Level: Anfänger
Pat Lynch, Direktor, Systems Engineering, Bionano Genomics
Das Bionano Genomics Saphyr®-System kombiniert NanoChannel-Arrays mit einer optischen Abbildung, um extrem lange DNA mit hohem Molekulargewicht abzubilden, die linearisiert wurde. Dies ermöglicht den Nachweis von Strukturvarianten im Genom von 500 Basenpaaren bis zu einer Länge von Megabasen, die den Nachweisbereich einer anderen Technologie übersteigen. Im Rahmen des gesamten Workflows werden mit dem Saphyr-Instrument abgebildete Moleküle mithilfe der Bionano Solve-Pipeline rechnerisch zu Genomkarten zusammengesetzt. Dieser Prozess ist rechenintensiv. Um den Zeitaufwand für die Fertigstellung der Genomassemblierung besser vorhersagen zu können, haben wir mit JMP ein Modell erstellt, das vorhersagt, wie lange es dauern wird. Die Eingabeparameter umfassten zunächst alle verfügbaren Datenqualitätsmetriken und wurden dann auf eine geringere Anzahl von Variablen reduziert, von denen gezeigt wurde, dass sie statistische Auswirkungen haben. Ein anfänglicher Datensatz wurde verwendet, um das Modell zu etablieren. Das Modell wurde dann für nachfolgende Datensätze verwendet, um die für die Genomassemblierung benötigten Ressourcen vorherzusagen. In diesem Poster werden die Methoden zur Bestimmung des Vorhersagemodells vorgestellt und anschließend die Wirksamkeit des Modells bewertet.
