단백질 빈도를 기반으로 벤 다이어그램 만들기모두들 안녕,
저는 난관에 봉착했는데, 간단한 해결책이 있다고 확신합니다. 저는 세 가지 샘플에 대해 수백 개의 단백질의 서열을 분석했습니다(실제로는 더 많지만 쉽게 시작하겠습니다): A4-1, A4-5 및 A4-8 특정 샘플에 의해 고유하게 표현된 단백질을 묘사하기 위해 벤 다이어그램을 만들고 싶습니다. 샘플과 공유된 샘플. 이제 본질적으로 모든 단백질 이름을 하나의 열에 쌓았습니다. 문제는 열의 단백질 이름이 있는 위치로 전치하려고 하면 동일한 이름을 가진 단백질 이름이 병합된다는 것인데, 이는 내가 원하는 것이 아닙니다. 하지만 각 열에 고유한 레이블을 지정하는 경우에는 이를 수동으로 병합해야 하므로 시간이 오래 걸릴 수 있습니다. 첨부된 이미지와 같이 출력을 원합니다. 0과 1은 각각 열에 나열된 단백질의 부재와 존재를 나타냅니다.
JMP Pro 버전의 기능을 사용하면 1분 안에 이 작업을 수행할 수 있는 방법이 있을 것 같다는 느낌이 들었습니다. 14번은 한번도 사용해본 적이 없습니다. "텍스트를 열로"를 시도했는데 이것이 하나의 방법이 될 수 있다고 생각하지만 어떤 생각이라도 환영합니다! 고마워요, 앤더슨
Re: 단백질 빈도를 기반으로 벤 다이어그램 만들기엄청난! 그것은 충분히 쉽습니다. 결국 내 Venn 다이어그램은 플롯하기에는 너무 복잡했지만(16개 샘플의 비례 영역을 가정), 존재/부재 데이터가 있는 테이블은 내가 원래 게시물에서 추구했던 중요한 것입니다! 귀하의 도움에 감사드리며, 이것이 긴 목록의 유전자, 단백질 또는 귀하가 갖고 있는 것을 숫자 데이터로 변환하는 다른 사람들에게 도움이 되기를 바랍니다.Re: 단백질 빈도를 기반으로 벤 다이어그램 만들기@abmayfield ,
다른 글을 작성할 때 컬럼 함수(아래 참조)를 사용했는데....
열 결합을 사용하면 이 작업을 수행할 수 있습니다.샘플 값을 나타내는 열을 강조 표시합니다. 그런 다음 메인 메뉴 , 선택하다 콜스 , 아래로 스크롤하여 선택 유틸리티> 열 결합 아래 대화 상자가 나타나면 기본 쉼표 구분 기호를 제거하고 선택을 취소하십시오. 다중 응답 열 이름을 Pattern으로 지정하고 OK를 입력하면 JMP가 첫 번째 Sample 열 왼쪽에 열을 생성합니다.
Re: 단백질 빈도를 기반으로 벤 다이어그램 만들기멋진! 그것이 바로 제가 하고 싶었던 일이었습니다(제대로 자세히 설명할 수는 없었지만). 또한 표 작성 기능도 잊어버렸습니다. 내가 어떻게 해야 할지 모르는 유일한 일은 "패턴" 열을 만드는 것인데, 이는 벤 다이어그램을 만드는 데 매우 유용할 것입니다. 이전 열을 연결했습니까? 아니면 JMP 패키지 어딘가에 특정 "패턴" 기능이 있습니까? 도와주셔서 정말 감사합니다!
Re: 단백질 빈도를 기반으로 벤 다이어그램 만들기@abmayfield ,
귀하의 데이터, 특히 분석에 시간과 치료가 어떻게 고려되어야 하는지 이해가 되지 않습니다. 테이블> 요약 그룹과 하위 그룹을 사용하면 찾고 있는 0과 1의 테이블이 생성될 것이라고 생각합니다.당신이 찾고 있는 것에 대한 나의 해석은 :Protein과 :Sample을 각각 그룹과 하위 그룹으로 사용하거나 그 반대로 사용하는 것입니다.
다음은 :Protein을 그룹으로, :Same을 Subgroup으로 사용하여 요약을 사용하는 스크린샷입니다. JSL은 그림을 따릅니다.
N 행이 1보다 큰 행은 1개 이상의 샘플에서 발견된 단백질을 나타냅니다. N 행이 1인 행은 해당 샘플에 고유한 단백질입니다. 패턴 열은 문자 0과 1의 연속이며 벤 다이어그램의 "영역"을 숫자로 표현한 것입니다. 패턴별로 다른 테이블 요약을 실행하면 공유되는 개수가 표시됩니다.
Data Table( "Ofav protein profiling stacked" ) <<
Summary(
Group( :protein ),
N,
Subgroup( :sample ),
Freq( "None" ),
Weight( "None" )
)
패턴별 요약
또한 Tabulate는 N뿐만 아니라 각 패턴에 대한 일반적인 단백질 목록을 제공하는 데 유용할 수 있습니다.이는 패턴과 단백질을 그룹화 범주로 사용하는 Tabulate의 결과이며 아래에는 작은 샘플만 캡처되어 있습니다. 이는 정확히 필요한 것이 아닐 수도 있지만 다음 단계에 대한 몇 가지 단서를 제공할 수 있기를 바랍니다.
