Erstellen eines Venn-Diagramms basierend auf der ProteinhäufigkeitHallo alle,
Ich bin in ein Dilemma geraten und bin zuversichtlich, dass es eine einfache Lösung gibt. Ich habe mehrere hundert Proteine für drei Proben sequenziert (eigentlich sind es mehr, aber fangen wir einfach an): A4-1, A4-5 und A4-8. Ich möchte ein Venn-Diagramm erstellen, um die Proteine darzustellen, die von bestimmten eindeutig exprimiert wurden Proben im Vergleich zu denen, die geteilt wurden. Ich habe jetzt im Wesentlichen alle Proteinnamen in einer Spalte gestapelt. Das Problem besteht darin, dass, wenn ich versuche, die Proteinnamen dorthin zu transponieren, wo sie sich in den Spalten befinden, die Proteinnamen mit demselben Namen zusammengeführt werden, was NICHT das ist, was ich möchte. Wenn ich jedoch jeder Spalte eine eindeutige Bezeichnung gebe, muss ich sie manuell durchgehen und zusammenführen, was lange dauern kann. Ich hätte gerne eine Ausgabe wie im beigefügten Bild, wobei Nullen und Einsen die Abwesenheit bzw. Anwesenheit des in der Spalte aufgeführten Proteins darstellen.
Ich bin der festen Überzeugung, dass dies mithilfe einer Funktion von JMP Pro Version in weniger als einer Minute erledigt werden kann. 14, die ich noch nie benutzt habe. Ich habe „Text in Spalten“ ausprobiert und denke, dass dies eine Möglichkeit sein könnte, aber ich freue mich über alle Ideen! Danke, Anderson
Betreff: Erstellen eines Venn-Diagramms basierend auf der ProteinhäufigkeitGroßartig! Das ist ganz einfach. Am Ende war mein Venn-Diagramm viel zu kompliziert, um es darzustellen (unter der Annahme proportionaler Flächen mit 16 Stichproben), aber die Tabelle mit den Anwesenheits-/Abwesenheitsdaten ist das Wichtigste, was ich in meinem ursprünglichen Beitrag gesucht habe! Vielen Dank für Ihre Hilfe und hoffentlich wird dies für andere von Nutzen sein, die lange Listen von Genen, Proteinen oder was auch immer in numerische Daten umwandeln.Betreff: Erstellen eines Venn-Diagramms basierend auf der Proteinhäufigkeit@abmayfield ,
Beim Schreiben des anderen Beitrags habe ich jedoch eine Spaltenfunktion verwendet (siehe unten)....
Sie können dies mit „Spalten kombinieren“ tun.Markieren Sie die Spalten, die Beispielwerte darstellen. Dann von der Hauptmenü , wählen Spalten , scrollen Sie nach unten und wählen Sie aus Dienstprogramme > Spalten kombinieren und das folgende Dialogfeld wird angezeigt. Entfernen Sie das standardmäßige Komma-Trennzeichen und deaktivieren Sie es Mehrfache Antwort und benennen Sie die Spalte „Muster“, OK und JMP erstellt die Spalte links von der ersten Beispielspalte.
Betreff: Erstellen eines Venn-Diagramms basierend auf der ProteinhäufigkeitBrillant! Das ist genau das, was ich tun wollte (obwohl ich es nicht richtig ausführen konnte). Ich vergesse auch die Tabellierungsfunktion. Das Einzige, was ich nicht tun kann, ist die Spalte „Muster“ zu erstellen, die für die Erstellung des Venn-Diagramms sehr nützlich sein wird. Haben Sie einfach die vorherigen Spalten verkettet oder gibt es irgendwo im JMP-Paket eine bestimmte „Muster“-Funktion? Vielen Dank für deine Hilfe!
Betreff: Erstellen eines Venn-Diagramms basierend auf der Proteinhäufigkeit@abmayfield ,
Ich verstehe Ihre Daten nicht, insbesondere nicht, wie Zeit und Behandlung in die Analyse einbezogen werden sollten. Ich denke, dass „Tabellen > Zusammenfassung“ mithilfe einer Gruppe und einer Untergruppe die Tabelle mit 0 und 1 erstellen wird, nach der Sie suchen.Meine Interpretation dessen, wonach Sie suchen könnten, ist die Verwendung von :Protein und :Sample entweder als Gruppe bzw. Untergruppe oder umgekehrt.
Unten sehen Sie einen Screenshot der Verwendung von Zusammenfassung mit :Protein als Gruppe und :Same als Untergruppe. Die JSL folgt dem Bild.
Beachten Sie, dass Zeilen, in denen N Rows größer als 1 ist, Proteine darstellen, die in mehr als einer Probe gefunden wurden. und Zeilen, bei denen N Zeilen gleich 1 ist, ist ein Proteinn, das für diese Probe einzigartig ist. Die Spalte Muster ist eine Aneinanderreihung der Zeichen 0 und 1 und eine numerische Darstellung von „Bereichen“ eines Venn-Diagramms. Das Ausführen einer weiteren Tabellenzusammenfassung nach Pattern würde zeigen, wie viele gemeinsam genutzt werden.
Data Table( "Ofav protein profiling stacked" ) <<
Summary(
Group( :protein ),
N,
Subgroup( :sample ),
Freq( "None" ),
Weight( "None" )
)
Zusammenfassung nach Muster
Außerdem könnte Tabulate nützlich sein, um die Listen gemeinsamer Proteine für jedes Muster bereitzustellen, nicht nur für N.Dies ist das Ergebnis von Tabulate mit Muster und Protein als Gruppierungskategorien. Nachfolgend wird nur eine kleine Stichprobe erfasst. Dies ist möglicherweise nicht genau das, was Sie brauchen, liefert aber hoffentlich einige Hinweise für Ihre nächsten Schritte.
