Création d'un diagramme de Venn basé sur la fréquence des protéinesBonjour à tous,
Je me suis heurté à un dilemme et je suis convaincu qu’il existe une solution simple. J'ai séquencé plusieurs centaines de protéines pour trois échantillons (en fait, c'est plus, mais commençons facilement) : A4-1, A4-5 et A4-8. Je souhaite créer un diagramme de Venn pour décrire les protéines exprimées de manière unique par certains échantillons par rapport à ceux qui ont été partagés. J'ai maintenant essentiellement empilé tous les noms de protéines dans une seule colonne. Le problème est que si j'essaie de transposer là où se trouvent les noms des protéines dans les colonnes, cela fusionne ensuite celles portant le même nom, ce qui n'est PAS ce que je veux. Cependant, si je donne à chaque colonne une étiquette unique, je dois les parcourir et les fusionner manuellement, ce qui peut prendre beaucoup de temps. Je voudrais un résultat comme dans l'image ci-jointe, avec des 0 et des 1 représentant respectivement l'absence et la présence de la protéine répertoriée dans la colonne.
Je suis convaincu qu'il existe un moyen de le faire en moins d'une minute en utilisant une fonctionnalité de JMP Pro ver. 14 que je n’ai jamais utilisé. J'ai essayé « Texte en colonnes » et je pense que cela pourrait être une piste, mais j'accepte toutes les pensées ! Merci Anderson
Re : Création d'un diagramme de Venn basé sur la fréquence des protéinesSuper! C'est assez simple. Au final, mon diagramme de Venn était bien trop compliqué pour être tracé (en supposant des aires proportionnelles avec 16 échantillons), mais le tableau avec les données de présence/absence est la chose importante que je recherchais dans mon message d'origine ! Merci pour votre aide et j'espère que cela sera bénéfique à d'autres qui convertissent de longues listes de gènes, de protéines ou autre, en données numériques.Re : Création d'un diagramme de Venn basé sur la fréquence des protéines@abmayfield ,
Lorsque j'ai écrit l'autre article, j'ai utilisé une fonction de colonne (voir ci-dessous), cependant....
Vous pouvez le faire avec Combiner les colonnes.Mettez en surbrillance les colonnes représentant les valeurs d'échantillon. Puis à partir du Menu principal , sélectionner Cols , faites défiler vers le bas et sélectionnez Utilitaires> Combiner des colonnes et la boîte de dialogue ci-dessous apparaîtra, supprimez le délimiteur virgule par défaut, décochez Réponse multiple et nommez la colonne Pattern, OK et JMP créera la colonne à gauche de la première colonne Sample.
Re : Création d'un diagramme de Venn basé sur la fréquence des protéinesBrillant! C'est exactement ce que je voulais faire (même si je n'ai pas pu l'élaborer correctement). J'oublie aussi la fonction tabulation. La seule chose que je ne sais pas faire, c'est créer la colonne "motif", qui sera très utile pour réaliser le diagramme de Venn. Avez-vous simplement concaténé les colonnes précédentes ou existe-t-il une fonctionnalité de « modèle » spécifique quelque part dans le package JMP ? Merci beaucoup pour votre aide!
Re : Création d'un diagramme de Venn basé sur la fréquence des protéines@abmayfield ,
Je ne comprends pas vos données, notamment la manière dont le temps et le traitement doivent être pris en compte dans l'analyse. Je pense que Tableaux> Résumé utilisant un groupe et un sous-groupe créera le tableau de 0 et 1 que vous recherchez.Mon interprétation de ce que vous pourriez rechercher est d'utiliser :Protein et :Sample comme groupe et sous-groupe, respectivement, ou vice versa.
Vous trouverez ci-dessous une capture d'écran de l'utilisation du résumé avec : Protéine comme groupe et : Identique comme sous-groupe. Le JSL suit l’image.
Notez que les lignes où N lignes est supérieur à 1 représentent les protéines trouvées dans plus d’un échantillon. et les lignes où N lignes sont égales à 1 sont une protéine unique à cet échantillon. La colonne Pattern est une conténation des caractères 0 et 1 et est une représentation numérique des « zones » d'un diagramme de Venn. L’exécution d’un autre résumé de tableau par Pattern révélerait combien sont partagés.
Data Table( "Ofav protein profiling stacked" ) <<
Summary(
Group( :protein ),
N,
Subgroup( :sample ),
Freq( "None" ),
Weight( "None" )
)
Résumé par modèle
En outre, Tabulate pourrait être utile pour fournir les listes de protéines communes à chaque modèle, pas seulement N.C'est le résultat de Tabulate, avec Pattern et Protein comme catégories de regroupement, seul un petit échantillon est capturé ci-dessous. Ce n’est peut-être pas exactement ce dont vous avez besoin, mais nous espérons que cela vous fournira des pistes pour vos prochaines étapes.
