Test de concordance présence/absence par moisSalut,
J'ai recueilli des données sur l'apparition mensuelle d'un parasite et l'apparition mensuelle d'une lésion histologique dans les tissus où le parasite infecte.Le parasite est fortement saisonnier - la prévalence et les intensités maximales se produisent en mars et avril.Les lésions sont plus étalées tout au long de l'année, mais semblent être plus fréquentes au cours de ces mois.Ainsi pour chaque (lésion ou parasite), je peux construire un tableau de contingence (2x12) pour démontrer les mois où la prévalence des lésions et des parasites est la plus élevée.Ce que je voudrais faire, c'est tester à quel point les parasites et les lésions concordent.Existe-t-il un test de concordance pour comparer la prévalence mensuelle des lésions et des parasites ?
Je peux ignorer le mois et construire un tableau de contingence du parasite et de la lésion.Les résultats montrent un Kappa de 0,0248 avec un P = 0,5804. De plus, le test de symétrie de Bowker (supérieur au tableau de contingence 2x2) indique une symétrie de désaccord chisq = 22,6, P <0,001.Je considérerais ces résultats qu'il n'y a pas de forte mesure d'accord entre la lésion et le parasite dans l'ensemble.Cependant, cela ne tient pas compte du mois.
Objet : Test de convention de présence/absence par moisMerci pour votre aide!
Objet : Test de convention de présence/absence par moisJe ne crois pas que l'utilisation du type de modélisation nominal entraînerait une singularité dans les tests CMH, d'autant plus que vous n'avez que deux niveaux pour X et pour Y.
Oui, l'hypothèse nulle est l'absence d'association entre X et Y.
Oui, l'analyse de contingence non stratifiée est hautement significative (LRT chi carré > 65, valeur p < 0,0001). (Notez que le chi carré ne peut pas être utilisé pour évaluer la force de l'association, seulement sa signification.)
Oui, le test CMH (General Association of Categories) pertinent est hautement significatif (chi carré > 40, p-value < 0,0001). La stratification permet de s'assurer que l'association est constamment présente dans toutes les strates, si cette question doit trouver une réponse. Le test CMH assouplit également quelque peu l'exigence de taille d'échantillon pour la statistique du chi carré, ce qui n'est pas un problème dans ce cas. (Pas plus de 20 % des cellules dont le nombre prévu est inférieur à 5.)
Objet : Test de convention de présence/absence par mois
Voici le tableau de contingence et les résultats du CMH.J'ai défini la présence/absence de lésion et de parasite comme ordinal et cela a fonctionné.J'ai stratifié par mois.Je pense que mes colonnes étaient définies comme nominales auparavant.
Je crois que l'hypothèse nulle est qu'il n'y a pas d'association entre les lésions et les parasites.Par conséquent, il semble que j'aie une association très significative entre eux.Donc, ce que je me demande, c'est quelles informations supplémentaires le CMH et la stratification fournissent-ils au-dessus de celles du ChiSquare standard?
Merci pour votre aide!
Objet : Test de convention de présence/absence par moisMesures Kappa accord entre les évaluateurs ou les évaluations. Pour le test de McNemar/Bowker de symétrie , l'hypothèse nulle est que les probabilités du tableau carré satisfont la symétrie ou que p ij = p ji pour toutes les paires de cellules du tableau.
Les tests CMH portent sur association et le choix parmi les quatre alternatives dépend du type de modélisation des variables X et Y. À partir de l'aide JMP :
- Le test de Cochran-Mantel-Haenszel découvre s'il existe une relation entre deux variables catégorielles après blocage sur une troisième classification.
- Corrélation des scores : applicable lorsque Y ou X sont des nombres ordinaux ou des intervalles. L'hypothèse alternative est qu'il existe une association linéaire entre Y et X dans au moins un niveau de la variable de blocage.
- Score de ligne par catégories de col : applicable lorsque Y est ordinal ou intervalle. L'hypothèse alternative est que, pour au moins un niveau de la variable bloquante, les scores moyens des r les rangées sont inégales.
- Score de col par catégories de ligne : applicable lorsque X est ordinal ou intervalle. L'hypothèse alternative est que, pour au moins un niveau de la variable bloquante, les scores moyens des c les colonnes sont inégales.
- Assoc. générale. of Categories : teste que pour au moins un niveau de la variable de blocage, il existe un certain type d'association entre X et Y.
La statistique de test est essentiellement calculée pour chaque strate et combinée dans la statistique de test globale.
Objet : Test de convention de présence/absence par moisLa singularité signifie généralement que le modèle derrière ce test est sur-spécifié. Cela reviendrait à inclure un terme quadratique dans le prédicteur linéaire lorsque la variable X n'a que deux niveaux. Ces données ne permettent pas d'estimer le modèle. Pouvez-vous publier la plateforme Contingency avec vos données avant et après l'application des tests CMH ?
Objet : Test de convention de présence/absence par moisMarquer,
J'ai une autre question ou 2.J'ai également exécuté des statistiques d'accord général entre le parasite et la lésion, en ignorant le mois.Le score Kappa était élevé (0,66) et significatif p<0,001. Le test de Bowker était également significatif chisq 5,4, P = 0,196. Le test de Bowker confirme-t-il le Kappa ?Je ne sais pas comment prendre le résultat de Bowker car il semble qu'il teste un désaccord plutôt qu'un accord.Peux-tu expliquer?
De plus, après y avoir un peu réfléchi, je ne sais pas si c'est important que j'inclue le mois dans l'analyse.Peut-être que Kappa et Bowker suffiraient.Cependant, j'aimerais comprendre si le test CMH fournit des informations utiles supplémentaires au-delà de Kappa et Bowkers.
Merci encore!!
Objet : Test de convention de présence/absence par moisMarquer,
J'ai essayé d'exécuter le test CMH avec parasite et lésion en X et Y stratifiés par mois.Les scores de corrélation sont vides dans la zone de résultats, suivis d'un message indiquant que la statistique n'a pas été calculée car la matrice de covariance était singulière.Qu'est-ce que cela signifie?
Merci!
Objet : Test de convention de présence/absence par moisVous êtes bien en avance sur moi ! Oui, le nul n'est pas une association. Vous testez d'abord l'association globale (non stratifiée) avec la plate-forme Contingence, puis sélectionnez CMH dans le triangle rouge pour une stratification par mois.
Objet : Test de convention de présence/absence par moisOk, je pense que c'est aussi le test de Cochran Mantel Haenzsel que vous faites référence.J'ai trouvé un exemple et je comprends comment l'exécuter maintenant.J'ai donc choisi la présence/absence de lésion et de parasite comme X et Y, puis dans la fenêtre contextuelle, j'ai choisi le mois comme variable de regroupement.Est-ce par défaut que l'hypothèse nulle est l'absence de corrélation entre le parasite et la lésion ?
Merci!
Objet : Test de convention de présence/absence par moisSalut,
J'ai enregistré la présence ou l'absence de parasites et de lésions pour chaque poisson. Le
proportion mensuelle de poissons avec chacun allant de faibles adolescents à 100 %, donc si je
comprenez bien, ils sont tous les deux sur la même échelle
Que sont les tests CMH et comment stratifier par mois.
Merci!
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Objet : Test de convention de présence/absence par moisL'accord est pour Y et X avec la même échelle. Votre description mentionne les nombres (lésions, parasites) mais pas les échelles utilisées pour l'un ou l'autre.
L'association est plus générale. Vous pouvez stratifier votre tableau de contingence par mois. L'un des tests CMH devrait couvrir votre hypothèse.
