タンパク質の頻度に基づいたベン図の作成こんにちは皆さん、
私は困難に直面しましたが、簡単な解決策があると確信しています。 A4-1、A4-5、および A4-8 の 3 つのサンプルについて数百のタンパク質の配列を決定しました (実際にはもっと多くなりますが、簡単に始めましょう)。 特定のサンプルによって独自に発現されたタンパク質を表すベン図を作成したいと考えています。サンプルと共有されたサンプルの比較。 これで、基本的にすべてのタンパク質名が 1 つの列に積み上げられました。 問題は、列内のタンパク質名を転置しようとすると、同じ名前のタンパク質がマージされてしまうことであり、これは私が望んでいることではありません。 ただし、各列に一意のラベルを付ける場合は、それらを手動で調べてマージする必要があり、これには長い時間がかかる可能性があります。 添付の画像のような出力が欲しいのですが、0 と 1 はそれぞれ、列にリストされているタンパク質の不在と存在を表します。
JMP Pro ver.1の機能を使えば、これを1分以内にできる方法があるのではないかと強く感じています。 14は使ったことないです。 私は「Text to columns」を試してみました。これは 1 つの方法かもしれないと考えていますが、あらゆるご意見を歓迎します。 ありがとう、アンダーソン
Re: タンパク質の頻度に基づいたベン図の作成素晴らしい！ それは十分に簡単です。 最終的に、私のベン図はプロットするには複雑すぎました (16 サンプルの比例領域を想定) が、存在/不在データを含むテーブルは、私が最初の投稿で求めていた重要なものです。 ご協力に感謝します。これが、遺伝子、タンパク質などの長いリストを数値データに変換する他の人にとって有益であることを願っています。Re: タンパク質の頻度に基づいたベン図の作成@abmayfield 、
前回の記事を書いたときは、column関数(下記参照)を使いましたが…。
これは、列の結合を使用して行うことができます。サンプル値を表す列を強調表示します。 それから、メインメニュー、 選択するコル、下にスクロールして選択します「ユーティリティ」>「列を結合」以下のダイアログが表示されるので、デフォルトのカンマ区切り文字を削除し、チェックを外します複数の回答列に Pattern という名前を付け、OK を選択すると、JMP によって最初の Sample 列の左側に列が作成されます。
Re: タンパク質の頻度に基づいたベン図の作成素晴らしい！ それはまさに私がやりたかったことです（詳しく説明できませんでしたが）。 集計機能も忘れてしまいました。 唯一方法がわからないのは、ベン図を作成するときに非常に役立つ「パターン」列を作成することです。 前の列を連結しただけですか、それとも JMP パッケージのどこかに特定の「パターン」機能がありますか? ご協力ありがとうございました!
Re: タンパク質の頻度に基づいたベン図の作成@abmayfield 、
データ、特に時間と治療を分析にどのように考慮すべきかがわかりません。 [テーブル] > [グループとサブグループを使用した概要] を選択すると、探している 0 と 1 のテーブルが作成されると思います。あなたが探しているものについての私の解釈は、:Protein と :Sample をそれぞれグループとサブグループとして使用するか、その逆を使用することです。
以下は、「:Protein as Group」および「:Same as Subgroup」を使用して Summary を使用したスクリーンショットです。 JSLは写真に続きます。
N Rows が 1 より大きい行は、複数のサンプルで見つかったタンパク質を表すことに注意してください。 N 行が 1 に等しい行は、そのサンプルに固有のタンパク質です。 列パターンは、文字 0 と 1 を組み合わせたもので、ベン図の「面積」を数値で表したものです。 パターンごとに別のテーブルの概要を実行すると、共有されている数が明らかになります。
Data Table( "Ofav protein profiling stacked" ) <<
Summary(
Group( :protein ),
N,
Subgroup( :sample ),
Freq( "None" ),
Weight( "None" )
)
パターン別まとめ
また、Tabulate は、N だけでなく、各パターンの一般的なタンパク質のリストを提供するのに役立つ可能性があります。これは、パターンとタンパク質をカテゴリとしてグループ化した表形式の結果です。以下にキャプチャされているサンプルはほんの一部です。 これは必ずしも必要なものではないかもしれませんが、次のステップへの手がかりとなることを願っています。
