Creación de un diagrama de Venn basado en la frecuencia de las proteínas.Hola a todos,
Me he encontrado con un dilema y estoy seguro de que hay una solución sencilla. He secuenciado varios cientos de proteínas para tres muestras (en realidad, son más, pero comencemos con calma): A4-1, A4-5 y A4-8. Quiero crear un diagrama de Venn para representar las proteínas que fueron expresadas de manera única por ciertos muestras versus aquellas que fueron compartidas. Básicamente, ahora he agrupado todos los nombres de las proteínas en una columna. El problema es que si intento transponer donde están los nombres de las proteínas en las columnas, fusiona aquellas con el mismo nombre, que NO es lo que quiero. Sin embargo, si le doy a cada columna una etiqueta única, necesito revisarlas y fusionarlas manualmente, lo que podría llevar mucho tiempo. Me gustaría obtener un resultado como en la imagen adjunta, donde los 0 y los 1 representan la ausencia y la presencia, respectivamente, de la proteína que figura en la columna.
Creo firmemente que hay una manera de hacer esto en menos de un minuto utilizando una función de JMP Pro versión. 14 que nunca he usado. Intenté "Texto en columnas" y creo que esta podría ser una vía, ¡pero agradezco todas y cada una de las ideas! Gracias, anderson
Re: Crear un diagrama de Venn basado en la frecuencia de proteínas¡Excelente! Eso es bastante fácil. Al final, mi diagrama de Venn era demasiado complicado para trazarlo (asumiendo áreas proporcionales con 16 muestras), ¡pero la tabla con los datos de presencia/ausencia es lo importante que buscaba en mi publicación original! Gracias por su ayuda y espero que esto sea beneficioso para otros que convierten largas listas de genes, proteínas o lo que sea, en datos numéricos.Re: Crear un diagrama de Venn basado en la frecuencia de proteínas@abmayfield ,
Sin embargo, cuando escribí la otra publicación, utilicé una función de columna (ver más abajo).
Puedes hacer esto con Combinar columnas.Resalte las columnas que representan valores de muestra. Entonces desde el Menú principal , seleccionar columnas , desplácese hacia abajo y seleccione Utilidades> Combinar columnas y aparecerá el siguiente cuadro de diálogo, elimine el delimitador de coma predeterminado, desmarque Respuesta múltiple y nombre la columna Patrón, Aceptar y JMP creará la columna a la izquierda de la primera columna Muestra.
Re: Crear un diagrama de Venn basado en la frecuencia de proteínas¡Brillante! Eso es exactamente lo que quería hacer (a pesar de no poder elaborarlo adecuadamente). También me olvido de la función de tabular. Lo único que no sé hacer es crear la columna "patrón", que me será muy útil para hacer el diagrama de Venn. ¿Acaba de concatenar las columnas anteriores o hay una característica de "patrón" específica en algún lugar del paquete JMP? ¡Muchas gracias por su ayuda!
Re: Crear un diagrama de Venn basado en la frecuencia de proteínas@abmayfield ,
No entiendo sus datos, especialmente cómo se deben tener en cuenta el tiempo y el tratamiento en el análisis. Creo que Tablas> Resumen usando un grupo y un subgrupo creará la tabla de 0 y 1 que estás buscando.Mi interpretación de lo que podría estar buscando es utilizar :Protein y :Sample como grupo y subgrupo, respectivamente, o viceversa.
A continuación se muestra una captura de pantalla del uso de Resumen con :Protein como grupo y :Igual que subgrupo. El JSL sigue la imagen.
Tenga en cuenta que las filas donde N filas es mayor que 1 representan proteínas encontradas en más de 1 muestra. y las filas donde N filas son iguales a 1 son una proteína exclusiva de esa muestra. La columna Patrón es una contaminación de los caracteres 0 y 1 y es una representación numérica de "áreas" de un diagrama de Venn. Ejecutar otro resumen de tabla por patrón revelaría cuántas se comparten.
Data Table( "Ofav protein profiling stacked" ) <<
Summary(
Group( :protein ),
N,
Subgroup( :sample ),
Freq( "None" ),
Weight( "None" )
)
Resumen por patrón
Además, Tabulate podría ser útil para proporcionar listas de proteínas comunes para cada patrón, no solo N.Este es el resultado de Tabular, con Patrón y proteína como categorías de agrupación; a continuación solo se captura una pequeña muestra. Puede que esto no sea exactamente lo que necesita, pero es de esperar que le proporcione algunas pistas para sus próximos pasos.
