Tengo datos de SCFA de 4 tipos de fibra en 3 niveles de inclusión (25, 50, 75%) que se mezclaron con proteínas y se fermentaron durante 24 y 48 horas (por triplicado para cada punto de tiempo). Además, hubo un control que contenía solo proteínas (también por triplicado por cada pt del tiempo), y controles de fibra solo para cada uno de los tipos de fibra (también triplicados).
Aquí hay un pequeño ejemplo, tengo el tiempo y la inclusión de la fibra configurados como nominal por cierto.

Cuando trato de hacer un factorial completo por tiempo, tipo de fibra y nivel de inclusión, me caen los DF porque, por supuesto, la muestra de todas las proteínas no puede tener datos para contener algún nivel de fibra.
En primer lugar, he estado operando bajo el supuesto de que no puedo simplemente cambiar el nombre del control de todas las proteínas e insertar los mismos datos para cada tipo de fibra.
Por ejemplo:
La muestra de fibra de 0% "(Control) All Protein" de 24 horas con SCFA de 33.95 mM se convertiría en:
- 24 horas "FOS" 0% de fibra = 33.95 mM SCFA
- "Pectina" de 24 horas 0% de fibra = 33.95 mM SCFA
- 24 horas "WB + PS" 0% de fibra = 33.95 mM SCFA
- 24 horas de "mezcla uniforme" 0% de fibra = 33.95 mM SCFA
No lo he hecho porque supongo que los datos duplicados sopesarían el análisis con más observaciones que reales (todo dicho: n = 24 en lugar de n = 6 real).
Sé que puedo combinar las columnas "Tipo de fibra" y "Inclusión de fibra", pero luego no puedo ver las interacciones. ¿Hay alguna forma de evitar esto? ¡He estado mirando esto por demasiado tiempo y ya no puedo ver el bosque por los árboles! ¡Por favor ayuda! Además, no sé nada acerca de las secuencias de comandos (todavía).