Bionano Genomics 광학 맵 어셈블리의 계산 시간 예측 (2019-US-EPO-175)레벨 : 초보자
Pat Lynch, Bionano Genomics 시스템 엔지니어링 담당 이사
비오 나노 유전체학 사피르 ® 시스템은 나노 채널 어레이와 광학 매핑을 결합하여 선형화 된 매우 길고 고 분자량의 DNA 이미지를 만듭니다. 이를 통해 다른 기술의 검출 범위를 초과하는 500 염기쌍에서 메가베이스까지의 게놈에서 구조적 변이체를 검출 할 수 있습니다. 완전한 워크 플로우의 일부로 Saphyr 장비로 이미지화 된 분자는 Bionano Solve 파이프 라인을 통해 게놈 맵으로 계산됩니다. 이 프로세스는 계산 집약적입니다. 게놈 어셈블리를 완료하는 데 필요한 시간을 더 잘 예측하기 위해 JMP를 사용하여 소요 시간을 예측하는 모델을 만들었습니다. 입력 매개 변수에는 처음에 사용 가능한 모든 데이터 품질 메트릭이 포함되었으며 통계적 영향을 미치는 것으로 표시되는 더 적은 수의 변수로 축소되었습니다. 초기 데이터 세트를 사용하여 모델을 설정했습니다. 그런 다음이 모델을 후속 데이터 세트에서 사용하여 게놈 어셈블리에 필요한 자원을 예측했습니다. 이 포스터는 예측 모델을 결정하는 데 사용 된 방법을 제시 한 다음 모델의 효능을 평가합니다.
