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预测Bionano基因组光学图装配的计算时间（2019-US-EPO-175）

级别：初学者

Bionano Genomics系统工程总监Pat Lynch

Bionano GenomicsSaphyr®系统结合了纳米通道阵列和光学映射功能，可以对已线性化的超长，高分子量DNA进行成像。这允许检测基因组中长度从500个碱基对到兆碱基的结构变异，这超出了任何其他技术的检测范围。作为完整工作流程的一部分，由Saphyr仪器成像的分子通过Bionano Solve管道以计算方式组装为基因组图。此过程需要大量计算。为了更好地预测完成基因组组装所需的时间，我们使用JMP提出了一个模型，该模型可以预测将花费多长时间。输入参数最初包括所有可用的数据质量指标，然后被减少为数量较少的变量，这些变量被证明具有统计意义。初始数据集用于建立模型。然后将该模型用于后续数据集，以预测基因组组装所需的资源。该海报介绍了用于确定预测模型的方法，然后评估了模型的有效性。