等级:中级
JQ研究统计开发人员,Meijian Guan,SAS
高维数据集可能非常难以可视化。最近,非线性降维和可视化算法,尤其是t分布随机邻域嵌入(t-SNE)和均匀流形近似和投影(UMAP),已广泛应用于各种研究领域,如图像处理,文本挖掘和基因组学。它们与线性降维方法不同,例如主成分分析(PCA),通过仅保留小的成对距离或局部相似性,而PCA涉及保留大的成对距离以最大化方差。
虽然JMP在当前版本中没有实现t-SNE或UMAP,但其用户友好的R / Python接口使用户可以快速方便地访问这些开源软件包。在本演示中,我们将演示一个JMP加载项,该加载项提供对t-SNE和UMAP算法的访问。它提供了用户友好的界面,可实现数据表导航,数据质量控制,稀疏性处理,直观参数化和交互式结果解释。
将在演示中使用MNIST手写数字数据和由来自20个器官的> 100,000个细胞组成的小鼠单细胞测序数据集。PCA,t-SNE和UMAP的结果将被可视化和比较。我们还将展示JMP如何通过其高交互性促进科学发现。