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Creazione di un diagramma di Venn basato sulla frequenza delle proteine

Ciao a tutti,

Mi sono imbattuto in un dilemma e sono fiducioso che esista una soluzione semplice. Ho sequenziato diverse centinaia di proteine per tre campioni (in realtà sono di più, ma iniziamo con semplicità): A4-1, A4-5 e A4-8. Voglio creare un diagramma di Venn per rappresentare le proteine che sono state espresse in modo univoco da alcuni campioni rispetto a quelli condivisi. Ora ho sostanzialmente raggruppato tutti i nomi delle proteine in un'unica colonna. Il problema è che, se provo a trasporre dove si trovano i nomi delle proteine nelle colonne, poi unisce quelle con lo stesso nome, che NON è quello che voglio. Se assegno a ciascuna colonna un'etichetta univoca, però, devo esaminarle e unirle manualmente, il che potrebbe richiedere molto tempo. Vorrei un output come nell'immagine allegata, con 0 e 1 che rappresentano rispettivamente l'assenza e la presenza della proteina elencata nella colonna.Sono fermamente convinto che esista un modo per farlo in meno di un minuto utilizzando una funzionalità di JMP Pro ver. 14 che non ho mai usato. Ho provato "Testo in colonne" e penso che questa potrebbe essere una strada, ma accolgo con favore qualsiasi pensiero! Grazie, Anderson

Re: Creazione di un diagramma di Venn basato sulla frequenza delle proteineGrande! E' abbastanza facile. Alla fine, il mio diagramma di Venn era troppo complicato per essere tracciato (assumendo aree proporzionali con 16 campioni), ma la tabella con i dati di presenza/assenza è la cosa importante che cercavo nel mio post originale! Grazie per il tuo aiuto e spero che questo possa essere utile ad altri convertendo lunghi elenchi di geni, proteine o quant'altro in dati numerici.Re: Creazione di un diagramma di Venn basato sulla frequenza delle proteine

@abmayfield ,

 

Quando ho scritto l'altro post, ho utilizzato una funzione di colonna (vedi sotto), tuttavia....

 

Puoi farlo con Combina colonne.Evidenziare le colonne che rappresentano i valori di esempio. Poi dal Menu principale , Selezionare Col , scorrere verso il basso e selezionare Utilità> Combina colonne e verrà visualizzata la finestra di dialogo seguente, rimuovi il delimitatore virgola predefinito, deseleziona Risposta multipla e denominare la colonna Modello, OK e JMP creerà la colonna a sinistra della prima colonna Campione.

 

Re: Creazione di un diagramma di Venn basato sulla frequenza delle proteine

Brillante! Questo è esattamente quello che volevo fare (nonostante non fossi in grado di elaborarlo adeguatamente). Mi dimentico anche della funzione tabulare. L'unica cosa che non so fare è creare la colonna "pattern", che sarà molto utile per realizzare il diagramma di Venn. Hai semplicemente concatenato le colonne precedenti o esiste una funzione "modello" specifica da qualche parte nel pacchetto JMP? Grazie mille per il vostro aiuto!

Re: Creazione di un diagramma di Venn basato sulla frequenza delle proteine

@abmayfield ,

 

Non capisco i tuoi dati, soprattutto come il tempo e il trattamento dovrebbero essere presi in considerazione nell'analisi. Penso che Tabelle> Riepilogo utilizzando un gruppo e un sottogruppo creerà la tabella di 0 e 1 che stai cercando.La mia interpretazione di ciò che potresti cercare è utilizzare :Protein e :Sample rispettivamente come Gruppo e Sottogruppo o viceversa.

Di seguito è riportato uno screenshot dell'utilizzo di Riepilogo con :Protein as Group e :Same as Subgroup. La JSL segue l'immagine.

Si noti che le righe in cui N righe sono maggiori di 1 rappresentano le proteine trovate in più di 1 campione. e le righe in cui N righe sono uguali a 1 sono una proteina unica per quel campione. La colonna Pattern è una concatenazione dei caratteri 0 e 1 ed è una rappresentazione numerica delle "aree" di un diagramma di Venn. L'esecuzione di un altro riepilogo della tabella in base a Pattern rivelerebbe quanti sono condivisi.

 

Data Table( "Ofav protein profiling stacked" ) <<
Summary(
 Group( :protein ),
 N,
 Subgroup( :sample ),
 Freq( "None" ),
 Weight( "None" )
)

Riepilogo per modello

Inoltre, Tabulare potrebbe essere utile per fornire gli elenchi delle proteine comuni per ciascun modello, non solo per N.Questo è il risultato di Tabulare, con Pattern e proteine come categorie di raggruppamento, di seguito viene catturato solo un piccolo campione. Questo potrebbe non essere esattamente ciò di cui hai bisogno, ma si spera che fornisca alcuni spunti per i passaggi successivi.