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使用 JMP Genomics 進行交叉評估和後代模擬，第 3 部分：交叉評估、選擇和後代模擬

這交叉評價工具在JMP基因組學允許使用遺傳標記和評分代碼檔案評估潛在的雜交。 評分代碼是一個 SAS 文件，其中包含一個預測模型，該模型量化眾多標記對感興趣性狀的影響。 本範例中使用的評分代碼檔案是在上週的貼文中建立的，使用 JMP Genomics 進行交叉評估和後代模擬，第 2 部分：育種值的預測模型。 包含要雜交的個體的資料集必須採用寬格式，並具有使用數字格式定義的雙等位標記。 將用作本範例輸入的資料集是在貼文中建立的，使用 JMP Genomics 進行交叉評估和後代模擬，第 1 部分：用於育種試驗資料的 BLUP 。 在本週的範例中，我們將評估一組 309 個大麥品系中的所有可能的異型雜交，每個品系大約有 3,500 個標記，根據該評估進行選擇，並根據這些選擇模擬多代雜交。

1. 來自基因組學入門， 選擇遺傳學 > 育種分析 > 交叉評價調出對話框。
2. 在裡面一般的選項卡，選擇大麥_impute_img sas7bdat作為輸入 SAS 資料集。
   • 此資料集包含每個品系的標記和 4 個數量性狀，我們將選擇其中 2 個。
3. 選擇兩者工業ID作為ID變數。
4. 留下性別可變
   • 請注意，值性別可變必須是“1”和“2”或以“M”和“F”開頭的字串。
   • 另請注意，當指定性別變數時，分析中不能包含自交叉。
5. 在裡面標記變數的列表式規範框、類型米：指定所有以字母“m”開頭的列作為標記變數。
6. 導航至包含評分代碼檔案的資料夾並這樣指定它。 這將填充可用文件盒子裡有你的評分代碼文件。 從清單中選擇與要分析的特徵相對應的檔案並將其移至評分代碼文件
   • 評分代碼檔案是包含模型的 SAS 程式文件，該模型包括每個標記對感興趣性狀的影響。 可以使用文字檢視器預覽該文件。
   • 透過簡單地包含或排除所需表型的評分代碼文件，可以選擇該資料集中的一到四種表型。 在這裡，我們將選擇麥角固醇含量 (ERG) 和測試重量 (TW)。
7. 選擇一個導出目錄。
8. 這註解當存在註釋資料集時，選項卡可用於包含標記位置和染色體編號。 在此範例中，將註解標籤留空。
9. 在裡面分析選項卡上，有一個選項可用於指定指示哪些交叉點的 SAS 資料集模擬。 如果留空（如本例所示），JMP 將模擬所有可能的交叉。
10. 當一個性別可變存在並且性別變數的母親價值如果留空，JMP 將預設指定「1」或「F」作為母親性別變數。
11. 選擇僅包含異交為了選擇第一代交配類型
12. 回交（當指定回交親本系變數時）、使用遺傳圖譜進行後代模擬（當存在註釋檔案時）以及包含選擇指數（每個性狀影響的加權值）的選項也可在分析。在此範例中將這些留空。
13. 上幾個世代選項卡中，有一個用於同時模擬多代的選項。 即，模擬來自第一次交叉評估分析的模擬後代的後代。 這種類型的分析需要相當多的時間和磁碟空間，因此建議僅在指定一組預選交叉時才進行。
    • 請注意，也可以透過從該分析的結果中選擇雜交來模擬進一步的世代，這將在本範例的後面顯示。
14. 上選項選項卡指定名稱大麥雜交為了輸出數據集其中將包含十字架。
15. 選取旁邊的方塊壓縮輸出資料集對結果資料集套用 SAS 壓縮。
16. 點選跑步開始分析。

交叉評估結果

17. 分析完成後，將出現一個結果窗口，其中包含散點圖矩陣，顯示每個模擬交叉的平均值、標準差、最大值、最小值和範圍的相關性。 每個父親和母親個體都列在矩陣左側，括號中給出了他們參與的模擬雜交數量。 選擇任何個體將選擇其在散點圖矩陣中的所有交叉。
18. 點選查看數據最左邊開啟一個新資料集，其中包含 47,586 個模擬雜交及其表型估計值。 選擇散點圖矩陣中的任何點或從母本/父本 ID 清單中選擇任何個體也將選擇資料集中的那些雜交。

 

