JMP- und R-VerbindungsproblemIch habe heute gerade ein cooles Webinar über die Verwendung einiger Funktionen in R gesehen, die in JMP über JSL nicht verfügbar sind. Ich spreche speziell von t-SNE: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAP .
Ich verwende JMP 14 unter Mac OS 10.13 (High Sierra) und laut dem Add-In-Link oben ist die zu erhaltende R-Version 3.3.3, also habe ich diese heruntergeladen, neu gestartet und bin wie folgt vorgegangen: https://www.jmp.com/support/help/en/15.1/index.shtml#page/jmp/installing-r.shtml# . Ich kann nicht einmal das sehr einfache Skript in dieser Anleitung zur Fehlerbehebung zum Laufen bringen, es gibt keinen Fehler, einfach nichts. Das JMP-Skripthandbuch ist für Windows geschrieben, aber ich habe versucht, die „Umgebungsvariable festlegen“ manuell auf den Anwendungsordner zu setzen, aber auch das hat nicht funktioniert. R funktioniert und ist in meinem Anwendungsordner gespeichert. Ich hatte ältere Versionen von R auf meinem Computer, aber ich habe sie gelöscht (und anschließend neu gestartet). Ich habe es geschafft, dass ich Dateien lesen und schreiben kann (es ist mein persönlicher Computer und ich bin der Administrator), aber sogar „R Init ();“ tut nichts.
Seit einigen Monaten ist JMP14, R ver. 3.3.3. und MAC OS10.13 waren theoretisch alle kompatibel. Ist in der Zwischenzeit etwas passiert, das dazu geführt hätte, dass ich R nicht mehr über das Skriptfenster verwenden kann?
Automatisierung und SkripterstellungBetreff: JMP- und R-VerbindungsproblemIch danke Ihnen für das Teilen. Es war definitiv ein richtiger Schritt, den Wert zu senken Ratlosigkeit angesichts der geringen Stichprobengröße.Das tSNE-Diagramm hat Ihre Websites gut erfasst. Es sieht so aus, als hätten Sie in Ihren Daten vier lokale Gemeinden (vorausgesetzt, der Algorithmus hat korrekt funktioniert). Ich hoffe, dass dieser Befund einer Nature-Veröffentlichung würdig ist, viel Glück. 
Übrigens werden wir Materialien, die sich auf scRNA-seq beziehen, auf der Website von JMP Genomics veröffentlichen, falls Ihre Frau Interesse hat.
Betreff: JMP- und R-VerbindungsproblemNach meinem letzten Beitrag habe ich es schließlich mit diesem Gentranskriptom mit 12 Proben x 95.000 versucht, und es ist interessant, weil ich nur 300–400 Iterationen durchführen kann, sonst stürzt es bei hoher Ratlosigkeit ab (alles über 5)! Vielleicht keine Überraschung. Aber wenn ich die Perplexität auf 3-4 und die Iterationen auf 200-300 reduziere, erhalte ich eine Handlung, die eigentlich ziemlich interessant ist. Korallen von meinen beiden Standorten weisen eine schöne Trennung auf (wie im PCA = erster Screenshot im Anhang deutlich zu erkennen war). Siehe zweites Bild im Anhang für den t-SNE (HBH und HWN sind die Abkürzungen für die beiden Standorte).
Mir ist eine Eigenschaft von t-SNE aufgefallen, die im Originalpapier erwähnt wurde: Im Gegensatz zu PCA erhält man nicht immer zweimal dieselbe Lösung! Tatsächlich können sie stark variieren. Einige Lösungen sind einen Nature-Artikel wert, während die nächste möglicherweise eine Zeitschrift für Meeresbiologie mit geringem Einflussfaktor sein könnte, haha. Ich kann also definitiv einige Vor- und Nachteile der Methode erkennen. Abgesehen davon denke ich, dass Sie Recht haben, dass ich noch viel mehr Beispiele bräuchte, um es praktisch umzusetzen. Wie auch immer, ich bin froh zu wissen, dass es in JMP funktioniert, da meine Frau scRNA-Seq mit Zellkulturen durchführt. Auch wenn es im Moment vielleicht nicht das Beste für mich ist, kann sie sicherlich von dem von Ihnen erstellten Add-In profitieren!
Betreff: JMP- und R-Verbindungsproblem@abmayfield Mit der Stichprobengröße haben Sie völlig Recht. tSNE und UMAP sind für größere Stichprobengrößen gedacht, normalerweise mindestens einige Hundert. Im Originalpapier von UMAP wurden sogar ausdrücklich mindestens 500 Proben für ein belastbares Ergebnis empfohlen. Da Sie nur 12 Proben, aber 94.000 Gene haben, können Sie erwägen, zunächst die Anzahl der Gene zu reduzieren, indem Sie nur diejenigen auswählen, die zwischen den Proben variieren (variable Gene), und dann die Dimension mithilfe der PCA- oder SVD-Analyse weiter reduzieren. Sie können Cluster mit den wichtigsten Hauptkomponenten anzeigen oder diese wichtigsten Hauptkomponenten als Features für Clustering-Algorithmen wie das hierarchische Clustering in JMP verwenden. Das Dendrogramm oder das Konstellationsdiagramm sollte Ihnen einen recht guten Überblick über die Cluster in Ihrer Stichprobe geben.
