Niveau: intermédiaire
Thomas Walk, grand pipeline de sélection de plantes DB Manger, université de l'État du Dakota du Nord
Ana Heilman Morales, Grand pipeline de sélection de plantes DB Manger, Université d'État du Dakota du Nord
Richard Horsley, chef de département, professeur, North Dakota State University
JMP fournit une multitude d'outils utiles, non seulement pour l'analyse autonome, mais également pour l'intégration dans les systèmes de gestion et d'analyse de données existants. Au fil des ans, des outils spécialisés de gestion et d'analyse de données ont été développés pour les sélectionneurs de cultures gérant de nombreuses expériences impliquant des milliers de lignées de sélection expérimentales cultivées à plusieurs endroits au cours de nombreuses années. Nous présentons ici un ensemble de compléments JMP développés pour interroger une base de données MS SQL Server de sélection de plantes, puis pour analyser les données brutes dans des modèles mixtes construits dans JMP ou ASReml, un progiciel spécialisé dans la recherche en sélection. Dans ces compléments, chaque requête de base de données est effectuée via une nouvelle requête SQL, avec des boîtes d'interface utilisateur permettant de sélectionner les paramètres de recherche pertinents. Les résultats peuvent être exécutés via une analyse de modèle mixte directement dans JMP ou soumise à une analyse plus spécialisée dans ASReml. dans ce cas, il est lancé à partir de JMP via RunProgram. Tout au long du processus, les tables sont scindées ou gérées de manière à accélérer l'analyse et à préparer les mises à jour de la base de données. La sortie d'ASReml est lue dans les tables JMP via Parse XML. Les composants complémentaires sont séparés en fonctions JSL pour une fonctionnalité modulaire dans une conception orientée objet. Globalement, en raison de la diversité des méthodes disponibles, de la possibilité de normaliser les tâches dans JSL et ses compléments, et de la facilité de création d'interfaces utilisateur, JMP est devenu un élément central de la recherche sur la sélection végétale chez NDSU. Nous espérons que les fonctionnalités présentées dans cette présentation aideront les autres utilisateurs à mieux utiliser JMP dans leurs situations respectives.
