Bionano Genomics 광학 맵 어셈블리의 계산 시간 예측 (2019-US-EPO-175)레벨 : 초보자
Pat Lynch, Bionano Genomics 시스템 엔지니어링 담당 이사
Bionano Genomics Saphyr® 시스템은 나노 채널 어레이와 광학 매핑을 결합하여 선형화 된 매우 길고 고 분자량의 DNA 이미지를 만듭니다. 이를 통해 다른 기술의 검출 범위를 초과하는 500 염기쌍에서 메가베이스까지의 게놈에서 구조적 변이체를 검출 할 수 있습니다. 완전한 워크 플로우의 일부로 Saphyr 장비로 이미지화 된 분자는 Bionano Solve 파이프 라인을 통해 게놈 맵으로 계산되어 조립됩니다. 이 프로세스는 계산 집약적입니다. 게놈 어셈블리를 완료하는 데 필요한 시간을 더 잘 예측하기 위해 JMP를 사용하여 소요 시간을 예측하는 모델을 만들었습니다. 입력 매개 변수에는 처음에 사용 가능한 모든 데이터 품질 메트릭이 포함되었으며, 통계적으로 영향을 미치는 것으로 표시된 소수의 변수로 축소되었습니다. 초기 데이터 세트를 사용하여 모델을 설정했습니다. 그런 다음이 모델을 후속 데이터 세트에서 사용하여 게놈 어셈블리에 필요한 자원을 예측했습니다. 이 포스터는 예측 모델을 결정하는 데 사용 된 방법을 제시 한 다음 모델의 효능을 평가합니다.
e 포스터예측 모델링
