questo ha funzionato. R funziona ed è archiviato nella mia cartella Applicazioni. Avevo versioni precedenti di R sul mio computer, ma le ho cancellate (e successivamente riavviate). Sono riuscito a leggere e scrivere file (è il mio personal computer e sono l'amministratore), ma anche "R Init ();" non fa nulla.
Da qualche mese, JMP14, R ver. 3.3.3. e MAC OS10.13 erano tutti teoricamente compatibili. Nel frattempo è successo qualcosa che mi avrebbe impedito di utilizzare più R tramite la finestra dello script?
Automazione e scriptingRi: Problema di connessione JMP e RGrazie per aver condiviso. È stata sicuramente una mossa giusta abbassare perplessità considerando la piccola dimensione del campione.Il grafico tSNE ha catturato bene i tuoi siti, sembra che tu abbia 4 comunità locali nei tuoi dati (supponiamo che l'algoritmo abbia funzionato correttamente). Spero che questa scoperta sia degna di un articolo su Nature, buona fortuna. 
A proposito, se tua moglie è interessata, aggiungeremo materiale relativo a scRNA-seq al sito JMP Genomics.
Ri: Problema di connessione JMP e RHo finito per provarlo con questo trascrittoma genetico di 12 campioni x 95.000 dopo il mio ultimo post, ed è interessante perché posso fare solo 300-400 iterazioni o si bloccherà in caso di perplessità elevate (qualsiasi cosa superiore a 5)! Forse nessuna sorpresa. Ma se abbasso le perplessità a 3-4 e le iterazioni a 200-300, ottengo una trama effettivamente piuttosto interessante. I coralli dei miei due siti mostrano una bella separazione (come era evidente nella PCA=prima schermata allegata). Vedi la seconda immagine allegata per t-SNE (HBH e HWN sono le abbreviazioni dei due siti).
Ho notato una proprietà di t-SNE che era stata annotata nel documento originale: a differenza di PCA, non si ottiene sempre la stessa soluzione due volte! In effetti, possono variare SELVAGGIAMENTE. Alcune soluzioni sono degne degli articoli di Nature, mentre la prossima potrebbe essere una rivista di biologia marina a basso impatto, ahah. Quindi posso sicuramente vedere alcuni pro e contro del metodo. Ma detto questo, penso che tu abbia ragione nel dire che avrei bisogno di molti più campioni per renderlo pratico. Ad ogni modo, sono felice di sapere che funziona in JMP poiché mia moglie esegue scRNA-Seq con colture cellulari, quindi, anche se potrebbe non essere la soluzione migliore per me al momento, può sicuramente trarre vantaggio dal componente aggiuntivo che hai creato!
Ri: Problema di connessione JMP e R@abmayfield Hai assolutamente ragione riguardo alla dimensione del campione, tSNE e UMAP sono destinati a campioni di dimensioni maggiori, di solito almeno alcune centinaia. Nel documento originale dell'UMAP, in realtà si raccomandavano specificamente almeno 500 campioni per un risultato affidabile. Poiché disponi solo di 12 campioni ma di 94.000 geni, potresti considerare prima di ridurre il numero di geni selezionando solo quelli che variano tra i campioni (geni variabili), quindi ridurre ulteriormente la dimensione utilizzando l'analisi PCA o SVD. È possibile visualizzare i cluster con i componenti principali principali oppure utilizzare tali componenti principali come funzionalità per algoritmi di clustering come il clustering gerarchico in JMP, il dendrogramma o il grafico delle costellazioni dovrebbero fornire una visualizzazione abbastanza decente dei cluster nel campione.
Ri: Problema di connessione JMP e RIn realtà, posso riprodurre i tuoi grafici demo t-SNE in JMP Pro ver. 14 con R 3.3.3 su Mac OS 10.13. L'unico errore che ottengo riguarda i caratteri, ma per il resto funziona.
