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Expressionsanalyse mit JMP Genomics, Teil 2: Importieren von Expressionsdaten aus Textdateien

In Blogbeitrag der letzten Woche haben wir eine Experimental Design File (EDF) mit erstellt JMP-Genomik für eine Reihe von Genexpressionsdateien, die 18 verschiedenen Versuchsgruppen entsprechen. Nachdem der experimentelle Entwurf nun in einem SAS-Datensatz organisiert ist, können die Datendateien (im TXT-Format) importiert und mithilfe von in einer einzigen Tabelle verkettet werden Importieren Sie ein entworfenes Experiment aus Text-, CSV- oder Excel-Dateien Tool, das für die Analyse in JMP bereit ist.

Mehrere Dateien importieren/kombinieren

1. Stellen Sie zunächst sicher, dass alle TXT-Dateien vorhanden sind E2_Expression_Data. Reißverschluss werden heruntergeladen und in einem einzigen Ordner gespeichert.
2. Von dem Genomik-Starter Menü auswählen Importieren > Text > Importieren Sie ein entworfenes Experiment aus Text-, CSV- oder Excel-Dateien .
3. Auf der Allgemein Registerkarte, benennen Sie die Datei e2_expression_edf. sas7bdat (erstellt in der Expressionsanalyse mit JMP Genomics, Teil 1: Experimentelles Design Blogbeitrag) als Experimentelle Designdatei .
4. Bestimmen Sie den Ordner, aus dem die 18 TXT-Dateien stammen Reißverschluss werden als gespeichert Ordner mit Rohdateien .
5. Lassen Sie die Datendateityp Option leer. Wenn die Werte durch ein bestimmtes Trennzeichen (Komma, Leerzeichen, Tabulator) getrennt sind, kann dieses hier angegeben werden.
6. Da diese Dateien keine Variablennamen enthalten, legen Sie die fest Zeilennummer der Variablennamen Zu 0 . Stellen Sie die ein Datenstartzeile als 1 .
7. ID-Variablen sind in den ersten Spalten dieser Dateien vorhanden und können zum Zusammenführen der einzelnen Datendateien verwendet werden. Wählen ID-Variable verwenden als die Schlüsselvariable zum Zusammenführen von Dateien .
8. Da die Dateien keine Spaltennamen haben, werden die Spalten standardmäßig auf „Var1“, „Var2“ usw. festgelegt Var1 als die ID-Variable .
9. Benennen Sie einen Ausgabeordner .
10. Klicken Laufen um den Import zu starten.

Ergebnisse

11. Wenn der Import abgeschlossen ist, erscheint ein Fenster mit dem EDF und der Datendatei .sas7bdat .Die oberste Datei ist die EDF, die mit der Eingabe-EDF identisch ist. Die unterste Datei ist der neue Datensatz. Offen Die Intensitätsdaten Legen Sie fest, dass die Datei mit den Ausdruckswerten für jede Versuchsgruppe angezeigt wird.
12. Die Kolumne VAR1 Enthält jetzt die Markierungsnamen aus den Textdateien. Jede der anderen 18 Spalten entspricht jeder der darin bezeichneten Versuchsgruppen Spaltenname Spalte im EEF.

Zusammenfassung

In diesem Beitrag wurden die Schritte beschrieben, die zum Importieren und Kombinieren mehrerer Datendateien aus einem einzigen Ordner mithilfe von erforderlich sind Importieren Sie ein entworfenes Experiment aus Text-, CSV- oder Excel-Dateien Werkzeug. Dieses Tool eignet sich zum Importieren mehrerer Dateien aus einem geplanten Experiment. Vor Beginn des Prozesses muss eine experimentelle Designdatei erstellt und alle Datendateien in einem einzigen Ordner gespeichert werden. Die Ausgabe dieser Analyse liegt im .sas7bdat-Format vor und ist nun für die Ausdrucksanalyse mithilfe eines Ausdrucksworkflows bereit. Im Beitrag der nächsten Woche wird eine Ausdrucksanalyse dieses Datensatzes mithilfe von durchgeführt Grundlegender Ausdrucksworkflow .

Im Blogbeitrag der letzten Woche haben wir eine Experimental Design File (EDF) erstellt mit JMP-Genomik für eine Reihe von Genexpressionsdateien, die 18 verschiedenen Versuchsgruppen entsprechen. Nachdem der experimentelle Entwurf nun in einem SAS-Datensatz organisiert ist, können die Datendateien (im TXT-Format) importiert und mithilfe von in einer einzigen Tabelle verkettet werden Importieren Sie ein entworfenes Experiment aus Text-, CSV- oder Excel-Dateien Tool, das für die Analyse in JMP bereit ist.