Standard-T-Test über viele Proben mit einer einzigen KontrolleIch bin mir sicher, dass ich etwas Grundlegendes vermisse, aber ich kann keinen Weg finden, einen Standard-T-Test gegen eine einzelne Kontrolle durchzuführen, wenn es viele andere Proben gibt, mit denen man vergleichen kann. Alle paarweisen Vergleiche sind möglich, aber das führt dazu, dass zu viele Vergleiche nicht von Interesse sind. Ein Vergleich mit einer Kontrolle unter Verwendung des Dunnett-Tests ist eine weitere Möglichkeit, aber mein letztendliches Ziel ist es, Standard-t-Tests durchzuführen und dann die p-Werte über FDR anzupassen. Irgendwelche Ideen?
Betreff: Standard-T-Test über viele Proben mit einer einzigen KontrolleVielen Dank Chris für Ihre umfassende, nachdenkliche Antwort. Wir werden Tausende von Stichproben testen, damit alle paarweisen Vergleiche ziemlich umfangreich werden. Stattdessen können wir das, was wir brauchen, aus der lsmeans-Tabelle abrufen, da sie die Standardfehler enthält. Ich habe ein kleines JSL-Skript geschrieben, um die Informationen in der lsmeans-Tabelle zusammen mit den Fehlerfreiheitsgraden zu verwenden, um die t-Tests durchzuführen und den FDR anzuwenden. Das Packen als Plugin scheint gut zu funktionieren. Wäre schön, wenn die rohen t-Tests mit einem einzigen Komparator (Kontrolle) zukünftig als Standardfunktion zur Verfügung stünden.
Betreff: Standard-T-Test über viele Proben mit einer einzigen KontrolleJa, es ist wahr, dass Dunnet's die familienbezogene Fehlerrate untersucht und sie bei Vergleichen unter Alpha hält. Aber auch Tukey, Bonferroni und andere. Es ist wahrscheinlich konservativer als Benjamini-Hochberg FDR, aber weniger konservativ als Bonferroni. Ich denke, es ist auch wichtig, wie viele Vergleiche durchgeführt werden. Ich denke, mit einer großen Anzahl von Vergleichen erscheint Benjamini-Hochberg FDR vernünftig und aus Sicht des Screenings nicht so aggressiv, aber für eine kleine Anzahl von Vergleichen vielleicht auch ein wenig aggressiv.
Im Folgenden finden Sie einige Tricks, mit denen Sie mithilfe von Student's t-Test die gewünschten Ergebnisse erzielen können.
Ein Trick, der Ihnen helfen kann, wenn Sie den T-Test eines Schülers verwenden und sich nur die Kontrollvergleiche ansehen möchten. Suchen Sie unten im Bericht nach dem geordneten Differenzenbericht. Sie können mit der rechten Maustaste darauf klicken und In eine Datentabelle umwandeln auswählen. Dort können Sie nach Ebene sortieren und die Zeilen entfernen, die nicht die gewünschten Vergleiche enthalten. Ist hier ein anderer Trick, wenn Sie die Wertordnungseigenschaft einer Spalte verwenden, können Sie die Steuerebene auf der Oberseite der Liste haben. Dies hilft beim geordneten Differenzbericht, damit Sie leichter zu den Vergleichen mit dem Steuerelement gelangen.
In dieser neuen Tabelle können Sie dann neue Spalten mit der FDR-Formel erstellen, um die p-Werte zu korrigieren.
Am Ende wird es solche Vergleiche geben, die sich am Rand Ihrer Entscheidungslinie befinden (Cutoff), und diese sollten wahrscheinlich trotzdem einbezogen werden. Es ist Screening, so dass ein paar weitere nicht weh tun. Dieser p-Wert und die Cutoff-Linie sind ein guter Anhaltspunkt, um den Fokus einzugrenzen, sollten jedoch nicht zu strengen Screening-Zwecken verwendet werden. Es müssen auch praktische Überlegungen in den Entscheidungsprozess einbezogen werden (wie viele der Vergleiche können praktisch weiterverfolgt werden)
Hoffe das hilft.
Chris
Betreff: Standard-T-Test über viele Proben mit einer einzigen KontrolleToll, danke, dass du mir bestätigt hast, dass ich nichts verpasst habe. FDR ist die bevorzugte Methode in Hochdurchsatz-Screening-Labors. Ich verstehe, dass Dunnetts Test die familienbezogene Fehlerrate kontrolliert, was oft zu konservativ ist.
Betreff: Standard-T-Test über viele Proben mit einer einzigen KontrolleBasierend auf der Art und Weise, wie Sie Ihre Daten eingerichtet haben, ist Dunnets mit Steuerung in Fit Y by X Ihre einzige Option. Warum sollten Sie Dunnets nicht mit Kontrolle verwenden wollen? Diese Option scheint für Ihre Daten am besten geeignet zu sein. Wie viele Vergleiche führen Sie durch, wenn Sie glauben, dass ein FDR erforderlich wäre?
Chris
Betreff: Standard-T-Test über viele Proben mit einer einzigen KontrolleDanke, aber das ist nicht ganz das, wonach ich suche. Ich bin am Screening interessiert, aber nicht über viele Antworten (wie die Genexpression), sondern über viele Proben mit jeweils nur einer Antwort. Dies ist ein typischer Anwendungsfall für Screening-Labors mit hohem Durchsatz, und ich bin etwas überrascht, dass die Funktionalität nicht offensichtlich ist. Aber ich bin auch ein ziemlich schlechter Beobachter, also vermisse ich es wahrscheinlich 
Betreff: Standard-T-Test über viele Proben mit einer einzigen KontrolleEs hört sich so an, als ob Sie nach der Response Screening-Plattform suchen. in v13 ist unter analysieren / screenen. Es meldet FDR auch für Sie. Sehr praktisch, wenn Sie mehrere tausend Antworten haben und Vergleiche zwischen zwei Ebenen eines Eingabefaktors durchführen möchten.
