使用 JMP Genomics 進行表達分析，第 2 部分：從文本文件導入表達數據在上週的博客文章，我們創建了一個實驗設計文件（EDF） JMP基因組學對應18個不同實驗組的一組基因表達文件。 現在實驗設計已組織成 SAS 數據集，可以使用以下命令導入數據文件（txt 格式）並將其連接到單個表中：從文本、CSV 或 Excel 文件導入設計的實驗準備在 JMP 中進行分析的工具。
導入/合併多個文件
- 首先，確保每個 txt 文件來自E2_表達式_數據。壓縮下載並存儲在單個文件夾中。
- 來自基因組學入門菜單選擇導入 > 文本 >從文本、CSV 或 Excel 文件導入設計的實驗。
- 上一般的選項卡，指定文件e2_表達式_edf。 sas7bdat （創建於使用 JMP Genomics 進行表達分析，第 1 部分：實驗設計博客文章）作為實驗設計文件。
- 指定 18 個 txt 文件所在的文件夾壓縮被存儲為原始文件文件夾。
- 留下數據文件類型選項空白。 如果值由特定分隔符（逗號、空格、製表符）分隔，則可以在此處指定。
- 由於這些文件中沒有變量名，因此設置變量名稱的行數到0 。 設置數據起始行作為1 。
- ID 變量存在於這些文件的第一列中，可用於合併每個數據文件。 選擇使用 ID 變量作為合併文件的關鍵變量。
- 由於文件沒有列名，因此列被指定為默認值“Var1”、“Var2”等。設置變量1作為ID變量。
- 指定一個導出目錄。
- 點擊跑步開始導入。
結果
- 導入完成後，將出現一個窗口，其中包含 EDF 和數據文件.sas7bdat 。頂部文件是 EDF，它與輸入 EDF 相同。 底部文件是新的數據集。 打開這強度數據設置查看每個實驗組的表達值文件。
- 專欄VAR1現在包含文本文件中的標記名稱。 其他 18 列中的每一列對應於中指定的每個實驗組列名EDF 中的列。
概括
本文概述了使用以下命令從單個文件夾導入和合併多個數據文件所需的步驟：從文本、CSV 或 Excel 文件導入設計的實驗工具。 該工具對於從設計的實驗中導入多個文件非常有用。 在開始該過程之前，必須創建實驗設計文件，並且所有數據文件必須存儲在一個文件夾中。 此分析的輸出採用 .sas7bdat 格式，現在可以使用表達式工作流程進行表達式分析。 下週的帖子將使用該數據集進行表達分析基本表達工作流程。
在上週的博客文章中，我們使用以下命令創建了一個實驗設計文件 (EDF) JMP基因組學對應18個不同實驗組的一組基因表達文件。 現在實驗設計已組織成 SAS 數據集，可以使用以下命令導入數據文件（txt 格式）並將其連接到單個表中：從文本、CSV 或 Excel 文件導入設計的實驗準備在 JMP 中進行分析的工具。
