Prueba t estándar en muchas muestras con un solo controlEstoy seguro de que me falta algo básico, pero parece que no puedo encontrar una manera de realizar una prueba t estándar contra un solo control cuando hay muchas otras muestras para comparar. Todas las comparaciones por pares son posibles, pero eso da como resultado demasiadas comparaciones que no son de interés. La comparación con un control que usa la prueba de Dunnett es otra posibilidad, pero mi objetivo final es realizar pruebas t estándar y luego ajustar los valores p a través de FDR. ¿Algunas ideas?
Re: Prueba t estándar en muchas muestras con un solo controlGracias Chris por tu respuesta completa y reflexiva. Probaremos miles de muestras para que todas las comparaciones por pares sean bastante grandes. En cambio, podemos obtener lo que necesitamos de la tabla lsmeans, ya que contiene los errores estándar. Escribí un pequeño script JSL para usar la información en la tabla lsmeans junto con grados de libertad de error para hacer las pruebas t y aplicar el FDR. Empaquetarlo como complemento parece funcionar bien. Sería bueno si las pruebas t sin procesar con un solo comparador (control) estuvieran disponibles como una función estándar en el futuro.
Re: Prueba t estándar en muchas muestras con un solo controlSí, es cierto que Dunnet observa la tasa de error familiar y la mantiene por debajo de alfa al hacer las comparaciones. Pero también lo hace Tukey, Bonferroni y otros. Es probable que sea más conservador que Benjamini-Hochberg FDR, pero menos conservador que Bonferroni. Creo que también importa cuántas comparaciones se están haciendo. Creo que con un gran número de comparaciones, Benjamini-Hochberg FDR parece razonable y no tan agresivo desde el punto de vista de la detección, pero para un pequeño número de comparaciones, quizás también un poco agresivo.
En cuanto al uso de la prueba t de Student para la opción de comparación de medios, aquí hay algunos trucos que puede usar para obtener lo que desea.
Un truco que puede ayudarlo si desea utilizar la prueba t de Student y solo mirar las comparaciones de control. Al final del informe, busque el informe de diferencias ordenadas. Puede hacer clic derecho sobre él y elegir Convertir en una tabla de datos. Allí, puede ordenar por nivel y eliminar las filas que no tienen las comparaciones que desea. Aquí hay otro truco, si usa la propiedad de orden de valor de una columna, puede tener el nivel de control en la parte superior de la lista. Esto ayudará con el informe de diferencia ordenada para que pueda llegar más fácilmente a las comparaciones con el control.
Para esta nueva tabla, puede crear una nueva columna con la fórmula FDR para poder corregir los valores p.
Al final, habrá esas comparaciones que están en el límite de su línea de decisión (corte) y probablemente deberían incluirse de todos modos. Es un examen de detección, así que tener algunos más no hace daño. Ese valor p y la línea de corte son una buena guía para reducir en qué enfocarse, pero no deben usarse rígidamente para fines de detección. También debe haber consideraciones prácticas incluidas en el proceso de toma de decisiones (cuántas de las comparaciones se pueden seguir prácticamente)
Espero que esto ayude.
Chris
Re: Prueba t estándar en muchas muestras con un solo controlGenial, gracias por confirmar que no me faltaba algo. FDR es el método preferido en los laboratorios de detección de alto rendimiento. Tengo entendido que la prueba de Dunnett controla la tasa de error familiar, que a menudo es demasiado conservadora.
Re: Prueba t estándar en muchas muestras con un solo controlSegún la configuración de sus datos, Dunnet's con control en Fit Y by X es su única opción. ¿Por qué no querrías usar Dunnet's con control? Esa opción parece ser la opción más adecuada para sus datos. ¿Cuántas comparaciones está haciendo donde cree que se necesitaría un FDR?
Chris
Re: Prueba t estándar en muchas muestras con un solo controlGracias, pero esto no es exactamente lo que estoy buscando. Estoy interesado en la detección, pero no en muchas respuestas (como la expresión génica), sino en muchas muestras con una sola respuesta cada una. Este es un caso de uso típico para los laboratorios de detección de alto rendimiento y estoy algo sorprendido de ver que la funcionalidad no es obvia. Pero también soy un observador bastante pobre, así que probablemente me lo estoy perdiendo 
Re: Prueba t estándar en muchas muestras con un solo controlParece que podría estar buscando la plataforma de Screening de respuesta. en v13 está bajo Analizar / Proyección. También informa FDR para usted. Realmente conveniente para cuando tiene varios miles de respuestas y desea hacer comparaciones entre dos niveles de algún factor de entrada.
