Problème de connexion JMP et RJe viens de voir un webinaire sympa aujourd'hui sur l'utilisation de certaines fonctionnalités de R qui ne sont pas disponibles dans JMP via JSL. Je parle spécifiquement du t-SNE : Visualisation des données avec t-SNE et UMAP .
J'utilise JMP 14 sur Mac OS 10.13 (High Sierra) et, selon le lien du complément ci-dessus, la version R à obtenir est la 3.3.3, j'ai donc téléchargé cela, redémarré et suivi ceci : https://www.jmp.com/support/help/en/15.1/index.shtml#page/jmp/installing-r.shtml# . Je n'arrive pas à faire fonctionner même le script très simple de ce guide de dépannage, pas une erreur, juste rien. Le guide de script JMP est écrit pour Windows, mais j'ai essayé de définir manuellement la "variable d'environnement définie" dans le dossier des applications, mais cela n'a pas fonctionné non plus. R fonctionne et est stocké dans mon dossier Applications. J'avais d'anciennes versions de R sur mon ordinateur, mais je les ai supprimées (et redémarrées par la suite). Je suis arrivé là où je peux lire et écrire des fichiers (c'est mon ordinateur personnel et je suis l'administrateur), mais même "R Init ();" ne fait rien.
Depuis quelques mois, JMP14, R ver. 3.3.3. et MAC OS10.13 étaient tous théoriquement compatibles. Est-ce qu'il s'est passé quelque chose entre-temps qui m'aurait amené à ne plus pouvoir utiliser R via la fenêtre de script ?
Automatisation et scriptsRe : Problème de connexion JMP et RMerci pour le partage. C'était certainement une bonne décision d'abaisser perplexité compte tenu de la petite taille de l’échantillon.Le tracé tSNE a bien capturé vos sites, il semble que vous ayez 4 communautés locales dans vos données (en supposant que l'algorithme a fonctionné correctement). J'espère que cette découverte est digne d'un article sur Nature, bonne chance. 
BTW, nous aurons des documents liés au scRNA-seq ajoutés au site JMP Genomics si votre femme est intéressée.
Re : Problème de connexion JMP et RJ'ai fini par l'essayer avec ce transcriptome de 12 échantillons x 95 000 gènes après mon dernier message, et c'est intéressant car je ne peux faire que 300 à 400 itérations, sinon il plantera à des perplexités élevées (tout ce qui dépasse 5) ! Peut-être pas de surprise. Mais si je baisse la perplexité à 3-4 et les itérations à 200-300, j'obtiens une intrigue qui est en fait assez intéressante. Les coraux de mes deux sites présentent une belle séparation (comme le montre la PCA = première capture d'écran ci-jointe). Voir la deuxième image ci-jointe pour le t-SNE (HBH et HWN sont les abréviations des deux sites).
J'ai remarqué une propriété du t-SNE qui a été notée dans l'article original : contrairement au PCA, vous n'obtenez pas toujours deux fois la même solution ! En fait, ils peuvent varier énormément. Certaines solutions sont dignes des articles de Nature tandis que la suivante pourrait être une revue de biologie marine à faible facteur d'impact, haha. Je peux donc certainement voir les avantages et les inconvénients de la méthode. Mais tout cela étant dit, je pense que vous avez raison : j'aurais besoin de beaucoup plus d'échantillons pour que cela soit pratique. Quoi qu'il en soit, je suis heureux de savoir que cela fonctionne dans JMP puisque ma femme fait du scRNA-Seq avec des cultures cellulaires, donc, même si ce n'est peut-être pas le meilleur pour moi pour le moment, elle peut certainement bénéficier du complément que vous avez créé !
Re : Problème de connexion JMP et R@abmayfield Vous avez tout à fait raison sur la taille de l'échantillon, le tSNE et l'UMAP sont destinés à des échantillons plus grands, généralement au moins quelques centaines. Dans l’article original de l’UMAP, il recommandait en fait spécifiquement au moins 500 échantillons pour un résultat robuste. Étant donné que vous ne disposez que de 12 échantillons mais de 94 000 gènes, vous pouvez envisager d'abord de réduire le nombre de gènes en sélectionnant uniquement ceux qui varient entre les échantillons (gènes variables), puis de réduire davantage la dimension à l'aide d'une analyse PCA ou SVD. Vous pouvez afficher les clusters avec les principaux composants principaux ou utiliser ces principaux composants comme fonctionnalités pour les algorithmes de clustering tels que le clustering hiérarchique dans JMP, le dendrogramme ou le tracé de constellation devraient vous donner une vue assez décente des clusters de votre échantillon.
