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預測Bionano基因組光學圖裝配的計算時間（2019-US-EPO-175）

級別：初學者

Bionano Genomics系統工程總監Pat Lynch

Bionano GenomicsSaphyr®系統結合了NanoChannel陣列和光學繪圖功能，可對已線性化的超長，高分子量DNA進行成像。這允許檢測基因組中長度從500個鹼基對到兆鹼基的結構變異，這超出了任何其他技術的檢測範圍。作為完整工作流程的一部分，由Saphyr儀器成像的分子通過Bionano Solve管道以計算方式組裝成基因組圖。此過程需要大量計算。為了更好地預測完成基因組組裝所需的時間，我們使用JMP提出了一個模型，該模型可以預測將花費多長時間。輸入參數最初包括所有可用的數據質量指標，然後減少為顯示出具有統計影響的較小數量的變量。初始數據集用於建立模型。然後將模型用於後續數據集，以預測基因組組裝所需的資源。該海報介紹了用於確定預測模型的方法，然後評估了模型的有效性。