Test t standard sur de nombreux échantillons avec un seul contrôleJe suis sûr que je manque quelque chose de basique, mais je n'arrive pas à trouver un moyen de réaliser un test t standard contre un seul contrôle alors qu'il y a beaucoup d'autres échantillons avec lesquels comparer. Toutes les comparaisons par paires sont possibles, mais cela entraîne trop de comparaisons qui ne sont pas intéressantes. La comparaison avec un contrôle utilisant le test de Dunnett est une autre possibilité, mais mon objectif ultime est d'effectuer des tests t standard, puis d'ajuster les valeurs de p via FDR. Des idées?
Re: test t standard sur de nombreux échantillons avec un seul contrôleMerci Chris pour votre réponse complète et réfléchie. Nous allons tester des milliers d'échantillons afin que toutes les comparaisons par paire deviennent assez importantes. Au lieu de cela, nous pouvons obtenir ce dont nous avons besoin de la table lsmeans, car elle contient les erreurs standard. J'ai écrit un petit script JSL pour utiliser les informations de la table lsmeans ainsi que les degrés de liberté d'erreur pour effectuer les tests t et appliquer le FDR. L'emballer comme un plugin semble bien fonctionner. Ce serait bien si les tests t bruts avec un seul comparateur (contrôle) étaient disponibles en tant que fonction standard à l'avenir.
Re: test t standard sur de nombreux échantillons avec un seul contrôleOui, il est vrai que Dunnet examine le taux d'erreur familial et le maintient en dessous de alpha lors des comparaisons. Mais Tukey, Bonferroni et d'autres aussi. Il est probablement plus conservateur que Benjamini-Hochberg FDR, mais moins conservateur que Bonferroni. Je pense que le nombre de comparaisons est également important. Je pense qu'avec un grand nombre de comparaisons, Benjamini-Hochberg FDR semble raisonnable et pas si agressif du point de vue du dépistage, mais pour un petit nombre de comparaisons, peut-être aussi un peu agressif.
En ce qui concerne l'utilisation du test t de Student pour l'option de comparaison des moyens, voici quelques astuces que vous pouvez utiliser pour obtenir ce que vous voulez.
Une astuce qui peut vous aider si vous souhaitez utiliser le test t de Student et ne regarder que les comparaisons de contrôle. Au bas du rapport, recherchez le rapport des différences ordonnées. Vous pouvez cliquer dessus avec le bouton droit de la souris et choisir Transformer en table de données. Là, vous pouvez trier par niveau et supprimer les lignes qui n'ont pas les comparaisons que vous souhaitez. Voici une autre astuce, si vous utilisez la propriété ordering de valeur d'une colonne, vous pouvez avoir le niveau de contrôle en haut de la liste. Cela vous aidera avec le rapport de différence ordonné afin que vous puissiez plus facilement accéder aux comparaisons avec le contrôle.
Pour ce nouveau tableau, vous pouvez ensuite créer de nouvelles colonnes avec la formule FDR afin de pouvoir corriger les valeurs p.
En fin de compte, il y aura ces comparaisons qui sont sur le bord de votre ligne de décision (seuil) et celles-ci devraient probablement être incluses de toute façon. C'est un dépistage, alors en avoir un peu plus ne fait pas de mal. Cette valeur de p et la ligne de coupure sont un bon guide pour préciser ce sur quoi se concentrer, mais ne devraient pas être utilisées de manière rigide à des fins de dépistage. Il doit également y avoir des considérations pratiques incluses dans le processus de prise de décision (combien de comparaisons peuvent être pratiquement suivies)
J'espère que cela t'aides.
Chris
Re: test t standard sur de nombreux échantillons avec un seul contrôleSuper, merci d'avoir confirmé que je ne manquais de rien. Le FDR est la méthode préférée dans les laboratoires de criblage à haut débit. Je crois comprendre que le test de Dunnett contrôle le taux d'erreur au niveau de la famille, qui est souvent trop conservateur.
Re: test t standard sur de nombreux échantillons avec un seul contrôleEn fonction de la façon dont vous avez configuré vos données, Dunnet avec contrôle dans Fit Y by X est votre seule option. Pourquoi ne voudriez-vous pas utiliser Dunnet avec contrôle? Cette option semble être l'option la plus appropriée pour vos données. Combien de comparaisons faites-vous là où vous pensez qu'un FDR serait nécessaire?
Chris
Re: test t standard sur de nombreux échantillons avec un seul contrôleMerci, mais ce n'est pas tout à fait ce que je recherche. Je m'intéresse au dépistage, mais pas à travers de nombreuses réponses (comme l'expression des gènes) mais à travers de nombreux échantillons avec une seule réponse chacun. Il s'agit d'un cas d'utilisation typique pour les laboratoires de criblage à haut débit et je suis quelque peu surpris de voir que la fonctionnalité n'est pas évidente. Mais je suis aussi un assez mauvais observateur donc je le manque probablement 
Re: test t standard sur de nombreux échantillons avec un seul contrôleIl semble que vous recherchiez la plate-forme de filtrage des réponses. dans v13 est sous Analyse / Screening. Il signale également le FDR pour vous. Vraiment pratique lorsque vous avez plusieurs milliers de réponses et que vous souhaitez faire des comparaisons entre deux niveaux d'un facteur d'entrée.
