Bionano Genomics Optical Map Assemblyの計算時間の予測（2019-US-EPO-175）レベル：初心者
Bionano GenomicsシステムエンジニアリングディレクターPat Lynch
Bionano GenomicsSaphyr®システムは、ナノチャネルアレイと光学マッピングを組み合わせて、線形化された非常に長い高分子量DNAをイメージングします。これにより、他のテクノロジーの検出範囲を超える、500塩基対からメガベースまでのゲノムの構造変異体の検出が可能になります。完全なワークフローの一部として、Saphyr機器によって画像化された分子は、Bionano Solveパイプラインによって計算によりゲノムマップに組み立てられます。このプロセスは計算集約的です。ゲノムアセンブリの完了に必要な時間をより正確に予測するために、JMPを使用して、所要時間を予測するモデルを考案しました。入力パラメータには、最初に利用可能なすべてのデータ品質メトリックが含まれていましたが、その後、統計的影響があることが示された少数の変数に削減されました。モデルを確立するために初期データセットが使用されました。その後、このモデルを後続のデータセットで使用して、ゲノムアセンブリに必要なリソースを予測しました。このポスターは、予測モデルを決定するために使用される方法を提示し、モデルの有効性を評価します。
ePoster予測モデリング