Betreff: JMP- und R-VerbindungsproblemTatsächlich kann ich Ihre Demo-t-SNE-Plots in JMP Pro Version reproduzieren. 14 mit R 3.3.3 unter Mac OS 10.13. Der einzige Fehler, den ich bekomme, hat mit Schriftarten zu tun, aber ansonsten funktioniert es.
Noch wichtiger ist, dass ich mich tatsächlich frage, ob es für meine Bedürfnisse geeignet ist. Ich habe höchstens ein paar Dutzend Proben und höchstens ein paar hundert Merkmale (z. B. Proteine). Ich denke also, dass der t-SNE mir keine wirklich ganz andere Lösung als PCA oder MDS bieten wird. Tatsächlich sieht es so aus, als würde es überhaupt nicht laufen: Als ich 12 Proben x 94.000 Gene mit einer Ratlosigkeit von 5 ausprobierte, hieß es, die Ratlosigkeit sei immer noch zu hoch:
Fehler in Rtsne.default(inDataTsne, dims = 2, perplexity = 5, verbose = TRUE, :
Die Ratlosigkeit ist zu groß.
Fehler in eval(expr, envir, enclos): Objekt „outputY“ nicht gefunden
Beim Versuch, die Daten zu übertragen, sind unerwartete Fehler aufgetreten.
In R gefundene Probleme können durch eine fehlgeschlagene Installation von Rtsne/umap-Paketen oder begrenzten Speicher verursacht werden.
Es wurde jedoch auch ein R-Fehler erwähnt, sodass ich nicht sagen kann, ob es an meinen Daten oder an R liegt!
Betreff: JMP- und R-Verbindungsproblem@abmayfield Ich bin froh, dass du das herausgefunden hast. Mir war das R-Connect/Init-Problem auf dem Mac nicht bekannt. Mein Embedding-Add-In funktioniert möglicherweise nicht, weil ich R init () verwende, um eine Verbindung zu R herzustellen. Ich werde es aktualisieren. In Bezug auf JMPG haben wir einen neuen Single-Cell-RNA-seq-Workflow, der Teil dieses Einbettungs-Add-Ins als optionale Visualisierungsmethode verwendet, jedoch nur, wenn Sie die richtigen Versionen von R und Rtsne/UMAP installiert haben. Außerdem möchte ich darauf hinweisen, dass JMP Genomics nur für Windows-Benutzer gedacht ist. Wenn Sie derzeit eine Kopie davon für Mac möchten, müssen Sie möglicherweise eine virtuelle Windows-Instanz einrichten, um es verwenden zu können. Wir arbeiten an einer nativen Version von t-SNE für JMP, sind uns aber nicht sicher, wann sie verfügbar sein wird.
Betreff: JMP- und R-VerbindungsproblemIch habe es herausgefunden! Es handelt sich tatsächlich um ein R-gegen-Mac-Problem.
https://community.rstudio.com/t/i-can-t-install-packages-on-r-studio-non-zero-exit-status/52135
Wenn Sie versuchen, das Rtsne-Paket auf einem Mac zu installieren, wird R es installieren, es dann sofort löschen und Ihnen alle möglichen seltsamen Fehlermeldungen anzeigen, es sei denn, Sie installieren es über die in diesem Link erwähnte Mac-spezifische Registrierung ( https://mac.R-project.org ) . Aus diesem Grund bevorzuge ich JMP gegenüber R. Selbst die Installation eines einfachen Datenpakets mit R dauerte 36 Stunden, um Fehler zu beheben und herauszufinden. Könnte t-SNE vielleicht in die nächste Version von JMP Genomics integriert werden?
Es gibt jedoch ein seltsames, aber kleines JMP-Problem. „R Init“ funktioniert auf meinem Mac überhaupt nicht. Nur „R ist verbunden“ bewirkt, dass JMP und R synchronisiert werden. Aus der Lektüre verschiedener Beiträge geht hervor, dass BEIDE in der Lage sein sollten, eine Verbindung zu R herzustellen. Daher ist es seltsam, dass „R Init“ dies nicht schafft. Mit anderen Worten: Mac-Benutzer unter 10.13 mit R 3.3.3 müssen „R ist verbunden“ und nicht „R Init“ verwenden, um R über JSL zu verwenden.
Betreff: JMP- und R-Verbindungsproblem@abmayfield Ja, Mac hatte zuvor einige Versionsprobleme. Einer der Mac-Benutzer konnte eine Verbindung zu R herstellen und dieses Einbettungs-Add-In ausführen, aber das ist schon eine Weile her und viele Faktoren haben sich geändert. Ich hoffe, der technische Support findet es für Sie heraus.
Betreff: JMP- und R-VerbindungsproblemNein, machen Sie sich keine Sorgen, sie sind an dem Fall beteiligt (obwohl sie bisher ratlos sind). Mein Ziel ist es, sobald wir das Problem herausgefunden haben, die Lösung hier zu veröffentlichen, damit andere Mac-Benutzer, die R über JSL ausführen möchten, nicht auf dasselbe Problem stoßen.
Betreff: JMP- und R-VerbindungsproblemIch denke, der technische Support von JMP ist möglicherweise der schnellste Lösungsweg für Sie. Es kann einige Zeit dauern, bis ein anderer Mac-Benutzer, der JMP mit R verbindet, dies sieht.