深入研究

19. 要模擬任何由此產生的雜交的後代，我們可以選擇要包含的雜交並單擊模擬後代盒子從深入研究。這將彈出一個與原始對話框相同的新對話框交叉評價對話框。 這個新的後代模擬對話方塊中填寫了正確的設置，以評估先前分析結果中任何選定雜交的後代。
20. 在為後代模擬做出選擇之前。 點選查看數據在下面深入研究選單並透過選擇查看兩個特徵的分佈分析 > 分佈。
    • 選擇BLUP_ERG_平均值和BLUP_TW_平均值並將它們移入Y，列。然後點擊好的。
    • 從分佈標籤中，可以輕鬆看到每個特徵分佈的百分位數。 使用表型分佈的百分位數，回到結果視窗和數據過濾器。
    • 資料過濾器可以應用於第一代後代數據過濾器。可以透過調整感興趣的性狀下的滑桿或點擊每個性狀旁邊的數字並輸入所需的截止值來選擇每個性狀的過濾標準。
21. 僅選擇滿足以下條件的雜交：
    • ERG（麥角固醇含量）的 5 個百分位
    • TW（測試重量）的 90%
    • 可以使用滑桿或透過在適當的方塊中輸入所需的截止值來套用篩選器。
    • 套用濾鏡後，產生的十字將在散佈圖矩陣中反白顯示。
22. 套用篩選器並選擇所需的交叉後，按一下模擬後代在裡面深入研究選單調出子代模擬對話框。 還將出現一個新的數據表，其中包含 19 個選定雜交的子集，稱為selected_crosses。 sas7bdat 。
23. 在後代模擬對話框中，一般的選項卡（和註解選項卡（如果適用）將使用第一代模擬的資訊來完成。
24. 上分析選項卡， selected_crosses。 sas7bdat數據集將輸入為指示要模擬哪些交叉的 SAS 資料集。
25. 在裡面模擬後代選項框，設定每個雜交的模擬後代數量到
26. 上幾個世代選項卡，選擇類比多代並選擇自己作為選項選擇多代交配類型。
27. 設定代數選項3從我們選擇的雜交中模擬 3 代自交，然後單擊跑步開始分析。

後代模擬結果

28. 分析完成後，將出現一個結果窗口，其中包含模擬性狀分佈標籤顯示三個模擬世代中每個模擬性狀測量的分佈。 第 3 代如下圖所示。
    • 向右滾動以瀏覽各代，請注意，每一代的觀測值比前一代多 20 倍。
    • 向下捲動查看散佈圖矩陣，顯示每一代特徵的相關性。
    • 請注意，選擇直方圖或散佈圖上的任何點都會選擇相應產生的每個圖上的這些點。 個人也可以在數據過濾器部分顯示他們在每個圖表中的表現。
29. 這模擬特徵排序選項卡提供了每個模擬生成的特徵的熱圖，在 x 軸上按其性能排序。 三代麥角固醇含量（ERG）表現如下圖所示。
30. 這模擬性狀統計tab 為每個性狀的 BLUP 值提供了與原始交叉評估輸出視窗類似的輸出，即每個性狀統計的相關矩陣和散佈圖矩陣。
31. 這模擬特徵手段選項卡給出了每個性狀每一代的所有模擬的平均值。 點的大小代表總體的標準差。
    • 從性狀平均值來看，前 3 代的 ERG BLUP 平均值並沒有太大改善。
32. 這模擬特徵意味著有序選項卡依升序顯示 19 個雜交中每個雜交的每個性狀表現的圖。
33. 進一步的選擇和交叉評價可以透過從模擬性狀分佈圖表並點擊交叉評價在裡面深入研究。資料子集也可以透過過濾來創建數據過濾器面板或在任何圖上選擇點並單擊查看數據。

概括

這交叉評價JMP Genomics 中的工具與評分代碼檔案結合使用時，可以快速分析譜系資料集中所有可能的雜交。 結果是一個新的數據集，其中包含基於標記數據的有關疾病或感興趣特徵的統計數據。 請注意，可以包含註釋資料集以進一步將遺傳連鎖納入分析中。 從輸出視窗中，可以選擇感興趣的雜交並將其包含在後代模擬的進一步迭代中，從而允許多代模擬遺傳選擇

這交叉評價JMP Genomics 中的工具允許使用遺傳標記和評分代碼檔案評估潛在雜交。 評分代碼是一個 SAS 文件，其中包含一個預測模型，該模型量化眾多標記對感興趣性狀的影響。 本範例中使用的評分代碼檔案是在上週的貼文中建立的，使用 JMP Genomics 進行交叉評估和後代模擬，第 2 部分：育種值的預測模型。 包含要雜交的個體的資料集必須採用寬格式，並具有使用數字格式定義的雙等位標記。 將用作本範例輸入的資料集是在貼文中建立的，使用 JMP Genomics 進行交叉評估和後代模擬，第 1 部分：用於育種試驗資料的 BLUP 。 在本週的範例中，我們將評估一組 309 個大麥品系中所有可能的異型雜交，每個品系約 3,500 個標記，根據該評估進行選擇，並根據這些選擇模擬多代雜交。