Ancora più importante, in realtà mi chiedo se sia adatto alle mie esigenze. Ho solo qualche dozzina di campioni al massimo e qualche centinaio di caratteristiche (ad esempio proteine). Penso, quindi, che t-SNE non mi fornirà una soluzione molto diversa da PCA o MDS. In effetti, sembra che non funzioni affatto: quando ho provato 12 campioni x 94.000 geni con una perplessità di 5, ho detto che la perplessità era ancora troppo alta:
Errore in Rtsne.default(inDataTsne, dims = 2, perplessità = 5, verbose = TRUE, :
La perplessità è troppo grande.
Errore in eval(expr, envir, enclos): oggetto 'outputY' non trovato
Si sono verificati errori imprevisti durante il tentativo di trasferire i dati.
I problemi riscontrati in R potrebbero essere causati da un'installazione non riuscita di pacchetti Rtsne/umap o da memoria limitata.
Tuttavia, ha menzionato anche qualche errore R, quindi non posso dire se è colpa dei miei dati o colpa di R!
Ri: Problema di connessione JMP e R@abmayfield Sono felice che tu l'abbia capito. Non ero a conoscenza del problema di R connect/init su Mac, il mio componente aggiuntivo di incorporamento potrebbe non funzionare perché utilizzo R init () per connettermi a R. Lo aggiornerò. Per quanto riguarda JMPG, abbiamo un nuovo flusso di lavoro RNA-seq a cella singola utilizzato come parte di questo componente aggiuntivo di incorporamento come metodo di visualizzazione opzionale, ma solo se sono state installate le versioni corrette di R e Rtsne/UMAP. Inoltre, voglio sottolineare che JMP Genomics è solo per utenti Windows, per ora se ne desideri una copia per Mac, potresti dover configurare qualche istanza virtuale di Windows per poterlo utilizzare. Stiamo lavorando su una versione nativa di t-SNE per JMP, ma non siamo sicuri di quando sarà disponibile.
Ri: Problema di connessione JMP e RL'avevo capito! In realtà è un problema tra R e Mac.
https://community.rstudio.com/t/i-can-t-install-packages-on-r-studio-non-zero-exit-status/52135
Se provi a installare il pacchetto Rtsne su un Mac, R lo installerà, quindi lo eliminerà immediatamente e ti fornirà tutti i tipi di strani messaggi di errore A MENO CHE non lo installi tramite il registro specifico del Mac menzionato in questo collegamento ( https://mac.R-project.org ) . Questo è il genere di cose che mi fa preferire JMP a R. Anche l'installazione di un semplice pacchetto dati con R mi ha richiesto 36 ore per risolvere il problema e capirlo. t-SNE potrebbe forse essere integrato nella prossima versione di JMP Genomics?
C'è però uno strano, ma minore, problema con JMP. "R Init" non funziona affatto sul mio Mac. Solo "R è connesso" causerà la sincronizzazione di JMP e R. Dalla lettura di vari post, sembra che ENTRAMBI dovrebbero essere in grado di connettersi a R, quindi è strano che "R Init" non riesca a farlo. In altre parole, gli utenti Mac su 10.13 con R 3.3.3 dovranno utilizzare "R è connesso" e non "R Init" per utilizzare R tramite JSL.
Ri: Problema di connessione JMP e R@abmayfield Sì, il Mac ha avuto alcuni problemi di versione in precedenza. Uno degli utenti Mac è riuscito a connettersi a R ed è riuscito a eseguire questo componente aggiuntivo di incorporamento, ma è passato un po' di tempo e molti fattori sono cambiati. Spero che il supporto tecnico risolva il problema per te.
Ri: Problema di connessione JMP e RNo, non preoccuparti, sono sul caso (anche se finora sono perplessi). Il mio obiettivo è, una volta risolto il problema, pubblicare qui la soluzione in modo che altri utenti Mac che desiderano eseguire R tramite JSL non incorrano nello stesso problema.
Ri: Problema di connessione JMP e RPenso che il supporto tecnico JMP possa essere la soluzione più rapida per te. Potrebbe essere necessario del tempo prima che un altro utente Mac che collega JMP a R lo veda.
