Test di accordo per presenza/assenza per meseCIAO,
Ho raccolto dati sull'occorrenza mensile di un parassita e sull'occorrenza mensile di una lesione istologica nei tessuti in cui il parassita infetta.Il parassita è fortemente stagionale - la prevalenza e le intensità di picco si verificano a marzo e aprile.Le lesioni sono più diffuse durante tutto l'anno ma sembrano essere più comuni in quei mesi.Quindi per ciascuno (lesione o parassita), posso costruire una tabella di contingenza (2x12) per dimostrare i mesi in cui la prevalenza di lesioni e parassiti è più alta.Quello che vorrei fare è testare quanto strettamente i parassiti e le lesioni concordano.Esiste un test di concordanza per confrontare la lesione mensile e la prevalenza del parassita?
Posso ignorare il mese e costruire una tabella di contingenza di parassita e lesione.I risultati mostrano un Kappa di 0,0248 con un P = 0,5804. Inoltre, il test di Bowker per la simmetria (superiore alla tabella di contingenza 2x2) indica la simmetria del disaccordo chisq =22,6, P <0,001.Prenderei questi risultati che non esiste una forte misura di accordo tra la lesione e il parassita in generale.Tuttavia, questo non tiene conto del mese.
Re: Test di accordo per presenza/assenza per meseGrazie per l'aiuto!
Re: Test di accordo per presenza/assenza per meseNon credo che l'utilizzo del tipo di modellazione nominale causerebbe una singolarità nei test CMH, soprattutto perché hai solo due livelli per X e per Y.
Sì, l'ipotesi nulla non è un'associazione tra X e Y.
Sì, l'analisi di contingenza non stratificata è altamente significativa (LRT chi quadro > 65, valore p < 0,0001). (Si noti che il chi quadrato non può essere utilizzato per valutare la forza dell'associazione, solo il suo significato.)
Sì, il relativo test CMH (General Association of Categories) è altamente significativo (chi quadro > 40, valore p < 0,0001). La stratificazione aiuta a garantire che l'associazione sia costantemente presente attraverso gli strati, se è necessario rispondere a tale domanda. Il test CMH rilassa anche in qualche modo il requisito della dimensione del campione per la statistica del chi quadrato, che in questo caso non è un problema. (Non più del 20% delle celle con conteggio previsto inferiore a 5.)
Re: Test di accordo per presenza/assenza per mese
Ecco la tabella delle contingenze e i risultati del CMH.Ho impostato la lesione e la presenza/assenza del parassita come ordinali e ha funzionato.Ho stratificato per mese.Penso di aver impostato le mie colonne come nominali in precedenza.
Credo che l'ipotesi nulla sia che non ci sia associazione tra lesioni e parassiti.Quindi sembra che io abbia un'associazione molto significativa tra di loro.Quindi quello che mi chiedo è quali informazioni aggiuntive forniscono il CMH e la stratificazione rispetto a quelle del ChiSquare standard?
Grazie per l'aiuto!
Re: Test di accordo per presenza/assenza per meseMisure Kappa accordo tra valutatori o valutazioni. Per il test di McNemar / Bowker di simmetria , l'ipotesi nulla è che le probabilità nella tavola quadrata soddisfino simmetria o altro P ij = P ji per tutte le coppie di celle della tabella.
I test CMH riguardano associazione e la scelta tra le quattro alternative dipende dal tipo di modellazione delle variabili X e Y. Dalla Guida di JMP:
- Il test di Cochran-Mantel-Haenszel scopre se esiste una relazione tra due variabili categoriali dopo il blocco attraverso una terza classificazione.
- Correlazione dei punteggi: applicabile quando sia Y che X sono ordinali o intervalli. L'ipotesi alternativa è che esista un'associazione lineare tra Y e X in almeno un livello della variabile di blocco.
- Punteggio riga per categorie colonne: applicabile quando Y è ordinale o intervallo. L'ipotesi alternativa è che, per almeno un livello della variabile bloccante, i punteggi medi del R le righe sono disuguali.
- Categorie punteggio colonna per riga: applicabile quando X è ordinale o intervallo. L'ipotesi alternativa è che, per almeno un livello della variabile bloccante, i punteggi medi del C colonne sono disuguali.
- Generale Assoc. di categorie: verifica che per almeno un livello della variabile di blocco esista un qualche tipo di associazione tra X e Y.
La statistica del test viene essenzialmente calcolata per ogni strato e combinata nella statistica del test complessiva.
Re: Test di accordo per presenza/assenza per meseLa singolarità di solito significa che il modello alla base di questo test è sovradimensionato. Sarebbe come includere un termine quadratico nel predittore lineare quando la variabile X ha solo due livelli. Tali dati non supportano la stima del modello. Puoi pubblicare la piattaforma di emergenza con i tuoi dati prima e dopo aver applicato i test CMH?
Re: Test di accordo per presenza/assenza per meseSegno,
Ho un'altra domanda o 2.Ho anche eseguito statistiche di concordanza generale tra il parassita e la lesione, ignorando il mese.Il punteggio Kappa era alto (0,66) ed era significativo P<0,001. Anche il test di Bowker era significativo chisq 5.4, P=0.196. Il test di Bowker conferma la Kappa?Non sono sicuro di come prendere il risultato di Bowker in quanto sembra che stia testando il disaccordo piuttosto che l'accordo.Puoi spiegare?
Inoltre, dopo averci pensato un po', non so quanto sia importante includere il mese nell'analisi.Forse quelli di Kappa e Bowker sarebbero sufficienti.Tuttavia, vorrei capire se il test CMH fornisce ulteriori informazioni utili oltre a Kappa e Bowkers.
Grazie ancora!!
Re: Test di accordo per presenza/assenza per meseSegno,
Ho provato a eseguire il test CMH con parassita e lesione come X e Y stratificati per mese.I punteggi di correlazione sono vuoti nella casella dei risultati seguiti da un messaggio che la statistica non è stata calcolata perché la matrice di covarianza era singolare.Che cosa significa?
Grazie!
Re: Test di accordo per presenza/assenza per meseSei molto più avanti di me! Sì, il null non è un'associazione. Testare prima l'associazione complessiva (non stratificata) con la piattaforma Contingency, quindi selezionare CMH dal triangolo rosso per la stratificazione per mese.
Re: Test di accordo per presenza/assenza per meseOk, penso che ti riferisci anche al test di Cochran Mantel Haenzsel.Ho trovato un esempio e capisco come eseguirlo ora.Quindi ho scelto la presenza/assenza di lesione e parassita come X e Y e poi nella finestra pop-up ho scelto il mese come variabile di raggruppamento.L'impostazione predefinita è che l'ipotesi nulla non è una correlazione tra parassita e lesione?
Grazie!
Re: Test di accordo per presenza/assenza per meseCIAO,
Ho registrato la presenza o l'assenza di parassiti e lesioni per ciascun pesce. IL
la proporzione mensile di pesci con ciascuno varia da un'adolescenza bassa al 100%, quindi se I
capire bene, sono entrambi sulla stessa scala
Cosa sono i test CMH e come posso stratificare per mese.
Grazie!
Segno
Re: Test di accordo per presenza/assenza per meseL'accordo è per Y e X con la stessa scala. La tua descrizione menziona i conteggi (lesioni, parassiti) ma non le scale utilizzate per nessuno dei due.
L'associazione è più generale. Potresti stratificare la tua tabella di contingenza per mese. Uno dei test CMH dovrebbe coprire la tua ipotesi.
