Analyse d'expression avec JMP Genomics, partie 2 : Importation de données d'expression à partir de fichiers texteDans article de blog de la semaine dernière , nous avons créé un fichier de conception expérimentale (EDF) en utilisant Génomique JMP pour un ensemble de fichiers d'expression génique correspondant à 18 groupes expérimentaux différents. Maintenant que le plan expérimental est organisé en un ensemble de données SAS, les fichiers de données (au format txt) peuvent être importés et concaténés dans une seule table à l'aide de la Importer une expérience conçue à partir de fichiers texte, CSV ou Excel outil qui sera prêt pour l'analyse dans JMP.
Importation/Combinaison de plusieurs fichiers
- Pour commencer, assurez-vous que chacun des fichiers txt de E2_Expression_Data. zipper sont téléchargés et stockés dans un seul dossier.
- Du Initiation à la génomique sélection de menus Importer > Texte > Importer une expérience conçue à partir de fichiers texte, CSV ou Excel .
- Sur le Général onglet, désignez le fichier e2_expression_edf. sas7bdat (créé dans le Analyse d'expression avec JMP Genomics, partie 1 : conception expérimentale article de blog) en tant que Fichier de conception expérimentale .
- Désignez le dossier dans lequel les 18 fichiers txt de zipper sont stockés en tant que Dossier de fichiers bruts .
- Quitter le Type de fichier de données option vide. Si les valeurs sont séparées par un délimiteur spécifique (virgule, espace, tabulation), cela peut être spécifié ici.
- Puisqu'il n'y a pas de noms de variables dans ces fichiers, définissez le Nombre de lignes de noms de variables pour 0 . Met le Ligne de début de données comme 1 .
- Les variables ID sont présentes dans les premières colonnes de ces fichiers, et peuvent être utilisées pour fusionner chacun des fichiers de données. Sélectionner Utiliser la variable d'identification comme le variable clé pour fusionner des fichiers .
- Étant donné que les fichiers n'ont pas de noms de colonne, les colonnes sont désignées par défaut "Var1", "Var2", etc. Var1 comme le Variable d'identification .
- Désignez un Dossier de sortie .
- Cliquez sur Courir pour commencer l'importation.
Résultats
- Lorsque l'importation est terminée, une fenêtre apparaît avec à la fois l'EDF et le fichier de données dans .sas7bdat .Le fichier du haut est l'EDF, qui est identique à l'EDF d'entrée. Le fichier du bas est le nouvel ensemble de données. Ouvrir le Données d'intensité défini pour afficher le fichier des valeurs d'expression pour chaque groupe expérimental.
- La colonne VAR1 contient maintenant les noms des marqueurs des fichiers texte. Chacune des 18 autres colonnes correspond à chacun des groupes expérimentaux qui ont été désignés dans le Nom de colonne colonne du FED.
Résumé
Cet article décrit les étapes nécessaires pour importer et combiner plusieurs fichiers de données à partir d'un seul dossier à l'aide de Importer une expérience conçue à partir de fichiers texte, CSV ou Excel outil. Cet outil est utile pour importer plusieurs fichiers à partir d'une expérience conçue. Avant de commencer le processus, un fichier de conception expérimentale doit être créé et tous les fichiers de données doivent être stockés dans un seul dossier. La sortie de cette analyse est au format .sas7bdat et est maintenant prête pour l'analyse d'expression à l'aide d'un workflow d'expression. Le post de la semaine prochaine fera une analyse d'expression sur cet ensemble de données en utilisant le Flux de travail d'expression de base .
Dans le billet de blog de la semaine dernière, nous avons créé un fichier de conception expérimentale (EDF) en utilisant Génomique JMP pour un ensemble de fichiers d'expression génique correspondant à 18 groupes expérimentaux différents. Maintenant que le plan expérimental est organisé en un ensemble de données SAS, les fichiers de données (au format txt) peuvent être importés et concaténés dans une seule table à l'aide de la Importer une expérience conçue à partir de fichiers texte, CSV ou Excel outil qui sera prêt pour l'analyse dans JMP.
