Niveau: débutant
Pat Lynch, Directeur, Ingénierie des systèmes, Bionano Genomics
Le saphyr de la génomique bionano ® Le système combine des matrices NanoChannel avec une cartographie optique pour imager un ADN extrêmement long et de poids moléculaire élevé, linéarisé. Cela permet de détecter des variantes structurelles dans le génome d'une longueur allant de 500 paires de bases à des mégabase, dépassant ainsi la plage de détection de toute autre technologie. Dans le cadre du flux de travail complet, les molécules imagées par l'instrument Saphyr sont assemblées par calcul en cartes du génome par le pipeline Bionano Solve. Ce processus nécessite beaucoup de calcul. Afin de mieux prévoir le temps nécessaire pour achever l'assemblage du génome, nous avons utilisé JMP pour créer un modèle permettant de prédire combien de temps cela prendrait. Les paramètres d'entrée comprenaient initialement toutes les mesures de la qualité des données disponibles, puis ont été réduits à un plus petit nombre de variables dont l'impact statistique a été démontré. Un ensemble de données initial a été utilisé pour établir le modèle. Le modèle a ensuite été utilisé sur des ensembles de données ultérieurs pour prévoir les ressources nécessaires à l'assemblage du génome. Cette affiche présente les méthodes utilisées pour déterminer le modèle de prévision, puis évalue son efficacité.
