使用 JMP Genomics 进行表达分析，第 2 部分：从文本文件导入表达数据在上周的博文，我们使用创建了一个实验设计文件（EDF） JMP 基因组学对于一组对应于 18 个不同实验组的基因表达文件。 现在实验设计被组织成一个 SAS 数据集，可以导入数据文件（txt 格式）并使用从文本、CSV 或 Excel 文件导入设计的实验准备好在 JMP 中进行分析的工具。
导入/合并多个文件
- 首先，确保每个 txt 文件来自E2_Expression_Data。压缩下载并存储在一个文件夹中。
- 来自基因组学入门菜单选择导入 > 文本 >从文本、CSV 或 Excel 文件导入设计的实验.
- 在一般的选项卡，指定文件e2_expression_edf。 sas7bdat （创建于使用 JMP Genomics 进行表达分析，第 1 部分：实验设计博客文章）作为实验设计文件.
- 指定18个txt文件所在的文件夹压缩被存储为原始文件的文件夹.
- 离开数据文件类型选项空白。 如果值由特定的分隔符（逗号、空格、制表符）分隔，则可以在此处指定。
- 由于这些文件中没有变量名，因此设置变量名称的行号到0 . 设置数据起始行作为1个.
- ID 变量出现在这些文件的第一列中，可用于合并每个数据文件。 选择使用 ID 变量作为合并文件的关键变量.
- 由于文件没有列名，列被指定为默认值“Var1”、“Var2”等。设置变量 1作为标识变量.
- 指定一个导出目录.
- 点击跑步开始导入。
结果
- 导入完成后，将出现一个窗口，其中包含 EDF 和数据文件.sas7bdat .顶层文件是 EDF，它与输入 EDF 相同。 底部文件是新的数据集。 打开这强度数据设置查看每个实验组的表达值文件。
- 专栏VAR1现在包含来自文本文件的标记名称。 其他 18 列中的每一列对应于在列名EDF 中的列。
概括
这篇文章概述了使用从文本、CSV 或 Excel 文件导入设计的实验工具。 此工具可用于从设计的实验中导入多个文件。 在开始该过程之前，必须创建一个实验设计文件，并且所有数据文件必须存储在一个文件夹中。 此分析的输出为 .sas7bdat 格式，现在可以使用表达式工作流进行表达式分析。 下周的帖子将使用基本表达式工作流程.
在上周的博文中，我们使用以下方法创建了一个实验设计文件 (EDF) JMP 基因组学对于一组对应于 18 个不同实验组的基因表达文件。 现在实验设计被组织成一个 SAS 数据集，可以导入数据文件（txt 格式）并使用从文本、CSV 或 Excel 文件导入设计的实验准备好在 JMP 中进行分析的工具。
