JMP Genomics を使用した発現解析、パート 2: テキスト ファイルからの発現データのインポートの先週のブログ投稿を使用して実験設計ファイル (EDF) を作成しました。 JMPゲノミクス18 の異なる実験グループに対応する遺伝子発現ファイルのセット。 実験計画が SAS データセットに編成されたので、データ ファイル (txt 形式) をインポートし、次のコマンドを使用して 1 つのテーブルに連結できます。テキスト、CSV、または Excel ファイルから計画された実験をインポートするJMP ですぐに分析できるツールです。
複数のファイルをインポート/結合する
- まず、各 txt ファイルがE2_式_データ。ジップダウンロードされ、単一のフォルダーに保存されます。
- からゲノミクススターターメニュー選択インポート > テキスト >テキスト、CSV、または Excel ファイルから計画された実験をインポートする。
- で全般的タブでファイルを指定e2_expression_edf。 sas7bdat (で作成されたJMP Genomics を使用した発現解析、パート 1: 実験計画ブログ投稿)として実験計画ファイル。
- 18個のtxtファイルが保存されているフォルダーを指定します。ジップとして保存されますRAWファイルのフォルダー。
- 出てデータファイルの種類オプションは空白です。 値が特定の区切り文字 (カンマ、スペース、タブ) で区切られている場合は、ここで指定できます。
- これらのファイルには変数名が存在しないため、変数名の行数に0 。 をセットするデータ開始行として1 。
- ID 変数はこれらのファイルの最初の列に存在し、各データ ファイルをマージするために使用できます。 選択するID変数を使用するとしてファイルをマージするためのキー変数。
- ファイルにはカラム名がないため、カラムはデフォルトの「Var1」、「Var2」などに指定されます。変数1としてID変数。
- を指定してください出力フォルダ。
- クリック走るインポートを開始します。
結果
- インポートが完了すると、EDF とデータ ファイルの両方が表示されたウィンドウが表示されます。 .sas7bdat 。最上位のファイルは EDF であり、入力 EDF と同一です。 一番下のファイルは新しいデータセットです。 開けるの強度データ各実験グループの発現値のファイルを表示するように設定します。
- コラムVAR1テキスト ファイルのマーカー名が含まれるようになりました。 他の 18 列はそれぞれ、図で指定された各実験グループに対応します。列名EDF の列。
まとめ
この投稿では、テキスト、CSV、または Excel ファイルから計画された実験をインポートする道具。 このツールは、計画された実験から複数のファイルをインポートする場合に便利です。 プロセスを開始する前に、実験計画ファイルを作成し、すべてのデータ ファイルを 1 つのフォルダーに保存する必要があります。 この分析の出力は .sas7bdat 形式であり、式ワークフローを使用して式分析を行う準備が整いました。 来週の投稿では、基本的な式のワークフロー。
先週のブログ投稿では、以下を使用して実験設計ファイル (EDF) を作成しました。 JMPゲノミクス18 の異なる実験グループに対応する遺伝子発現ファイルのセット。 実験計画が SAS データセットに編成されたので、データ ファイル (txt 形式) をインポートし、次のコマンドを使用して 1 つのテーブルに連結できます。テキスト、CSV、または Excel ファイルから計画された実験をインポートするJMP ですぐに分析できるツールです。