Re : Problème de connexion JMP et REn fait, je peux reproduire vos tracés de démonstration t-SNE dans JMP Pro ver. 14 avec R 3.3.3 sur Mac OS 10.13. La seule erreur que je reçois concerne les polices, mais sinon cela fonctionne.
Plus important encore, je me demande si cela convient à mes besoins. Je n'ai que quelques dizaines d'échantillons au maximum et quelques centaines de caractéristiques (c'est-à-dire des protéines) au maximum. Je pense donc que le t-SNE ne me donnera pas vraiment une solution très différente du PCA ou du MDS. En fait, il semble que cela ne fonctionnera pas du tout : lorsque j'ai essayé 12 échantillons x 94 000 gènes avec une perplexité de 5, il m'a été indiqué que la perplexité était encore trop élevée :
Erreur dans Rtsne.default (inDataTsne, dims = 2, perplexité = 5, verbeux = TRUE, :
La perplexité est trop grande.
Erreur dans eval(expr, envir, enclos) : objet 'outputY' introuvable
Des erreurs inattendues se sont produites lors de la tentative de transfert des données.
Les problèmes détectés dans R peuvent être causés par une installation infructueuse des packages Rtsne/umap ou par une mémoire limitée.
Cependant, il mentionne également une erreur R, donc je ne peux pas dire si c'est la faute de mes données ou la faute de R !
Re : Problème de connexion JMP et R@abmayfield Je suis content que tu aies compris ça. Je n'étais pas au courant du problème de connexion/init R sur Mac, mon complément d'intégration pourrait ne pas fonctionner car j'utilise R init () pour me connecter à R. Je vais le mettre à jour. Concernant JMPG, nous avons un nouveau flux de travail de séquençage d'ARN unicellulaire utilisé dans le cadre de ce complément d'intégration comme méthode de visualisation facultative, mais uniquement si les bonnes versions de R et Rtsne/UMAP ont été installées. De plus, je tiens à souligner que JMP Genomics est réservé aux utilisateurs Windows. Pour l'instant, si vous souhaitez en obtenir une copie pour Mac, vous devrez peut-être configurer une instance virtuelle Windows pour pouvoir l'utiliser. Nous travaillons sur une version native de t-SNE pour JMP, mais nous ne savons pas quand elle sera disponible.
Re : Problème de connexion JMP et RJ'ai compris ! Il s'agit en fait d'un problème R vs Mac.
https://community.rstudio.com/t/i-can-t-install-packages-on-r-studio-non-zero-exit-status/52135
Si vous essayez d'installer le package Rtsne sur un Mac, R l'installera, puis le supprimera immédiatement et vous donnera toutes sortes de messages d'erreur étranges SAUF si vous l'installez via le registre spécifique au Mac mentionné dans ce lien ( https://mac.R-project.org ) . C'est le genre de chose qui me fait préférer JMP à R. Même l'installation d'un simple package de données avec R m'a pris 36 heures pour dépanner et comprendre. Le t-SNE pourrait-il être intégré dans la prochaine version de JMP Genomics ?
Il existe cependant un problème étrange, mais mineur, avec JMP. "R Init" ne fonctionne pas du tout sur mon Mac. Seul "R est connecté" entraînera la synchronisation de JMP et R. En lisant divers articles, il semble que les DEUX devraient pouvoir se connecter à R, il est donc étrange que "R Init" ne parvienne pas à le faire. En d'autres termes, les utilisateurs de Mac sous 10.13 avec R 3.3.3 devront utiliser « R est connecté » et non « R Init » pour utiliser R via JSL.
Re : Problème de connexion JMP et R@abmayfield Oui, Mac a déjà rencontré des problèmes de version. L'un des utilisateurs Mac a pu se connecter à R et a réussi à exécuter ce complément d'intégration, mais c'était il y a quelque temps et de nombreux facteurs ont changé. J'espère que le support technique trouvera une solution pour vous.
Re : Problème de connexion JMP et RNon, ne vous inquiétez pas, ils sont sur l'affaire (bien que jusqu'à présent perplexes). Mon objectif est, une fois que nous avons résolu le problème, de publier la solution ici afin que les autres utilisateurs Mac souhaitant exécuter R via JSL ne rencontrent pas le même problème.
Re : Problème de connexion JMP et RJe pense que le support technique JMP peut être la solution la plus rapide pour vous. Cela peut prendre un certain temps avant qu'un autre utilisateur Mac connectant JMP à R ne voie cela.
