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使用 JMP Genomics 进行交叉评估和后代模拟，第 3 部分：交叉评估、选择和后代模拟

这交叉评价工具在JMP基因组学允许使用遗传标记和评分代码文件评估潜在的杂交。 评分代码是一个 SAS 文件，其中包含一个预测模型，该模型量化众多标记对感兴趣性状的影响。 本示例中使用的评分代码文件是在上周的帖子中创建的，使用 JMP Genomics 进行交叉评估和后代模拟，第 2 部分：育种值的预测模型。 包含要杂交的个体的数据集必须采用宽格式，并具有使用数字格式定义的双等位标记。 将用作本示例输入的数据集是在帖子中创建的，使用 JMP Genomics 进行交叉评估和后代模拟，第 1 部分：用于育种试验数据的 BLUP 。 在本周的示例中，我们将评估一组 309 个大麦品系中的所有可能的异型杂交，每个品系大约有 3,500 个标记，根据该评估进行选择，并根据这些选择模拟多代杂交。

1. 来自基因组学入门， 选择遗传学 > 育种分析 > 交叉评价调出对话框。
2. 在里面一般的选项卡，选择大麦_impute_img sas7bdat作为输入 SAS 数据集。
   • 该数据集包含每个品系的标记和 4 个数量性状，我们将选择其中 2 个。
3. 选择两者工业ID作为ID变量。
4. 留下性别可变
   • 请注意，值性别可变必须是“1”和“2”或以“M”和“F”开头的字符串。
   • 另请注意，当指定性别变量时，分析中不能包含自交叉。
5. 在里面标记变量的列表式规范框、类型米：指定所有以字母“m”开头的列作为标记变量。
6. 导航至包含评分代码文件的文件夹并这样指定它。 这将填充可用文件盒子里有你的评分代码文件。 从列表中选择与要分析的特征相对应的文件并将其移动到评分代码文件
   • 评分代码文件是包含模型的 SAS 程序文件，该模型包括每个标记对感兴趣性状的影响。 可以使用文本查看器预览该文件。
   • 通过简单地包括或排除所需表型的评分代码文件，可以选择该数据集中的一到四种表型。 在这里，我们将选择麦角甾醇含量 (ERG) 和测试重量 (TW)。
7. 选择一个导出目录。
8. 这注解当存在注释数据集时，选项卡可用于包括标记位置和染色体编号。 在此示例中，将注释选项卡留空。
9. 在里面分析选项卡上，有一个选项可用于指定指示哪些交叉点的 SAS 数据集模拟。 如果留空（如本例所示），JMP 将模拟所有可能的交叉。
10. 当一个性别可变存在并且性别变量的母亲价值如果留空，JMP 将默认指定“1”或“F”作为母亲性别变量。
11. 选择仅包括异交为了选择第一代交配类型
12. 回交（当指定回交亲本系变量时）、使用遗传图谱进行后代模拟（当存在注释文件时）以及包括选择指数（每个性状影响的加权值）的选项也可在分析。在此示例中将这些留空。
13. 上几代人选项卡中，有一个用于同时模拟多代的选项。 即，模拟来自第一次交叉评价分析的模拟后代的后代。 这种类型的分析需要相当多的时间和磁盘空间，因此建议仅在指定一组预先选择的交叉时才进行。
    • 请注意，还可以通过从此分析结果中选择杂交来模拟进一步的世代，这将在本示例的后面显示。
14. 上选项选项卡指定名称大麦杂交为了输出数据集其中将包含十字架。
15. 选中旁边的框压缩输出数据集对结果数据集应用 SAS 压缩。
16. 点击跑步开始分析。

交叉评价结果

17. 分析完成后，将出现一个结果窗口，其中包含散点图矩阵，显示每个模拟交叉的平均值、标准差、最大值、最小值和范围的相关性。 每个父亲和母亲个体都列在矩阵左侧，括号中给出了他们参与的模拟杂交数量。 选择任何个体将选择其在散点图矩阵中的所有交叉。
18. 点击查看数据最左边打开一个新数据集，其中包含 47,586 个模拟杂交及其表型估计值。 选择散点图矩阵中的任何点或从母本/父本 ID 列表中选择任何个体也将选择数据集中的那些杂交。

 

深入研究

19. 要模拟任何由此产生的杂交的后代，我们可以选择要包含的杂交并单击模拟后代盒子从深入研究。这将弹出一个与原始对话框相同的新对话框交叉评价对话框。 这个新的后代模拟对话框中填写了正确的设置，以评估先前分析结果中任何选定杂交的后代。
20. 在为后代模拟做出选择之前。 点击查看数据在下面深入研究菜单并通过选择查看两个特征的分布分析 > 分布。
    • 选择BLUP_ERG_平均值和BLUP_TW_平均值并将它们移入Y，列。然后点击好的。
    • 从分布选项卡中，可以轻松看到每个特征分布的百分位数。 使用表型分布的百分位数，返回到结果窗口和数据过滤器。
    • 数据过滤器可以应用于第一代后代数据过滤器。可以通过调整感兴趣的性状下的滑块或单击每个性状旁边的数字并输入所需的截止值来选择每个性状的过滤标准。
21. 仅选择满足以下条件的杂交：
    • ERG（麦角甾醇含量）的 5 个百分位
    • TW（测试重量）的 90%
    • 可以使用滑块或通过在适当的框中输入所需的截止值来应用过滤器。
    • 应用过滤器后，生成的十字将在散点图矩阵中突出显示。
22. 应用过滤器并选择所需的交叉后，单击模拟后代在里面深入研究菜单调出子代模拟对话框。 还将出现一个新的数据表，其中包含 19 个选定杂交的子集，称为selected_crosses。 sas7bdat 。
23. 在后代模拟对话框中，一般的选项卡（和注解选项卡（如果适用）将使用第一代模拟的信息来完成。
24. 上分析选项卡， selected_crosses。 sas7bdat数据集将被输入为指示要模拟哪些交叉的 SAS 数据集。
25. 在里面模拟后代选项框，设置每个杂交的模拟后代数量到
26. 上几代人选项卡，选择模拟多代并选择自己作为选项选择多代交配类型。
27. 设置代数选项3从我们选择的杂交中模拟 3 代自交，然后单击跑步开始分析。

后代模拟结果

28. 分析完成后，将出现一个结果窗口，其中包含模拟性状分布选项卡显示三个模拟世代中每个模拟性状测量值的分布。 第 3 代如下所示。
    • 向右滚动以浏览各代，请注意，每一代的观测值比前一代多 20 倍。
    • 向下滚动查看散点图矩阵，显示每一代特征的相关性。
    • 请注意，选择直方图或散点图上的任何点都会选择相应生成的每个图上的这些点。 个人也可以在数据过滤器部分显示他们在每个图中的表现。
29. 这模拟特征排序选项卡提供了每个模拟生成的特征的热图，在 x 轴上按其性能排序。 三代麦角甾醇含量（ERG）表现如下所示。
30. 这模拟性状统计tab 为每个性状的 BLUP 值提供了与原始交叉评估输出窗口类似的输出，即每个性状统计的相关矩阵和散点图矩阵。
31. 这模拟特征手段选项卡给出了每个性状每一代的所有模拟的平均值。 点的大小代表总体的标准差。
    • 从性状平均值来看，前 3 代的 ERG BLUP 平均值没有太大改善。
32. 这模拟特征意味着有序选项卡按升序显示 19 个杂交中每个杂交的每个性状表现的图。
33. 进一步的选择和交叉评价可以通过从模拟性状分布图表并点击交叉评价在里面深入研究。数据子集也可以通过过滤来创建数据过滤器面板或在任何图上选择点并单击查看数据。

概括

这交叉评价JMP Genomics 中的工具与评分代码文件结合使用时，可以快速分析谱系数据集中所有可能的杂交。 结果是一个新的数据集，其中包含基于标记数据的有关疾病或感兴趣特征的统计数据。 请注意，可以包含注释数据集以进一步将遗传连锁纳入分析中。 从输出窗口中，可以选择感兴趣的杂交并将其包含在后代模拟的进一步迭代中，从而允许多代模拟遗传选择

这交叉评价JMP Genomics 中的工具允许使用遗传标记和评分代码文件评估潜在杂交。 评分代码是一个 SAS 文件，其中包含一个预测模型，该模型量化众多标记对感兴趣性状的影响。 本示例中使用的评分代码文件是在上周的帖子中创建的，使用 JMP Genomics 进行交叉评估和后代模拟，第 2 部分：育种值的预测模型。 包含要杂交的个体的数据集必须采用宽格式，并具有使用数字格式定义的双等位标记。 将用作本示例输入的数据集是在帖子中创建的，使用 JMP Genomics 进行交叉评估和后代模拟，第 1 部分：用于育种试验数据的 BLUP 。 在本周的示例中，我们将评估一组 309 个大麦品系中的所有可能的异型杂交，每个品系大约有 3,500 个标记，根据该评估进行选择，并根据这些选择模拟多代杂交。